| 第一章 總 則 |
章名 |
| 第一條 為提升經濟成長動能及國家競爭力，參與國際區域經貿整合，以特區先行模式，便捷人員、貨物、技術之流通，特制定本條例。 |
一、明定本條例之立法目的。
二、因應臺灣經濟結構轉型之需要及國際區域經貿整合之趨勢，並強化臺灣之國際競爭力。在發展活力經濟政策上，以規劃設置自由貿易經濟特區，作為提升經貿自由化與國際化之試驗基地。期藉此範例試行，降低國內自由化阻力，並營造加入「跨太平洋夥伴全面進步協定（CPTPP）」與「區域全面經濟夥伴關係（RCEP）」之有利條件。為達成國際接軌、融入國際經濟整合之目標，以強化經濟成長動能，釋放企業活力，爰訂定本條例。 |
| 第二條 自由貿易經濟特區（以下稱特區）與指定事業之設置及管理，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律之規定，較本條例更有利者，適用最有利之法律。
前項但書規定，於第八章罰則不適用之。 |
一、明定本條例之法律適用順序。
二、在本條法律適用順序下，本條例所規定之事項，具有優先適用之地位；於本條例未規定或未明文排除相關法令適用時，應適用其他相關法令之規定；另外，雖然本條例在原則上具有優先適用之地位，但本條例所規定之事項，如其他法律亦有規定且其規定較本條例更為有利，則仍容許本條例規範之特區與指定事業主張適用最有利之法律，爰訂定第一項。
三、為妥適監管，確保本條例適用對象遵法，罰則應無競合之規定，仍應由各主管機關逕行依各自主管法律課處相對應之處罰，爰訂定第二項。 |
| 第三條 本條例用詞定義如下：
一、自由貿易經濟特區：指經行政院依本條例核定之經貿特別區域。
二、指定事業：指第一類及第二類指定事業。
三、區內一般事業：指與第一類指定事業相關之周邊、支援性事業。
四、區內事業：指於自由貿易經濟特區內營運之指定事業、區內一般事業及於區內設置執行業務、營業或聯絡處所之事業。
五、申設機關：指依本條例提出申請設置自由貿易經濟特區之主管機關、中央目的事業主管機關、直轄市或縣（市）政府。
六、國際醫療機構：指經中央衛生福利主管機關許可於自由貿易經濟特區內設置專辦國際醫療之醫療機構。 |
明定本條例之用詞：
一、為明確自由貿易經濟特區係指依本條例第十三條及第十四條核定之實體區域，爰訂定第一款。
二、指定事業定義，包括第一類及第二類指定事業。第一類指定事業係指經許可於實體特區從事產業活動之事業。另考量特區重點在自由化，而不在「實體區」，爰推動方式應配合事業特性，故針對具輸出利基、可協助國內業者朝國際化發展且具時效性之服務業，明定為第二類指定事業，可於區內外營運，爰訂定第二款。
三、第三款明定特區內得進駐之事業，除指定事業外，包括與其相關之周邊支援性事業，稱區內一般事業，俾利產業發展。
四、第四款明定特區內適用本條例之相關事業範圍。
五、第五款明定申請設置特區機關之定義。
六、第六款明定國際醫療機構定義。 |
| 第四條 本條例之主管機關為經濟部。 |
明定經濟部為本條例之主管機關，負責以下事項：
一、本條例之相關解釋、子法規之訂定或會同訂定。
二、有關特區申請設置之相關審核事項。 |
| 第五條 特區之管理機關（以下簡稱管理機關）由申設機關選定適當機關擔任。
前項申設機關所選定之管理機關，如非其所屬機關者，應徵詢該被選定機關及其上級機關之同意。 |
一、管理機關之選定，由申設機關提出，爰訂定第一項。另考量管理機關負有特區監管之任務，為使各申設機關所選定之管理機關具有執行上述任務之能力，宜由主管機關提出選定原則做為參考。
二、如選定之管理機關，非申設機關之所屬機關者，應另徵詢被選定機關及其上級機關之同意，爰訂定第二項。 |
| 第六條 管理機關掌理下列事項：
一、依主管機關所定辦法，辦理其依本條例所主管之相關事務。
二、依區內事業之需求，本於職權，擔任單一窗口，辦理區內事業與主管機關、目的事業主管機關以及其他中央及地方機關之聯繫協調事務。
三、推動指定事業之申設。
四、管理及維護特區之安全、環保及設施等事項。
五、促進特區營運環境之優化。
六、特區勞工行政、勞工安全衛生及勞動檢查事務。
七、區內事業業務及財務狀況之查核。
八、特區工商登記證照之核發。
九、特區用電證明之核發。
十、特區外籍或僑居國外專門性或技術性人員聘僱許可之核發。
十一、特區申請稅捐減免所須相關證明之核發。
十二、特區出進口廠商登記、貨物輸出入許可文件、原產地證明書、加工證明書及再出口證明之核發。
十三、特區土地使用管制及建築管理。
十四、特區環境保護許可之審查。
十五、預防走私措施。
十六、其他特區及指定事業相關行政管理事項。
十七、其他基於相關目的事業主管機關之委任、委託或委辦，辦理目的事業主管機關所轄事務。
前項各款所定事項與主管機關以外之機關有關者，得由相關機關依法委任、委託或委辦管理機關辦理之。 |
一、第一項明定管理機關之掌理事項。管理機關掌理區內各項行政事務，為有效執行特區、指定事業之管理工作及便利區內事業之各項行政手續，爰於第一項詳細列舉其統籌掌理事項，以發揮管理特區事務「單一窗口」之功能：
(一)管理機關除辦理推動指定事業之申設、促進特區營運環境之優化等主管事務外，為實施單一窗口管理，得執行各行政機關依法委任、委託或委辦之公權力事項，如特區相關勞工行政、勞工安全衛生及勞動檢查事務、工商登記證照核發、僑外專門性或技術性人員聘僱許可之核發及特區環境保護許可之審查等事務。
(二)為因應直轄市或縣（市）政府申設之特區可能由地方機關擔任管理機關，爰規定中央行政機關得依法將公權力事項委辦其執行之。
二、在充分發揮管理機關以單一窗口簡化行政申辦程序及整合各行政業務執行之功能下，管理機關執行事項涉及主管機關以外之機關者，相關機關得依法委任、委託或委辦管理機關，爰訂定第二項。 |
| 第七條 管理機關得為開發及管理之必要，設置基金。
前項基金之設置，應以具自償性為原則。
第一項基金之來源如下：
一、特區管理費、服務費及相關必要費用等。
二、貨物之通關、簽證或核准機關，提供夜間與假日申辦通關、簽證或核准服務收取之服務費或其他相關費用。
三、融貸資金之利息。
四、特區開發完成後之結餘款。
五、由政府循預算程序之撥款。
六、基金孳息。
七、其他有關之收入。
第一項基金之用途如下：
一、供特區開發、擴充或更新之支出。
二、特區內土地、建築物或設施，長期未能租售，致租售價格超過附近使用性質相同之土地或建築物者，其所增加開發成本利息之補貼。
三、特區內或周邊相關公共設施之興建、維護或改善。
四、管理機關因開發管理所生之支出。
五、特區內或周邊受影響區域環境之改善。
六、特區之相關研究、規劃或宣導。
七、特區相關事業之投資。
八、貨物之通關、簽證或核准機關提供夜間與假日申辦通關、簽證或核准服務之加班支出。
九、其他有關之支出。 |
一、第一項明定管理機關得為開發及管理之必要，設置基金。
二、第二項明定特區之相關基金設置，應以具自償性為原則。
三、特區相關基金之設置，涉及特區及其周邊與指定事業之權益，爰於第三項及第四項訂定基金之來源及用途，以杜爭議，並維持其收支正當性。 |
| 第八條 管理機關為維護與管理特區與周邊環境及公共設施之安全，得向區內事業收取管理費；為辦理第六條第一項規定之掌理事項及第四十一條第二項夜間及假日通關、簽證或核准服務，得收取服務費或相關必要費用。
前項費用，如繳納義務人未依規定期限繳納者，每逾二日按滯納數額加徵百分之一滯納金；加徵之滯納金額，以應納費額之百分之十五為限。
第一項所定管理費、服務費或相關必要費用之收費標準，由管理機關擬訂並報請各該主管機關核定。
前二項之規定，於依第十三條規定申請設置之特區，不適用之。 |
一、為使管理機關得維護與管理特區周邊環境及公共設施之安全，並就辦理本條例第六條第一項掌理事項及第四十一條貨物之通關、簽證或核准機關辦理夜間及假日通關、簽證或核准服務，以提供高效率服務，明定管理機關得收取管理費、服務費或相關必要費用，爰訂定第一項。
二、參酌產業創新條例第五十三條第三項規定，於第二項明定特區內繳納義務人未依規定期限繳納各類費用時，應向其徵收滯納金，俾促使其儘速繳交，以示公平；並訂定滯納金之上限，以維持合理性。
三、第一項所定相關費用之收費標準，由各管理機關擬訂，報請各該主管機關核定，爰訂定第三項。
四、考量依第十三條設置之特區，其既有園區多已定有相關收費標準及未依規定期限繳納相關費用之處理方式，爰訂定第四項。 |
| 第九條 於特區內從事產業活動之事業，得向管理機關申請許可為第一類指定事業。
第一類指定事業製造或加工之農產品輸往國內課稅區時，應經中央農業主管機關核准。
前二項事業之範圍、資格條件、審查基準、申請程序、核定機關、管理、查核、廢止及其他相關事項之管理辦法，由管理機關之中央各該主管機關會同主管機關定之。 |
一、為使進駐特區之事業，符合特區政策規劃，並考量本條例所定相關優惠限定適用主體資格，擬進駐特區從事產業活動之事業，得向管理機關申請許可為第一類指定事業，爰訂定第一項。
二、為防範部分產業衝擊過大，例如農業於朝向科技化、國際化發展之同時，恐對於國內初級農業造成影響，爰訂定第二項規定，明定第一類指定事業製造或加工之農產品，應經中央農業主管機關核准後，始得輸往國內課稅區，賦予中央目的事業主管機關，就從事農業加值之第一類指定事業使用管制性原料製造之非管制性產品是否以外銷為主、國內原料採購數量是否與內銷產品相當、若使用管制性原料是否造成取代國內原料等項目進行審查之權限。
