| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第二條 凡繳入國庫存款戶之收入款項，經原收入機關發現有錯或依據法令規定，應予退還全部或一部者，其處理程序如下： 一、由收入機關填具收入退還書將退還款項轉入該收入機關所開立之機關專戶，或轉列其國庫存款戶經費類保管款及代收款收入科目項下。 二、收入機關將退還款項轉入其機關專戶者，應填具機關專戶存款收款書，併收入退還書送代庫機構辦理轉帳，並簽發專戶存款支票交付原繳款人，或直接撥存原繳款人指定之帳戶。 三、收入機關將退還款項轉列國庫存款戶經費類保管款及代收款收入科目者，應填具國庫繳款書，併收入退還書送代庫機構辦理轉帳，並簽開付款憑單送財政部國庫署簽發國庫支票交付原繳款人，或匯存原繳款人指定之帳戶。 收入機關應將機關長官或其授權代簽人員之印鑑卡，送辦理退款之代庫機構，以備查驗，更換時亦同。 | 第二條 凡繳入國庫存款戶之收入款項，經原收入機關發現有錯或依據法令規定，應予退還全部或一部者，其處理程序如下： 一、由收入機關填具收入退還書送國庫憑以辦理。 二、國庫應將退還款項由國庫存款戶轉列該機關在國庫所開立之機關專戶。 三、該機關得簽發專戶存款支票，交原繳款人向國庫兌領，或直接撥存原繳款人指定之帳戶。 收入機關應將機關長官或其授權代簽人員之印鑑卡，送辦理退款之代庫機構，以備查驗，更換時亦同。 |
一、為確保公款收支安全及作業便捷，財政部依據公庫法第八條第一項前段、第九條及第十三條等規定，於九十八年八月及十月二次函請中央政府各機關，將計息與不計息保管款專戶款項納入國庫集中支付作業事宜，並以經費類保管款及代收款收入科目列帳。
二、考量上開保管款專戶款項納入國庫集中支付後，部分機關之機關專戶餘額長期為零或無使用之必要，經機關檢討後辦理銷戶，致部分機關已無設立機關專戶，國庫無法依本條第一項第二款規定將收入款項退還轉列機關專戶，爰修正增列該款項亦得退還轉列該機關國庫存款戶之經費類保管款及代收款收入科目項下。
三、現行第一項第三款移列第二款，並新增第三款。為明確規範收入機關辦理收入退還作業，整併第一項第一款及第二款為第一款，並按退還轉入機關專戶與國庫存款戶經費類保管款及代收款收入科目之處理程序，分別於第二款及第三款規定應填具相關書表、憑證及退還方式。 |
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| 第六條 代庫機構將各機關繳回之支出收回款項列收國庫存款戶後，應將有關資料送由國庫總庫彙轉財政部國庫署。 財政部國庫署收到前項資料後，應為增加原支用機關歲出分配預算或當年度其他支付法案款項餘額之登記。 | 第六條 代庫機構將各機關繳回之支出收回款項列收國庫存款戶後，應將有關資料送由國庫總庫彙轉該管地區支付處。 地區支付處收到前項資料後，應為增加原支用機關歲出分配預算或當年度其他支付法案款項餘額之登記。 |
原財政部臺北區支付處業於一百零二年一月一日起與財政部國庫署整併，國庫集中支付業務由財政部國庫署主管，爰將本條第一項及第二項有關該管地區支付處等文字修正為財政部國庫署。 |
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| 第十條 本辦法自發布日施行。 本辦法修正條文，除中華民國一百零二年八月六日修正發布之第六條，自一百零二年一月一日施行外，自發布日施行。 | 第十條 本辦法自發布日施行。 |
因應財政部組織改造於一百零二年一月一日生效，本辦法第六條之修正自中華民國一百零二年一月一日施行，至第二條之修正自發布日施行，爰配合增訂第二項。 |
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