三、訂定第三項，各管理機關之中央各該主管機關與主管機關，應本於職權會商相關機關（例如主管第五章之財政部），依據特區之整體規劃與發展等因素，就事業之範圍、資格條件、審查基準、申請程序、核定機關、管理、查核、廢止及其他相關事項，訂定授權辦法。
四、申設機關為直轄市或縣（市）政府者，應先釐清該特區主要指定活動樣態，再洽請該活動之中央各該主管機關會同主管機關訂定指定事業許可辦法。 |
| 第十條 服務業之指定活動，由中央目的事業主管機關會同主管機關公告之。
經營前項指定活動之事業，得向中央目的事業主管機關申請許可為第二類指定事業。
前項事業之資格條件、審查基準、申請程序、核定機關、管理、查核、廢止及其他相關事項之管理辦法，得由中央目的事業主管機關會同主管機關定之。 |
一、鑒於特區之政策重點在於自由化，而不在實體區，其推動方式應配合產業特性，就無法或無須限於實體區試行者，將以虛擬方式示範，不限地區推動。故因產業營運特性無法侷限在本條例所定實體特區內試行之產業，如具發展潛力及示範效果，中央目的事業主管機關得會同主管機關公告得適用本條例之服務業指定活動，爰訂定第一項。
二、中央目的事業主管機關得本於職權，據其就指定活動之整體規劃與發展等因素，准駁事業之申請，爰訂定第二項。
三、指定事業之資格條件、審查基準，申請程序、核定機關、管理、查核、廢止及其他相關事項之管理辦法，涉本條例設立目的及整體政策規劃，由中央目的事業主管機關會同主管機關訂定相關辦法，爰訂定第三項。 |
| 第十一條 從事與第一類指定事業相關之周邊、支援性事業，得申請許可為區內一般事業。
前項事業之申請資格條件、程序、管理、查核、廢止、變更及其他相關事項之管理辦法，由管理機關擬訂，報請主管機關核定之。 |
一、考量特區內仍應有與指定事業營運相關之周邊、支援性事業（例如國際醫療機構相關之生技、醫材事業），俾發揮特區產業鏈結功效，明定該類事業為區內一般事業，爰訂定第一項。
二、為符合實務需求，就區內一般事業進駐特區之申請資格條件、程序、管理、查核、廢止、變更及其他相關事項，授權由管理機關擬訂，報請主管機關核定，爰訂定第二項。 |
| 第十二條 於特區內設置執行業務、營業或聯絡處所，提供生活服務之輔助性事業，應向管理機關辦理登記。
前項事業，其登記之申請條件、程序、管理、廢止及其他相關事項之辦法，由管理機關定之。 |
一、為提供特區便捷之生活服務，特區內除指定事業與區內一般事業外，得進駐輔助性事業，提供餐飲、百貨、旅館或其他銷售或服務等生活服務。考量輔助性事業無適用本條例相關優惠，且其進駐特區受低度管理，爰訂定第一項，輔助性事業僅須向管理機關辦理登記。
二、於特區內提供生活服務之事業，其登記之申請條件、程序、管理、廢止及其他相關事項之管理辦法，授權管理機關定之，爰訂定第二項。 |
| 第二章 特區之申設與管理 |
章名 |
| 第十三條 下列園區之原主管機關得向本條例主管機關申請，由本條例主管機關報請行政院核定設置為特區：
一、依自由貿易港區設置管理條例設立之自由貿易港區。
二、依農業科技園區設置管理條例設立之農業科技園區。
三、依加工出口區設置管理條例設立之加工出口區。
四、依科學工業園區設置管理條例設立之科學工業園區。
五、依產業創新條例管理之產業園區。
六、其他經中央目的事業主管機關、直轄市或縣（市）政府選定已劃編之工業或產業用地。
前項核定之申請資格條件、區位、規模、程序、應檢附之書圖文件及其他相關事項之辦法，由主管機關擬訂，報請行政院核定之。 |
一、本條規範既有園區申設為特區之審核程序。另依特區規劃方案，於第一階段指定之特區，於本條例通過後，其申請程序宜予簡化，以符實際，爰訂定第一項。
二、另外，本條第一項第六款選定之區域，有別於第十四條新設區位，主要指經中央或地方政府選定已劃編之工業或產業用地，係指都市計畫劃定之工業區、產業專用區，或非都市編定之丁種建築用地、工業區及特定專用區等，本款適用對象將於第二項之授權辦法中明訂。
三、有關特區核定之申請資格條件、區位、規模、程序、應檢附之書圖文件及其他相關事項之辦法，由主管機關擬訂，報請行政院核定之，爰訂定第二項。
四、既有園區依本條申設為特區者，其區內事業，除依第九條申請核准為第一類指定事業者適用本條例外，依各該原條例核准之既有事業，仍依其原適用之法律規定辦理。
五、既有園區申設為特區後，有擴充面積之需求者，該部分土地納為特區範圍之程序，應先由既有園區之原主管機關依原條例所定擴增程序，使該部土地納為既有園區之一部後，再依本條規定報請行政院核定。 |
| 第十四條 中央目的事業主管機關、直轄市或縣（市）政府得勘選適當地點，擬具新設特區之可行性規劃報告及營運計畫書，向主管機關提出申請，經初步審核同意後，報請行政院核定特區之設置。
主管機關亦得勘選適當地點，並於完成前項可行性規劃報告及營運計畫書後，報請行政院核定特區之設置。
第一項申請如屬直轄市或縣（市）政府提出者，其申請範圍跨越不同行政轄區者，應由各該直轄市或縣（市）政府共同提出申請。
第一項及第二項特區土地如需辦理土地使用變更者，應於行政院核定特區之設置後，依本條例規定辦理。
新設特區之申請資格條件、區位、規模、程序、應檢附書圖文件及其他相關事項之辦法，由主管機關會商相關機關定之。 |
一、第一項及第二項明定新設特區之申設主體得為主管機關、中央目的事業主管機關、直轄市或縣（市）政府。
二、新設特區之申請，採行先由申設機關提具可行性規劃報告及營運計畫書，於經行政院核定後始進行後續土地變更等作業程序，以簡化程序、提升特區設置效率，爰於第一項、第二項及第四項予以明定。
三、上開特區之申設機關無論為中央或地方，涉及土地徵收條例施行細則第二條之一之中央目的事業主管機關時，仍應視其特區之事業性質而定。因此，本條例之「中央目的事業主管機關」與土地徵收條例施行細則所定之中央目的事業主管機關並無不同。
四、直轄市或縣（市）政府提出者，其申請範圍跨越不同行政轄區者，應由各該直轄市或縣（市）政府共同提出申請，爰訂定第三項。
五、有關新設特區之申請資格條件、區位、規模、程序、應檢附書圖文件及其他相關事項之辦法，由主管機關會商相關機關定之，爰訂定第五項。 |
| 第十五條 依第十四條規定設置之特區涉及新訂都市計畫，屬直轄市或縣（市）政府申設者，由直轄市或縣（市）政府依都市計畫法相關規定辦理；屬主管機關、中央目的事業主管機關申設者，得商請中央都市計畫主管機關擬訂特區之特定區計畫。
特區都市計畫擬定、變更之審議期限，各級都市計畫委員會自受理至完成審議，以不超過九十日為限。 |
一、特區屬直轄市或縣（市）政府新設者，其新訂都市計畫由該直轄市或縣（市）政府依都市計畫法有關規定辦理。特區屬主管機關、中央目的事業主管機關申請新設者，得依都市計畫法第十二條新訂特定區計畫，並得由申設機關商請中央都市計畫主管機關訂定，以符合實際需求，爰訂定第一項。
二、各級都市計畫委員會審查時程，個別審議時間不得超過九十日，加速辦理，以避免因審議時程過長延宕整體開發進度，爰訂定第二項。 |
| 第十六條 依第十四條規定設置之特區之開發，涉及非都市土地使用分區變更者，申設機關應依區域計畫法規定擬具開發計畫，檢同有關文件，向直轄市或縣（市）政府申請並同時副知中央區域計畫主管機關。直轄市或縣（市）政府查核基本書圖文件資料後，報請中央區域計畫主管機關辦理許可審議。
直轄市或縣（市）政府受理前項申請後，應於三十日內完成基本資料之查核，未依限辦理者，中央區域計畫主管機關得逕為辦理許可審議。
開發計畫核定後之變更程序，準用前二項辦理。
特區位於離島者，得適用前項規定，不適用離島建設條例第七條第三項由縣（市）政府核定之規定。
中央區域計畫主管機關應於受理後九十日內將審議結果通知申請人。
非都市土地特區開發涉及應實施水土保持之處理及維護者，其水土保持計畫並得與雜項執照或建造執照平行審查。
依第十四條規定設置之特區，其申設機關得於第一項開發計畫中自行擬具非都市土地使用分區管制計畫，經中央區域計畫主管機關審議通過後，實施管制。 |
一、就新設特區之開發，涉及非都市土地使用分區變更者，為簡化申請流程並尊重地方政府權責，爰第一項明定申設機關應向直轄市或縣（市）政府申請並同時副知中央區域計畫主管機關，並於查核基本書圖文件資料後，報請中央區域計畫主管機關辦理許可審議。
二、地方政府應限期完成相關審查，另為使中央區域計畫主管機關，於地方未依限辦理查核時，掌有許可審議權，爰訂定第二項。
三、開發計畫核定後之變更程序，準用第一項、第二項辦理，爰訂定第三項。
四、為排除離島建設條例第七條第三項由縣（市）政府核定之規定，與其他相關程序調整為一致，採中央一級一審，受理機關為中央區域計畫主管機關，爰訂定第四項。
五、就中央逕為審議者，避免因審議時程過長延宕整體開發進度，爰訂定第五項。
六、為縮短審查時程，避免因土地使用限制繁雜、開發審議機關眾多，影響投資時程與意願，爰於第六項明定水土保持計畫程序得與雜項執照或建造執照平行審查，以簡化土地開發之相關程序；至現行水土保持法第十二條第三項規定之水土保持規劃書程序，考量山坡地開發安全於土地規劃階段仍有其必要且簡化該程序實益不大，應予維持，即仍應於區域計畫主管機關審議開發計畫階段辦理。
七、為鬆綁土地管制，量身訂作以符合產業屬性，各特區可自行擬具非都市土地使用管制要點或計畫，經中央區域計畫主管機關核可後因地制宜容許使用及實施管制，爰訂定第七項。 |
| 第十七條 特區涉及都市計畫變更者，得由申設機關商請都市計畫主管機關依都市計畫法第二十七條規定辦理逕為變更。
依第十三條規定設置之特區，涉及非都市土地變更，屬事業同性質或具高度相容性，且未變更主要公共設施、公用設備或必要性服務設施之服務品質及未增加全區土地使用強度者，申設機關得製作變更內容對照表送請中央區域計畫主管機關備查，不適用區域計畫法第十五條之一第一項第二款及第二項之規定。
依第十三條規定設置之特區，如其變更內容屬依環境影響評估法規定得檢附變更內容對照表，在未增加面積或未超出原核定污染總量，且變更內容符合下列要件之一者，得由申設機關檢附變更說明之相關資料送原環境影響評估審查主管機關備查，不適用環境影響評估法第十六條第一項不得變更原申請內容之規定：
一、區內坵塊整併或分割。
二、區內配置調整或建物樓地板面積變更。
三、引進產業類別變更屬服務業者。
依第十三條規定設置之特區，除前三項外，如涉及其他法規規定應辦理變更者，由原主管機關擬具書件，送請各該法規主管機關備查。 |
一、既有各類園區申請為特區涉及土地使用變更者，為加速審議程序，都市地區得辦理逕為變更，爰訂定第一項。
二、非都市土地在屬事業同性質、具高度相容性且未增加土地使用強度等條件下，得逕由主管機關擬定土地使用分區管制計畫送內政部核備之簡化機制（例如：事業申設主體改變，但符合前述之規定，得以備查辦理），爰訂定第二項。
三、按既有園區申請為特區，在面積未增加、污染總量未增加之情形下，其區內坵塊整併或分割、配置調整或建物樓地板面積變更及引進產業類別變更屬服務業者，對環境之影響不會有因轉型而有加重之虞，應無再提出環境差異影響分析報告之必要，為加速作業，得經特區主管機關審核同意後，送原環境影響評估審查主管機關備查，以避免延宕開發期程。並參照現行環境影響評估法施行細則第三十七條第一項但書規定：於計畫產能或規模降低、基地內設施局部調整位置、提昇環保設施之處理等級或效率、既有設備提昇產能而污染總量未增加、變更內容對環境品質維護有利者、屬環境監測計畫者或其他經主管機關認定者，其環境影響評估變更得以檢附變更內容對照表方式辦理，爰訂定第三項。
四、依其他法規規定應辦理書件變更者，為簡化審查時程，由既有園區主管機關擬具書件，送請各該法規主管機關備查，爰訂定第四項。 |
| 第十八條 依第十四條規定設置之特區之開發，管理機關以協議價購方式取得私有土地者，於辦理都市計畫變更、非都市土地開發、農業用地變更或山坡地開發時，得視區內外公共設施用地劃設、興建、開闢或維護管理情形，並於第七條所定基金提撥一定比率金額，用於特區周邊相關公共設施之興建、維護或改善及受影響區域環境保護之改善者，免再提供或捐贈可建築土地、樓地板面積、一定金額、回饋金或開發影響費，不適用都市計畫法第二十七條之一第一項、區域計畫法第十五條之三第一項與第四項、農業發展條例第十二條第一項與第二項及森林法第四十八條之一第一項之規定。
前項提撥金額比率，由主管機關會同中央區域計畫主管機關定之。 |
一、新設特區，如管理機關取得土地所有權者，且已劃設開闢一定比例之公共設施、或向進駐廠商酌收相關公共設施開闢、維護管理費用，為避免重複課徵，影響投資意願，免捐贈可建築土地、樓地板面積，或收取一定金額、回饋金、開發影響費，得由管理機關，於其依第七條所設置之基金內提撥一定金額，爰訂定第一項。
二、提撥金額比率由主管機關會同中央區域計畫主管機關定之，爰訂定第二項。 |
| 第十九條 依第十四條規定設置之特區，其區內不動產屬公有者，管理機關應徵得該不動產管理機關同意後，辦理撥用或由各該出售公有不動產機關逕行讓售，不受土地法第二十五條及地方公產管理法令規定之限制；屬私有者，得由管理機關協議價購、租用、設定地上權或合作開發。
前項公有不動產讓售價格按一般公有財產處分計價標準計算。 |
一、第一項明定新設特區經行政院核定後，管理機關之相關土地取得方式。
二、參酌產業創新條例第四十二條，第二項明定各該出售公有不動產機關辦理讓售之讓售價格計價標準。 |
| 第二十條 管理機關得自行或委託公民營事業辦理特區內土地之申請設置、規劃、開發、處分或管理等業務。
前項委託業務，其資金由受託之公民營事業籌措者，得以公開甄選方式為之；其辦理不適用政府採購法或促進民間參與公共建設法之規定，但條約或協定另有規定者，從其規定。
第一項公民營事業之資格、委託條件、委託業務之範圍與前項公開甄選之條件、程序、開發契約期程屆期之處理及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。 |
一、特區開發業務涉及事項眾多，基於專業及開發模式彈性考量，並減輕政府負擔，參酌產業創新條例第三十七條第一項規定，管理機關得自行或委託公民營事業辦理特區內土地之申請設置、規劃、開發、處分或管理等業務，爰訂定第一項。
二、為使委託開發作業更具彈性且因應開發需要調整，管理機關為開發特區需要，採委託公民營事業辦理開發作業時，其資金由受託之公民營事業籌措者，得以公開甄選方式為之；其辦理不適用政府採購法或促進民間參與公共建設法之規定。另考量我國已簽署臺紐經濟合作協定，該協定之政府採購章所定適用範圍，包含民間投資興建營運之公共工程案件，如涉及我國締結之條約或協定者，仍應遵循條約或協定之規定，爰訂定第二項。
三、委託開發之公民營事業資格、委託條件、委託業務之範圍、公開甄選之條件、程序、開發契約期程屆期之處理及其他相關事項之辦法，由主管機關定之，俾利委託開發作業進行，爰訂定第三項。 |
| 第二十一條 特區內土地涉築堤填海造地者，於造地施工前，管理機關應提具造地施工管理計畫及繳交審查費後，報主管機關審查核定，並繳交開發保證金及與主管機關簽訂開發契約後，始得施工。
前項造地施工管理計畫之書件內容、申請程序、開發保證金、取得土地權屬及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。 |
一、特區內若有包括築堤填海造地之土地時，考量其築堤填海造地對公共安全及海域生態環境之衝擊，應特別加強其施工管理，爰參酌產業創新條例第三十八條規定，於第一項明定所欲開發之特區屬築堤填海造地者，應提具造地施工管理計畫，並於繳交審查費後，送請主管機關審查核定。另為確保依造地施工管理計畫執行，申請人應繳交開發保證金及與主管機關簽訂開發契約後，始得施工，既有園區申請為特區者亦同。
二、造地施工管理計畫之書件內容、申請程序、開發保證金、取得土地權屬及其他相關事項之辦法等事項，授權由主管機關訂定辦法，爰訂定第二項。 |
| 第二十二條 依第十四條規定設置之特區，該區內土地仍供原有產業使用者，其所有權人應按一定比率，負擔特區開發建設費用。
特區開發建設費用及負擔比率，由申設機關審定。 |
一、新設特區之土地，仍維持原有產業使用者，其所有權人應按一定比率負擔開發建設費用，爰訂定第一項。
二、第二項明定開發建設費用及負擔比率，由申設機關審定。 |
| 第二十三條 依第十四條規定設置之特區，其區內土地、建築物及設施，管理機關得依相關規定使用、收益及管理，並得出租或設定地上權予區內營業之事業使用，不受土地法第二十五條、國有財產法第二十八條、第六十六條及地方公產管理法令之限制。出租予區內指定事業者，其租金得予優惠；其租金優惠之辦法，由主管機關定之。
前項土地、建築物或設施為私有者，經管理機關核准後得辦理處分。
管理機關價購取得之不動產，得由主管機關審定價格後辦理出售，不受土地法第二十五條、國有財產法第二十八條及地方公產管理法令之限制。
依第十三條規定設置之特區，其土地、建築物與設施之使用、收益、管理及處分，按該園區原有法令規定辦理。
第一項及第三項土地、建築物與設施之使用、收益、管理、土地租用、費用計收、設定地上權與出售之程序、條件及相關事項之辦法，由管理機關定之。
第一項出租之租金及擔保金之計算，不受土地法第九十七條、第九十九條第一項及第一百零五條規定之限制；其終止租約或收回，不受民法第四百四十條第二項、第三項及土地法第一百條、第一百零三條規定之限制；以設定地上權方式辦理者，不受民法第八百三十六條第一項撤銷地上權須積欠地租達二年總額規定之限制。 |
一、第一項明定新設特區之管理機關就區內土地、建築物及設施之利用方式。
二、新設特區內土地、建築物或設施為私有者，經管理機關核准後得為處分，爰訂定第二項。
三、第三項明定管理機關以價購方式取得不動產之辦理方式。
四、既有園區申設為特區者，其區內土地、建築物及設施之利用方式，依該園區原有法令辦理，爰訂定第四項。
五、特區內土地、建築物與設施之使用、收益、管理及處分之程序、條件及相關事項之辦法，由管理機關定之，爰訂定第五項。
六、特區內土地或建築物，多為廠商為進行商業活動或產業利用而租用，因事涉整體產業發展及區內事務之特殊性，與一般私人間土地或建築物之租賃關係有所不同，倘一體適用土地法及民法有關租金及擔保金、租用建築房屋收回期間限制、遲付租金及地租終止或塗銷地上權登記之限制規定，易造成園區內土地及廠房閒置，無法有效運用園區內土地，爰參酌產業創新條例第四十五條第二項規定，於第六項明文排除土地法相關規定之限制。 |
| 第二十四條 依第十四條規定設置之特區，其區內廠房之興建及出租，得依下列方式辦理：
一、由區內事業自行興建。
二、由管理機關自行興建出租。
三、由公民營事業投資申請核准興建出租。
前項第二款由管理機關興建出租者，其出租及收益辦法，由主管機關定之，不受國有財產法第七條、第二十八條及第六十六條、預算法第二十五條、第二十六條及第八十六條規定之限制。
第一項第三款公民營事業投資申請核准興建程序、審查、出租及收回辦法，由主管機關定之。 |
一、廠房之興建及出租方式，包括區內事業自行興建、管理機關自行興建出租、公民營事業投資申請核准興建出租等，爰訂定第一項。
二、另特區有以營運機構作為開發營運單位者，如目前自由貿易港區之臺灣港務股份有限公司及桃園國際機場股份有限公司亦得自行興建出租。
三、第二項明定管理機關自行興建之廠房，排除國有財產法、預算法等其他法規限制。
四、公民營事業投資興建之申請核准興建程序、審查、出租及收回辦法，授權主管機關定之，爰訂定第三項。 |
| 第二十五條 依第十四條規定設置之特區，其區內之員工宿舍，得由區內事業請准自建或由管理機關興建出租；必要時，得開放民間事業投資興建出租。
前項員工宿舍以租與區內從業人員為限；其租金標準，由投資興建人擬定，報請管理機關核定，不受土地法第九十四條及第九十七條規定之限制。
第一項開放民間事業投資興建員工宿舍之申請核准興建程序、審查、出租、收回及管理辦法，由主管機關定之。 |
一、第一項明定開放民間投資興建出租員工宿舍之規定。
二、另特區有以營運機構作為開發營運單位者，如目前自由貿易港區之臺灣港務股份有限公司及桃園國際機場股份有限公司亦得自行興建出租。
三、為放寬員工宿舍租金標準，賦予較大彈性，爰訂定第二項。
四、開放民間事業投資興建員工宿舍之申請核准興建程序、審查、出租及收回管理辦法，授權主管機關定之，爰訂定第三項。 |
| 第二十六條 依第十四條規定設置之特區於核定設置後進行開發前，由直轄市或縣（市）政府公告停止土地及建築物所有權之移轉，並停止受理建築之申請；其公告停止之期限，不得逾二年；已領有建造執照與雜項執照者，應經管理機關同意後，始得興建。
前項所定公告停止土地及建築物所有權之移轉，不包括因繼承、強制執行、徵收或法院判決或其他非因法律行為所為之移轉。
直轄市或縣（市）政府依第一項規定，公告停止土地及建築物所有權之移轉，應將特區地籍圖及土地清冊送當地地政機關，囑託於土地及建築物登記簿內註記公告日期、文號、限制所有權移轉及停止受理建築申請之期限。 |
一、為防止開發特區時，發生土地投機情事，增加土地取得之困難，爰參酌產業創新條例第四十一條規定，於第一項明定依第十四條規定設置之特區於核定設置後進行開發前，由當地之直轄市或縣（市）政府公告停止區內土地及建築物所有權之移轉，並停止受理建築之申請；另為避免過度限制人民權益，並明定限制期限不得超過二年。若已領有建造執照與雜項執照者，則應經管理機關同意後，始得興建。
二、因繼承、強制執行、徵收、法院判決或其他非因法律行為所為之移轉，係屬非因法律行為而發生之不動產物權移轉，承受人於登記前已取得不動產物權，爰於第二項明定不受第一項所定之移轉限制。
三、參照產業創新條例施行細則第十四條規定，於第三項明定直轄市或縣（市）政府依第一項規定，公告停止土地及建築物所有權之移轉，應將特區地籍圖及土地清冊送當地地政機關，囑託於土地及建築物登記簿內配合註記公告停止移轉事宜。 |
| 第二十七條 依第十四條規定設置之特區，其區內私有土地、建築物或設施之轉售、轉租、設定地上權，或以其他方式供他人使用，應經管理機關核准。
前項土地、建築物或設施未依本條例規定使用，管理機關得照價收買，或依該所有權人原取得價格購回。
前二項轉售、轉租、設定地上權或以其他方式供他人使用申請、照價收買價格與程序、核准條件及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。 |
一、為確保特區內私有土地、建築物或設施轉讓給其他廠商時，仍符合特區發展目標及引進產業內容，爰於第一項訂定區內私有土地、建築物或設施之轉讓，應經管理機關核准。
二、為促使區內土地、建築物或設施活化利用，避免廠商惡意囤地或哄抬價格情形發生，爰於第二項明定特區內土地、建築物或設施未依本條例規定使用，管理機關得照價收買，或依該所有權人原取得價格購回。
三、有關特區內私有土地之管理處分等相關事項，授權由主管機關另訂辦法，爰訂定第三項。 |
| 第二十八條 特區之全部或一部，因環境變遷而無存續必要者，得由管理機關報主管機關審核後提請行政院同意廢止原核定。
特區之廢止，應由主管機關於一定期限內公告之。但廢止特區涉及土地使用分區變更者，應於都市計畫或區域計畫主管機關依法核定後，始得公告。
前二項因環境變遷而無存續必要之認定基準、廢止設置程序及其他相關事項之辦法，由主管機關定之。 |
一、特區如因設置目的達成或社會經濟發展改變等因素，致使全部或一部已無存續之必要時，為便利土地之使用及地區之發展，由特區之管理機關提請行政院同意廢止原核定，以符權責，爰訂定第一項。
二、第二項明定特區廢止應辦理公告。
三、有無存續必要之認定將隨社會經濟發展及政府政策推行等因素而有所變動，爰授權主管機關視實務運作之需求，就其認定基準、廢止設置程序及其他相關事項，訂定辦法規範之，爰訂定第三項。 |
| 第三章 對外國人及大陸地區人民之待遇 |
章名 |
| 第二十九條 外國人來臺從事與特區相關之商務或其他活動，得經第一類指定事業或區內一般事業代向特區管理機關申請核轉許可，於抵達中華民國時申請簽證。
外國人來臺從事與第二類指定事業相關之商務或其他活動，得經第二類指定事業代向中央目的事業主管機關申請核轉許可，於抵達中華民國時申請簽證。 |
為便利外國人來臺從事與特區相關之商務或其他活動，爰參考自由貿易港區設置管理條例第三十五條訂定本條，設選擇性落地簽證措施。其適用範圍，包括指定事業與區內一般事業。 |
| 第三十條 大陸地區人民來臺從事與指定事業相關之商務或專業活動者，得由具一定規模以上之指定事業代向特區管理機關或中央目的事業主管機關核轉，向內政部申請商務居留。
前項商務居留條件、程序、方式、限制或廢止許可及其他相關事項之辦法，由內政部會商相關機關定之。 |
一、為從事與指定事業相關商務或專業活動之大陸地區人民在臺生活便利，得由一定規模以上之指定事業代為申請商務居留；並應由特區管理機關或中央目的事業主管機關確認與指定事業相關後，核轉內政部申請商務居留，爰訂定第一項。本項僅限於大陸地區專業人士來臺從事商務或專業活動，不涉及聘雇大陸人士，特區內欲聘僱大陸人士，仍須適用《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》之規範。
二、參照臺灣地區與大陸地區人民關係條例第十七條第九項授權規定，就本條商務居留條件、程序、方式、限制或廢止許可及其他相關事項之辦法，由內政部會商相關機關定之，爰訂定第二項。 |
| 第四章 租稅措施 |
章名 |
| 第三十一條 經中央目的事業主管機關審核屬指定事業或其股東於本條例施行之日起算五年內，自國外或大陸地區投資獲配之股利或盈餘投入特區內進行實質投資，該自國外或大陸地區投資獲配之股利或盈餘得免依所得稅法或臺灣地區與大陸地區人民關係條例規定繳納所得稅；其已依前開法律規定繳納之稅款，扣除依所得基本稅額條例規定計算應繳納之差額，其餘額得自繳納之日起算五年內申請退還。
依第十四條規定設置之特區得於本條例施行之日起算七年內，適用前項規定。
前項獲配股利或盈餘免稅適用範圍、實質投資之範圍與要件、核定機關、申請期限、申請程序、退稅金額之計算及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。 |
一、為吸引國外及大陸地區資金回流投資、擴大經濟規模，第一項明定指定事業或其股東於本條例施行之日起算五年內，自國外或大陸地區投資獲配之股利或盈餘匯入特區內進行實質投資，得免繳納所得稅；已依所得稅法或臺灣地區與大陸地區人民關係條例規定繳納之所得稅稅款，扣除因加計該項免稅所得而依所得基本稅額規定計算應繳納基本稅額與一般所得稅額之差額，其餘額得自繳納之日起算五年內申請退還。此一規定優於目前財政部鼓勵台商資金回流的「租稅特赦」草案，對台商具有相當的吸引力。
二、考量依第十四條新設之特區，無法於本條例施行初期完成設置，為免租稅獎勵之效果無法發揮，爰訂定第二項就本條租稅優惠措施按既有與新設區位申設為特區者分別適用不同施行期間，既有區位為五年，新設區位為七年。
三、第三項明定獲配股利或盈餘免稅適用範圍、實質投資之範圍及要件、核定機關、申請期限、申請程序、退稅金額之計算及其他相關事項，授權主管機關會同財政部定之。 |
| 第三十二條 指定事業聘僱之外籍專業人士，其執行業務或聘僱之外籍專業人士，屬國內現階段欠缺且亟需之人力，在中華民國境內無戶籍，於一課稅年度居留合計滿一百八十三天，且經稽徵機關認定其生活及經濟重心與中華民國關聯度相對較低者，不適用所得基本稅額條例第十二條第一項第一款規定；其於本條例施行後首次來臺工作之五年內，各該年度之薪資或執行業務所得，以半數計入綜合所得總額課稅。
受指定事業邀請來臺從事商務或專業活動之大陸地區專業人士，屬國內現階段欠缺且亟需之人力，於一課稅年度停（居）留合計滿一百八十三天，且經稽徵機關認定其生活及經濟重心與臺灣地區關聯度相對較低者，準用前項課稅之規定。
前二項專業人士、屬國內現階段欠缺且亟需之人力、生活及經濟重心與中華民國、臺灣地區關聯度相對較低之認定要件、應檢附之證明文件及其他相關事項之辦法，由財政部定之。 |
一、指定事業聘僱之外籍（含香港、澳門）專業人士，其執行業務或聘僱之外籍（含香港、澳門）專業人士，在我國境內無戶籍，於一課稅年度在我國境內居留天數合計滿一百八十三天，依所得稅法第七條第二項第二款規定屬我國境內居住者。該外籍專業人士雖具有雙重居住者身分，惟生活及經濟重心相對與中華民國關聯程度較低，爰於第一項前段明定不適用所得基本稅額條例第十二條第一項第一款有關海外所得計入基本所得額之規定，俾資明確。
二、第一項後段明定外籍專業人士於本條例實施後首次來臺工作之五年內，各該年度之薪資或執行業務所得，以半數計入綜合所得總額課稅，俾利指定事業招攬國際專業人才、充裕所需服務人力。
三、商務停（居）留之大陸地區專業人士，其停（居）留情形如與第一項外籍專業人士相同，應享有相同租稅待遇，爰於第二項規定準用第一項之規定。
四、第三項明定專業人士、屬國內現階段欠缺且亟需之人力、生活及經濟重心與中華民國、臺灣地區關聯度相對較低之認定要件、應檢附之證明文件及其他相關事項之辦法，授權財政部定之。 |
| 第三十三條 營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，自行或委託第一類指定事業於特區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，經特區管理機關審查核准者，其銷售貨物之所得，免徵營利事業所得稅。
前項免徵營利事業所得稅之適用範圍與要件、申請程序、核定機關及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部定之。 |
一、參照國際機場園區發展條例第三十五條、自由貿易港區設置管理條例第二十九條、原促進產業升級條例第十四條之一及廢止前外國營利事業來臺設立國際物流配銷中心獎勵實施辦法第三條規定，為鼓勵營利事業運用第一類指定事業從事貨物之採購、輸入、儲存或運送服務，爰於第一項明定免徵相關營利事業所得稅。
二、第二項明定有關第一項免徵營利事業所得稅之適用範圍與要件、申請程序、核定機關及其他相關事項之辦法，授權主管機關會同財政部定之。 |
| 第三十四條 已依其他法令享有租稅優惠、獎勵、補助者，不得就同一事項重複享有本條例所定之租稅優惠。 |
為避免租稅優惠集中於少數企業之營運活動上，爰參考產業創新條例第七十條規定，明定已依其他法令規定享有租稅優惠、獎勵、補助者，不得就同一事項重複享有本條例所定之租稅優惠。 |
| 第五章 未稅貨物與勞務之規範 |
章名 |
| 第三十五條 第一類指定事業除經營特定行業者外，進儲或購買下列貨物或勞務，適用本章規定：
一、進儲未稅之供營運貨物、自用機器、設備。
二、購買與營運相關且尚未繳納相關稅款之勞務。
前項特定行業，由財政部會商主管機關公告之。 |
一、規範第一類指定事業進儲之未稅供營運貨物及供自用之機器、設備，與購買營運相關勞務，適用本章稅費措施，並須符合相關規定。
二、考量部分行業進儲貨物或提供勞務之本質，不宜適用未稅之相關規定（如國際醫療），爰訂定第二項，由財政部會商主管機關就特定行業另行公告之。 |
| 第三十六條 第一類指定事業進出特區之貨物有下列情事之一者，依關稅法及其他法令規定向海關辦理通關，並以電腦連線或電子資料傳輸方式為之：
一、國外貨物進儲第一類指定事業或第一類指定事業貨物輸往國外。
二、課稅區貨物進儲第一類指定事業或第一類指定事業貨物輸往課稅區。
三、保稅區、自由貿易港區或其他特區貨物輸往第一類指定事業，或第一類指定事業貨物輸往保稅區、自由貿易港區或其他特區。
四、同一特區內第一類指定事業間貨物交易。
依前項第二款至第四款辦理通關之貨物，得經海關核准以按月彙報方式辦理。
自由貿易港區、加工出口區、科學工業園區、農業科技園區等既有保稅區內之事業，申請成為第一類指定事業者，得依原有保稅區及本條例之規定辦理貨物通關。
前項事業依本條例辦理通關，應符合下列規定：
一、分別獨立設帳控管貨物進出。
二、進儲管制性貨物，應實體區隔分別存放。
三、分別適用不同報單類別，且通關後不得轉換報單類別。
前項第二款管制性貨物之範圍，由主管機關會商中央目的事業主管機關後公告之。
第一類指定事業有關貨物之通關、運送、按月彙報、加工、製造、委（受）託加工、檢驗、測試、修理、盤點、申報補繳稅費、帳務處理、貨物控管及其他相關事項之辦法，由財政部會同主管機關定之。 |
一、為利特區貨物便捷流動之需，爰訂定第一項，明定貨物自國外或國內進出特區應以電腦連線（或電子傳輸）辦理通關之情形。
二、為利第一類指定事業貨物之通關，第二項明定經海關核准，得以按月彙報方式辦理。
三、考量未來特區亦有自由貿易港區、加工出口區、科學工業園區或農業科技園區等既有保稅區轉型設置之情形，爰訂定第三項，予第一類指定事業得彈性選擇適用原區位或特區之關務制度。
四、第三項之事業應分別獨立設帳控管貨物之進出、進儲管制性貨物應實體區隔分別存放、分別適用不同報單類別，且於通關後不得轉換，爰訂定第四項。
五、第五項明定管制性貨物之範圍由主管機關會商中央目的事業主管機關後公告之。
六、為規範第一類指定事業有關貨物之通關、運送、按月彙報、加工、製造、委（受）託加工、檢驗、測試、修理、盤點、申報補繳稅費、帳務處理、貨物控管及其他事項等，爰於第六項授權財政部會同主管機關訂定辦法。 |
| 第三十七條 第一類指定事業及受託廠商依本條例辦理通關之貨物應設置電子帳冊，並與海關電腦連線，辦理貨物進儲、移動、領料、用料、委（受）託業務及其他帳務處理事項，供海關遠端稽核。
前項電子帳冊之設置、格式、內容、適用範圍、對象、遠端稽核及其他相關事項之辦法，由財政部會商主管機關定之。 |
一、為運用資訊科技、建置特區E化能量，強化特區內物流效率，達成智慧運籌目標，使特區貨物移動之資訊流無縫隙串接，減低貨物流通時之人為控管，提升貨物進出特區移動之效率，第一類指定事業及受託廠商應設置電子帳冊與海關連線，並就辦理貨物存儲、移動、領料、用料、委（受）託業務及其他帳務處理事項，供海關遠端稽核，避免發生流弊，爰訂定第一項。
二、為規範電子帳冊之設置、格式、內容、適用範圍、對象、遠端稽核及其他相關事項等，爰於第二項授權財政部會商主管機關訂定辦法。 |
| 第三十八條 經許可為第一類指定事業自國外輸入特區內供營運之貨物及自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。
第一類指定事業之未稅貨物輸往課稅區時，應依進口貨物相關規定，課徵前項稅費。但依第四十三條規定輸往課稅區，且復運回第一類指定事業者，不在此限。
前項未稅貨物於特區經加工、檢驗、測試、修理後輸往課稅區者，按出區時形態之價格，扣除特區內附加價值後核估關稅完稅價格。
第一類指定事業與保稅區、自由貿易港區事業間各項貨物之移動，應依保稅區及自由貿易港區相關規定徵免稅費。
第一類指定事業銷售勞務與課稅區營業人，應依法課徵營業稅。 |
一、參照自由貿易港區設置管理條例第二十一條，有關港區事業進口供營運用貨物及自用機器、設備免稅之規定，特區業者進口供營運之貨物及自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅等相關稅費，且無須辦理免徵、擔保及記帳手續，爰訂定第一項。
二、第一類指定事業之貨物屬未稅貨物，其輸往課稅區時，應依進口貨物相關規定辦理通關並課徵相關稅費，如在特區加工、檢驗、測試、修理者，參照現行自由貿易港區設置管理條例第二十三條規定，得予扣除區內之附加價值後核估完稅價格，但未稅貨物因委託加工、檢驗、測試、修理而依第四十三條規定輸往課稅區者，免徵相關稅費，爰訂定第二項及第三項。
三、為避免影響現有保稅區及自由貿易港區業者之權益，第一類指定事業與保稅區事業、自由貿易港區事業間貨物運送，其稅費徵免應依保稅區、自由貿易港區之相關規定辦理，爰訂定第四項。
四、第一類指定事業如銷售勞務與課稅區營業人時，亦應視同在中華民國境內銷售勞務，爰於第五項規定應依加值型及非加值型營業稅法規定課徵營業稅。 |
| 第三十九條 經許可為第一類指定事業自課稅區運入特區供營運貨物及自用機器、設備，得依相關法令規定，申請減徵、免徵或退還關稅、貨物稅。
第一類指定事業自課稅區運入特區已稅進口貨物或國產非保稅貨物，自輸入之翌日起五年內，原貨復運回課稅區時，免徵關稅；其有添加未稅或保稅貨物者，該添加之未稅或保稅貨物，應課徵關稅及相關稅費。
前二項貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，復運回課稅區時，應按原減徵、免徵或退稅額補徵。 |
一、第一類指定事業自課稅區運入特區供營運之貨物及自用機器、設備，參照自由貿易港區設置管理條例第二十四條，得依相關法令規定，申請減徵、免徵或退還相關稅費，爰訂定第一項。
二、第一類指定事業自課稅區運入特區之已稅進口貨物或國產非保稅貨物，既屬已課稅之貨物，如以原貨復運回課稅區，課徵關稅將造成重複課徵之情形，故自運入之次日起五年內，又輸往課稅區者，應予免徵關稅。惟倘該等貨物於特區內添加未稅或保稅物品，則應就添加部分課徵關稅及相關稅費，以維租稅公平原則，爰訂定第二項。
三、為符租稅公平原則，第一項及第二項規定之貨物及自用機器、設備已減徵、免徵或退稅者，於再運回課稅區時，自不得再享有上開租稅優惠，仍應予以補徵，爰訂定第三項。 |
| 第四十條 下列貨物或勞務之營業稅稅率為零：
一、銷售與第一類指定事業供營運之貨物及自用機器、設備。
二、保稅區營業人或自由貿易港區事業銷售與外銷廠商存入第一類指定事業以供外銷之貨物。
三、課稅區營業人銷售與保稅區營業人或自由貿易港區事業存入第一類指定事業以供外銷之貨物。
四、銷售與第一類指定事業與營運相關之勞務。
第一類指定事業或國外事業、機關、團體、組織在特區內銷售與該特區第一類指定事業、其他特區之第一類指定事業、國外客戶、自由貿易港區事業或保稅區事業供營運之貨物或勞務，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入自由貿易港區事業、保稅倉庫、物流中心以供外銷之貨物，其營業稅稅率為零。
課稅區營業人接受第一類指定事業或外國事業、機關、團體、組織委託，就第一類指定事業輸入之貨物、機器及設備提供委託加工、檢驗、測試、修理之勞務後，該貨物、機器及設備全數運回第一類指定事業者，其營業稅稅率為零。 |
一、參照自由貿易港區設置管理條例第二十八條規定，爰於第一項及第二項明定貨物或勞務營業稅稅率為零之情形。又考量特區內銷售之貨物或勞務如屬消費性質而非供營運使用者，如予適用營業稅零稅率，與訂定本條例獎勵第一類指定事業之立法意旨有違，爰於第二項明定第一類指定事業或外國事業等在特區內銷售與第一類指定事業、國外客戶或保（免）稅區營業人之貨物或勞務，以供營運使用者，始得適用營業稅零稅率。
二、為配合特區發展「前店後廠」營運模式，且委託加工貨物、機器或設備，原則上最終均須回到特區，為強化委託加工制度，使特區能與國內課稅區有效連結，爰參照自由貿易港區設置管理條例第二十六條第三項規定，該項委託加工等勞務收入之營業稅稅率為零，爰訂定第三項。 |
| 第四十一條 下列貨物除經主管機關會商中央目的事業主管機關後公告對國家安全、國民健康或國際承諾有重大不良影響者外，得免申請簽證或核准，不受其他法律或其法規命令有關輸出入規定之限制：
一、第一類指定事業自國外運入特區或自特區運往國外之貨物。
二、前款貨物運往該特區外辦理委託修理、檢驗、測試、加工，或復運回該特區。
貨物之通關、簽證或核准機關，提供夜間及假日申辦通關、簽證或核准服務。 |
一、為促進貨物流通效率，並落實特區擴大鬆綁之精神與理念，除對國家安全、國民健康或國際承諾有重大不良影響者外（如動植物防疫檢疫、農產品原料檢驗、環境污染等），自國外輸入、輸往國外及委外處理之貨物，得免申請簽證或核准，不受其他輸出入規定之限制，爰訂定第一項。
二、第二項明定簽審機關於夜間及假日提供簽審服務，並配合提供二十四小時通關作業。 |
| 第四十二條 第一類指定事業符合下列條件之一者，得輸入臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十五條第三項規定未准許輸入之大陸地區物品：
一、供特區加工、修理、檢驗、測試、儲存之貨物。
二、運往該特區外辦理委外加工、修理、檢驗、測試之貨物。
前項物品除經管理機關核准辦理報廢或經加工成為依法得准許輸入之物品，得輸往課稅區或保稅區外，應依第四十三條規定期限內復運回特區或全數外銷。 |
一、依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十五條第三項授權訂定之臺灣地區與大陸地區貿易許可辦法，大陸地區物品除符合該辦法第七條第一項各款規定外，原則上不得輸入臺灣地區。而為推動自由化及國際化之政策，非屬該辦法所定得輸入臺灣地區之大陸地區物品，規定得輸入特區內或委外（含同一企業之內部委託）加工、修理、檢驗、測試、儲存，爰訂定第一項。
二、大陸地區物品除經管理機關核准辦理報廢、或於特區內經加工為依法得准許輸入臺灣地區者外，應依第四十三條規定期限內復運回特區或全數外銷，爰訂定第二項。 |
| 第四十三條 第一類指定事業辦理委託作業者，應向管理機關申請核准，並向海關辦理通關，得免提供稅款擔保，自運出之翌日起六個月內復運回特區辦理結案。但經管理機關核准者得不運回，逕行報關出口。
前項貨物如須延長運回之期限，應於復運期限屆滿前向管理機關申請展延；展延期間不得超過六個月，並以一次為限。但情形特殊經管理機關之中央各該主管機關核准者，不在此限。
第一類指定事業辦理受託業務者，應向管理機關申請核准，其復運回課稅區時，應就添加之未稅或保稅貨物課徵關稅及相關稅費。 |
一、為推動特區前店後廠及委外加工建構智慧運籌之營運模式，加速委託加工審核效率，辦理委託加工、檢驗、測試、修理之第一類指定事業，應向管理機關申請核准，並向海關辦理通報；例外規定得向管理機關申請因情形特殊而不運回特區逕行出口，爰訂定第一項。
二、委外加工係特區業者保稅範圍之延伸，為確保未稅貨物於完成加工後復運回特區出口，爰於第二項明定委託加工之貨物，應於六個月內復運回特區；屆期未運回者，應向海關申報補繳稅費；如須延長運回之期限者，應於期限屆滿前向管理機關申請展延；展延以一次為限，不得超過六個月，但情形特殊經管理機關之中央各該主管機關核准者，不在此限。
三、第一類指定事業接受課稅區、保稅區、自由貿易港區或其他第一類指定事業辦理加工、檢驗、測試、修理時，亦應向管理機關申請核准，並就添加之未稅或保稅貨物課徵關稅及相關稅費，爰訂定第三項。 |
| 第四十四條 第一類指定事業有下列情事之一者，應於事實發生之翌日起三十日內向海關申報補繳稅費：
一、依第四十三條第一項及第二項規定辦理委託業務之貨物未依規定期限運回第一類指定事業或未經核准逕行出口。
二、第三十八條第一項、第三十九第一項及第四十條第一項第一款規定之供營運貨物變更為非供營運目的使用，自用機器、設備於運入後五年內變更為非自用或輸往課稅區。
三、第一類指定事業之未稅貨物遭竊、短少。
第一類指定事業依第四十條第一項第四款規定購買與營運相關之勞務變更為非供營運目的使用者，應向所在地稅捐稽徵機關申報補繳營業稅。
第一項第二款自用機器、設備，海關應按變更用途時之價格及稅率，補徵稅費。 |
一、為利稅費課徵及業者遵循，爰於第一項明定第一類指定事業應於事實發生之翌日起三十日內主動向海關申報補繳稅費之情形。
二、第一類指定事業購買與營運相關之勞務變更為非供營運目的使用者，已不符第四十條第一項第四款適用營業稅稅率為零之資格，應依相關規定補繳營業稅，爰訂定第二項。
三、海關辦理第一項第二款貨物補徵稅費時，應以變更用途時之完稅價格及稅率作為計算根據，爰訂定第三項。 |
| 第四十五條 第一類指定事業應每年辦理存貨盤點，並於盤點結束之翌日起七日內將盤存清冊送海關備查；並應於盤點結束之翌日起二個月內編製結算報告表送海關備查，必要時，得於期限內申請展延一個月。
依第四十三條規定運出之未稅貨物，應全部運回盤點。但經海關核准者，得於受託廠商處所辦理盤點。
前二項盤點之貨物，如多於帳面結存數量，應於帳冊補登數量；少於帳面結存數量，應向海關申報補繳稅費。
第一類指定事業經管理機關核准結束營業、廢止許可者，其有關自用機器、設備及餘存之未稅貨物應辦理盤點。經盤點結算如有短少，應補徵短少部分之稅費。未依規定辦理結束盤點，海關得逕依帳面結存數補徵稅費。
貨物經盤點短少應補徵之稅費，經依關稅法第十一條規定提供稅費擔保或保證金後，餘存之貨物得辦理轉儲或復運出口。 |
一、第一類指定事業應每年實地盤點存貨，又為確保盤存清冊資料正確性及時效性，參照新竹科學工業園區園區事業辦理盤存作業要點第八點及保稅工廠辦理盤存注意事項第十點規定，盤點結束後七日內造送盤存清冊送海關備查，並應於盤點結束之翌日起二個月內編製結算報告表，且必要時，得於期限內向海關申請展延一個月，爰訂定第一項。
二、為確實管控貨物存貨情形，對於運出區外委託第一類指定事業以外業者加工、修理、檢驗、測試者，應於盤點日前全數運回，以避免發生虛偽情形；但得向海關申請核准於受託廠商處所辦理盤點，爰訂定第二項。
三、第一類指定事業盤點存貨如發現有盤盈、盤虧情事，應分別於帳冊上補登數量或向海關申請補繳稅費，爰訂定第三項。
四、第一類指定事業結束營業時，應辦理結束營業盤點，如經盤點結算有短少情事，無論原因為何，皆應補徵有關之稅費，以防止短漏行為；未依規定辦理盤點，海關得依帳面結存數補徵相關稅費，爰訂定第四項。
五、第一類指定事業應補繳之稅費，依關稅法第十一條規定提供擔保、保險（經個案審核）或保證金後，其餘存之貨物得辦理轉儲或復運出口，爰訂定第五項。 |
| 第四十六條 海關得對本條例應辦理事項實施實地查核，並得查閱相關報表及憑證，第一類指定事業及受託廠商不得拒絕、規避或妨礙；必要時，得會同管理機關或所在地稅捐稽徵機關辦理。其實地查核之範圍、方式、選案標準、抽核比率及其他事項之辦法，由財政部會商主管機關定之。
海關得對第一類指定事業及受託廠商，就通關、盤點、查核及其他管理事項採取分級管理措施。其分級管理標準、方式、各級管理措施及其他事項之辦法，由財政部會商主管機關定之。 |
一、特區貨物原則採電子帳冊及遠端稽核管理方式，為確保實體貨物與帳載一致，爰於第一項明定海關得對本條例規定事項進行查核，並得調閱相關報表及憑證資料，作為比對佐證之憑據，第一類指定事業及受託廠商不得拒絕、規避或妨礙；又考量委外作業之申請、延期、報廢及逕行出口均由管理機關核准，且未稅貨物除關稅外，尚包括營業稅、貨物稅等，爰定必要時，得會同管理機關或稅捐稽徵機關共同執行。相關實地查核事項授權由財政部會商主管機關訂定辦法，予以規範。
二、未來前店後廠發揮效應，第一類指定事業與受託廠商家數眾多，爰於第二項明定海關依據廠商守法度、貨物類別、帳冊登載情形等，就盤點、查核及其他事項採取分級管理措施，以使優良廠商得以適用較寬鬆之管理方式；反之，則適用較嚴格之管理。相關分級管理事項授權財政部會商主管機關訂定辦法，予以規範。 |
| 第六章 產業活動 |
章名 |
| 第四十七條 第一類指定事業輸入或輸出營運所需之觀賞水族動物，其申請資格及利用不受野生動物保育法第二十四條第二項規定之限制。
所有人對前項觀賞水族動物應妥為管理，不得棄養或逸失；非經中央農業主管機關之同意，不得流出特區。 |
一、本條係為發展觀賞魚產業，有關觀賞水族動物活體之輸入或輸出，放寬其申請資格及利用不限依野生動物保育法第二十四條第二項所定學術研究機關、大專校院、公立或政府立案之私立動物園，其用途亦不限教育、學術研究之用，爰訂定第一項，得由第一類指定事業申請輸入為商業使用。
二、為強化管理，避免影響國內生態環境，課所有權人管理之責，爰訂定第二項，非經中央農業主管機關（指野生動物保育法之主管機關或其授權辦理機關）同意，不得流出特區。 |
| 第四十八條 第一類指定事業為因應農業原料生產之需要，得於特區外設置衛星農場。
衛星農場指提供第一類指定事業生產原料來源之農場。 |
一、特區內農業加值事業為取得穩定國內原料供給，得於特區外選擇適當區域進行原料之生產後，將相關產出之原料用於農特產品之加工生產，爰訂定第一項。
二、參考農業科技園區設置管理條例施行細則第十四條規定，明確界定衛星農場之定義，爰訂定第二項。 |
| 第四十九條 設立國際醫療機構之醫療社團法人，不受下列之限制：
一、醫療法第四十九條第一項規定。
二、醫療法第五十條第一項及第二項規定。
前項醫療社團法人社員之出資額、董事之名額、醫事人員及外國人充任董事之比例，由中央衛生福利主管機關定之。 |
一、為鼓勵外國專業團隊與本國醫療機構結合共同設立國際醫療機構，放寬醫療法所定法人不得為社員及外國人不得充任董事長之規定，爰訂定第一項。
二、醫療社團法人社員之出資額、董事之名額、醫事人員及外國人充任董事之比例，授權中央衛生福利主管機關定之，爰訂定第二項。 |
| 第五十條 國際醫療機構得聘僱外國醫事人員於機構內執行業務，其聘僱外國醫事人員之人數或比率，由中央衛生福利主管機關公告之。
前項外國醫事人員，須經中央衛生福利主管機關核准，不受須領有我國醫事專門職業證書之限制。其資格、條件、廢止及其他管理事項之辦法，由中央衛生福利主管機關定之。
適用前條第二項之外國人及前二項之外國醫事人員，不包括香港或澳門居民。 |
一、為引進國外優秀醫療技術及人員，適度放寬特區內國際醫療機構得聘僱外國醫事人員，並制定適當比率上限，以降低對國內醫療之衝擊，爰訂定第一項。
二、為管理國際醫療機構所聘僱之外國醫事人員資格及相關條件，爰訂定第二項。
三、特區推動之國際健康，係為與歐美國家接軌，引進歐美國家特殊醫療之專業人員，爰於第三項明定前條第二項所指外國人及本條所指外國醫事人員不包括香港或澳門居民。至大陸地區人民亦不包括，自不待言。 |
| 第五十一條 非執業登記於國際醫療機構之本國醫師，不得至國際醫療機構執行醫療業務。但急救、醫療機構間之會診、支援、應邀出診或經事先報准，且未逾越中央衛生福利主管機關規定之時段數限制者，不在此限。 |
為保障國人就醫品質，減少國際醫療機構過度排擠國內醫療資源，爰規範本國醫師於國際醫療機構服務之時段數限制。 |
| 第五十二條 國際醫療機構，不得為全民健康保險特約醫事服務機構。 |
為避免設置國際醫療機構排擠國內健保資源，爰訂定本條。 |
| 第五十三條 辦理國際醫療機構之醫療社團法人，應依前一年度營運總收入之一定比例，每年向中央衛生福利主管機關繳納特許費。
前項特許費之繳納起始年度、繳納比率、用途及各項用途比率等事項，由中央衛生福利主管機關定之。 |
一、區內設置國際醫療機構屬特許事業，為維護國內醫療資源之合理分配，適度挹注全民健康保險財源，經主管機關許可設置之國際醫療機構，應於開業後繳交一定比率特許費，爰訂定第一項。
二、為針對不同態樣之國際醫療機構訂定合理之繳納起始年度、繳納比率、用途及各項用途比率，爰授權中央衛生福利主管機關另定，爰訂定第二項。 |
| 第七章 教育服務業 |
章名 |
| 第五十四條 大學經教育部評鑑辦理完善，績效卓著，與外國優質大學合作，引進外國教育資源者，得設立下列高等教育機構或單位：
一、分校、分部或外國大學之分校。
二、學院或外國大學之學院。
三、辦理學位專班或專業學（課）程之單位。
前項機構或單位應依第十條第二項規定，向教育部申請許可為第二類指定事業。
第一項機構或單位所設博士班，得招收取得學士學位者。
於第一項機構或單位修讀博士學位之學生，其配偶及未成年子女為外國人，持停留期限在六十日以上，且未經簽證核發機關加註限制不准延期或其他限制之有效簽證入國，得向內政部入出國及移民署申請居留，經許可者，發給外僑居留證。
第一項機構或單位所設碩士班屬專業實務者，得以修讀學分取代碩士論文。
第一項機構或單位聘任教師，得免於傳播媒體或學術刊物公告徵聘資訊。
國立大學辦理第一項機構或單位所取得之收入，其預算編製及執行、決算編造，得不受預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令之限制。
第一項機構或單位之學術主管產生方式、向學生收取之費用、學位授予程序、專任教育人員年齡、教師初續聘聘期，不受大學法第十三條第二項、第三十五條第一項、私立學校法第四十七條第一項、學位授予法第三條、第六條、第七條、第十一條、第十二條、教育人員任用條例第三十三條、第三十七條第一項規定之限制；辦理採購，不適用政府採購法之規定，但條約或協定另有規定者，從其規定。 |
一、為引領國內外教育合作創新模式，引進外國教育資源及前瞻觀念，並擴大招收境外學生，協助國內高等教育質與量之提升並邁向國際化，爰規劃國內大學與外國大學合作，設立實驗性質之大學（分校、分部）、學院、辦理學位專班或專業學（課）程之單位。希藉此延伸特區之自由度，透過給予國內外大學進行教育合作之最大彈性，並視成效來評估未來高等教育發展之可行方向。
二、考量國內大學數量已趨飽和，第一項明定引進國外優質大學須以雙方學校合作方式進行，一方面可拉近雙方學校辦學水準，另一方面善用國內大學現有資源空間。另為確保試點辦學品質，亦明定參與之國內大學，須經教育部評鑑辦理完善，績效卓著；其合作對象須是能提供具國際水準教育資源之外國優質大學。因此，本項示範性質之國際合作，須是能夠建置符合國際水準之師資、課程、研究及學習環境，以培育國內優秀學生具備國際競爭力，並吸引周邊國家優秀人才來臺。而推動上貴精不貴多，亦可降低各界對稀釋教育資源、衝擊國內學校生源等疑慮。
三、第一項各款臚列國內大學與外國大學之合作型態，包括下列高等教育機構或單位：
(一)分校（分部）：國內大學可與外國大學合作，直接設立有隸屬關係之分校（須有完整教學及行政單位）或分部（須有教學或產學合作單位，得設行政分支），或是無隸屬關係但有明確合作關係之外國大學分校。如紐約大學在阿拉伯聯合大公國之阿布達比分校（NYUAD）、在韓國仁川自由經濟區與松島全球大學（Songdo
Global University）合作引進紐約州立大學韓國分校（SUNY
Korea）、在中國大陸與華東師範大學合作成立上海紐約大學（NYU
Shanghai），其課程安排由紐約大學制定，管理架構與紐約大學一致。
(二)獨立學院：國內大學可與外國大學合作，直接下設有隸屬關係之學院，或是無隸屬關係但有明確合作關係之外國大學學院。如耶魯大學與新加坡國立大學合作設立人文學院（Yale-NUS
College），是新加坡國立大學下之獨立學院，共享新加坡國立大學設施及資源，但享有自主性，且課程教學不同於新加坡國立大學，強調跨學科、國際實習、多元師資及學生來源。
(三)辦理學位專班或專業學（課）程之單位：國內大學可與外國大學合作，選擇具國際優勢或國內發展亟需之學門領域，由所屬系所開設學位專班進行人才長期培育，或提供各式短期課程及訓練等課程服務。如多所頂尖大學之國際研究生學程（TIGP）、高雄餐旅大學與法國藍帶廚藝學院（Le
Cordon Bleu）成立「國際廚藝學園」。
四、教育創新納入特區之理念，與第二類指定事業強調自由化，並可配合其活動特性以虛擬方式呈現，不限在特區實體區域推動之精神相符。爰第二項明定第一項所列高等教育機構或單位，應依本條例第十條第二項規定，向教育部申請許可為第二類指定事業。
五、目前外國大學博士班亦得招收學士班畢業生，並俟入學一段期間後再辦理資格考試確定是否能繼續修讀或轉至碩士班。但依現行大學法第二十三條第三項規定，考生須取得碩士學位或具有同等學力，方得入學修讀博士學位。為利此等機構或單位在吸引境外生能與國際學制接軌，爰第三項明定博士班得招收取得學士學位者。
六、依現行入出國相關法令規定，來臺修讀學位者，其配偶及未成年子女若為外國人，無法隨同申請來臺居留；為鼓勵修業期限較長之博士生專心向學，並考量其家庭團聚之需求，爰於第四項明定於此等機構或單位修讀博士班學生，其配偶子女若為外國人，得向內政部入出國及移民署申請居留。
七、現行學位授予法第七條規定，碩士班研究生須提出論文（藝術類或應用科技類得以創作、展演連同書面報告或以技術報告代替），經碩士學位考試委員會考試通過，始得授予碩士學位。考量國外將碩士學位分成學術導向及專業導向已行之有年，因應國際合作辦學需要，爰第五項明定碩士班屬專業實務者，得以修讀學分取代碩士論文。
八、依現行大學法第十八條規定，大學教師之初聘應於傳播媒體或學術刊物公告徵聘資訊。但學校延攬國際人才時，因國外時空因素往往需要更大彈性。爰第六項明定聘任教師，得免於傳播媒體或學術刊物公告徵聘資訊。
九、目前國立大學一切收支均應納入校務基金依法辦理，僅有捐贈收入、場地設備管理收入、推廣教育收入、建教合作收入及投資取得之有關收益不在此限。為因應國際合作型態之特殊性及經費使用彈性，爰第七項參考國立大學校院校務基金設置條例第十三條但書規定，讓國立大學辦理本項國際合作所取得之收入，得比照前述五項自籌收入之作法，其預算編製及執行、決算編造，不受預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令之限制。
十、為尊重合作學校之運作，並延伸特區之自由度，給予國內外大學進行教育合作之最大彈性，爰於第八項明定此等機構或單位之辦理採購、學術主管產生方式、向學生收取之費用、學位授予程序、專任教育人員年齡、教師初續聘聘期等事宜，得另訂適當規範，不受大學法、私立學校法、學位授予法、教育人員任用條例相關規定之限制。另其辦理採購，除條約或協定另有規定者（如國立大學仍須遵守世界貿易組織（WTO）政府採購協定（GPA）規範）外，不適用政府採購法之規定。 |
| 第五十五條 與大學合作設立之外國大學分校或學院，其教師解聘、停聘或不續聘之事由，除依教師法第十四條第一項規定外，得由該分校或學院另定之。
前項有關教師解聘、停聘或不續聘事由之處理程序，由該分校或學院定之。
第一項分校或學院之設立、組織及運作、教師評審委員會組成及運作、教師申訴評議委員會組成及運作、教師申訴、教師任用資格及審查，不受私立學校法、大學法第二十條、第二十二條、教師法第九條、第二十九條至第三十三條、教育人員任用條例第十四條第四項、第十六條至第十八條規定之限制。
第一項分校之校長任用資格及遴選程序、校務會議組成及運作，不受大學法第九條、第十條、第十五條、第十六條、教育人員任用條例第十條規定之限制。
第一項分校或學院進口用於教育、研究或實驗之必需品，免徵關稅及營業稅；其所有並供學校使用之不動產，經所在地直轄市、縣（市）政府同意者，免徵房屋稅及地價稅。
前項進口用於教育、研究或實驗之必需品，其免稅範圍、品目、數量、限額、通關程序及應遵行事項，準用關稅法第四十九條第三項授權規定之辦法。
第五項進口用於教育、研究或實驗之必需品，轉讓或變更用途者，依關稅法第五十五條、關稅法施行細則第四十六條至第四十八條、加值型及非加值型營業稅法第九條第二款但書及減免關稅之進口貨物補稅辦法規定，補繳或免補繳關稅及營業稅。 |
一、按現行教師法第十四條第一項規定，教師須符合所列十三款事由，始得解聘、停聘或不續聘。針對與國內大學合作設立之外國大學分校或學院，為尊重其母校規定及進用教師之彈性，爰第一項明定除依教師法規定外，得另定教師解聘、停聘或不續聘之事由。
二、另依現行教師法第十四條第二項至第六項規定，不適任教師須依不同程序層報校內教師評審委員會議、主管教育行政機關後始得解聘、停聘或不續聘。針對與國內大學合作設立之外國大學分校或學院，為尊重其母校規定及進用教師之彈性，爰第二項針對教師法及學校自訂事由之解聘、停聘或不續聘，予以放寬，得由該分校或學院另定處理程序。
三、為增加國外大學來臺與國內大學合作的誘因，其合作設立之外國大學分校或學院，無須先向教育部申請成立學校財團法人，即可設立分校或學院。設立後組織運作事宜，亦可依雙方學校所商定之共管機制，另做適當規範，不受私立學校法之限制。另基於尊重其母校運作，除上述設立分校或學院之條件及設立後組織運作事宜將另做規範，不受私立學校法限制外，實務上未必會成立教師評審委員會、教師申訴評議委員會，對教師申訴、教師任用資格、教師資格審查等亦可能有不同作法。爰第三項明定其設立及運作、教師評審委員會組成及運作、教師申訴評議委員會組成及運作、教師任用資格，不受私立學校法、大學法、教師法、教育人員任用條例相關規定之限制。
四、考量與國內大學合作設立之外國大學分校，其校長任用資格及遴選程序宜尊重合作學校之規定，且實務上未必會成立校務會議，爰第四項明定其校長任用資格及遴選程序、校務會議組成及運作，不受大學法、教育人員任用條例相關規定之限制。
五、為配合將國內外教育合作創新模式納入特區，參照關稅法第四十九條第一項第六款及加值型及非加值型營業稅法第九條第二款之規定，於第五項前段明定第一項分校或學院進口用於教育、研究或實驗之必需品，免徵關稅及營業稅。為配合上開政策，又考量房屋稅及地價稅為地方政府主要財源，爰定明第一項規定之分校或學院所有供學校使用之不動產，經所在地直轄市、縣（市）政府同意者，免徵房屋稅及地價稅。
六、為使來臺設立分校或學院之外國大學進口用於教育、研究或實驗之必需品之免稅範圍及通關程序等與現行國內各級學校、教育或研究機構進口前開必需品之規定一致，爰明定準用關稅法第四十九條第三項授權規定之教育研究用品進口免稅辦法。
七、第七項明定第五項進口用於教育、研究或實驗之必需品，轉讓或變更用途者，應補繳或免補繳關稅及營業稅。 |
| 第五十六條 國立大學與外國大學合作設立之分校、分部、學院或辦理學位專班或專業學（課）程之單位，其行政主管得以契約進用之。
國立大學與外國大學合作辦理分校、分部、學院、學位專班、專業學（課）程之單位時，其經管之公有不動產得出租或設定地上權，不受國有財產法第二十八條、第六十六條及地方公產管理法令之限制。 |
一、依現行大學法第十四條第五項規定，僅有國立大學非主管職務之職員，得以契約進用。為增加國立大學因應國際合作聘用行政主管之彈性，第一項明定國立大學與外國大學合作設立之分校、學院或辦理學位專班或專業學（課）程之單位，其行政主管得以契約進用之。
二、考量未來國立大學與外國大學合作時，對其經管之公有不動產運用，應給予更多彈性以因應彼此多元合作型態之需求。爰第二項放寬其經管之公有不動產得出租或設定地上權，不受國有財產法第二十八條、第六十六條及地方公產管理法令之限制。 |
| 第五十七條 依第五十四條第一項所設立之機構或單位，有關雙方合作學校認定基準、學校共管機制、設立條件、變更或停辦要件、監督、招生、學生修業、教職員進用、採購、內部稽核及其他應遵行事項之辦法，由教育部定之。
依前項設立之機構或單位涉及之租稅條件，由教育部會同財政部定之。 |
一、學校辦學具有公共性，公立大學自不待言，而私立大學揆諸私立學校法第一條規定「為促進私立學校多元健全發展，提高其公共性及自主性，以鼓勵私人興學，並增加國民就學及公平選擇之機會」，且享有免徵土地賦稅、房屋稅、關稅、所得稅、捐贈私校享有減稅待遇等各項賦稅優惠。為避免國內大學與外國大學合作設立之高等教育機構或單位，偏向營利取向，衝擊辦學之公共性，衍生教育走向產業化之疑慮。爰明定雙方合作學校認定基準，包括如何認定國內績優學校、外國優質大學，以及雙方學校共管機制，包括組織人事、權責分工、資源分攤等必要項目，均由教育部另定辦法規範。
二、推動教育創新涉及大學法、私立學校法、學位授予法、國立大學校院校務基金設置條例、教育人員任用條例、教師法、政府採購法、國有財產法、入出國及移民法等事項，業透過前開條文予以突破，惟亦需訂定適當替代措施，督導學校自我課責。準此，教育部將另定辦法作適度規範，一方面給予辦學最大彈性，增加誘因並發揮示範效果；另一方面爭取社會認同，進而支持指定活動擴大辦理。
三、私立學校享有各項稅賦優惠，至於所設立的機構或單位是否仍能享有相關優惠，應由教育部會同財政部決定之。 |
| 第八章 罰 則 |
章名 |
| 第五十八條 違反第四十七條第二項規定，未經中央農業主管機關同意，將適用野生動物保育法規定之保育類觀賞水族動物流出特區者，處六月以上五年以下有期徒刑，得併科新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰金。查獲之保育類觀賞水族動物，不問屬何人所有均得沒收之。 |
違反第四十七條第二項規定將保育類觀賞水族動物流出特區者，其行為與違反野生動物保育法第二十四條規定「未經中央主管機關同意輸入保育類野生動物者」，應等同視之。爰參酌該法第四十條相應之罰責於本條例規定，以為衡平。 |
| 第五十九條 第一類指定事業未依第三十六條第一項規定向海關辦理通關，而運入或運出貨物者，由海關處貨價一倍至三倍之罰鍰，併沒入貨物。
第一類指定事業依第三十六條第一項規定向海關辦理通關，有不實情事者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，或沒入或併沒入貨物。但納稅義務人或貨物輸出人得檢附證明文件向海關申請更正後，免予處罰。
前二項貨物不問屬何人所有，均得沒入。 |
一、為避免第一類指定事業未向海關報關，而擅將貨物運往課稅區、保稅區、自由貿易港區、其他特區或同一特區事業造成私運行為，爰參照海關緝私條例第三十六條規定，於第一項明定第一類指定事業未依第三十六條第一項規定向海關辦理通關，由海關處貨價一倍至三倍之罰鍰，併沒入貨物。
二、為避免第一類指定事業於報關時有申報不實之行為，爰於第二項明定第一類指定事業依第三十六條第一項規定向海關辦理通關，有不實情事，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，或沒入或併沒入貨物。並參考關稅法第十七條第五及第六項規定，明定納稅義務人或貨物輸出人檢附證明文件向海關申請更正後得免予處罰。
三、第三項明定貨物不問屬何人所有，均得沒入。 |
| 第六十條 第一類指定事業或受託廠商未依第三十七條第一項規定設置電子帳冊或電子帳冊記載不實，或違反第四十六條第一項規定，拒絕、規避或妨礙海關查核者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；經處罰三次仍未改正者，海關得停止第一類指定事業六個月以下進儲未稅貨物業務，或由管理機關停止其六個月以下委（受）託業務；情節重大者，得廢止第一類指定事業之許可。
第一類指定事業違反第三十六條第六項所定辦法有關貨物通關、帳務處理及貨物控管相關規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰並命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；經處罰三次仍未改正者，海關得停止其六個月以下進儲未稅貨物業務，或由管理機關停止其六個月以下委（受）託業務；情節重大者，得廢止第一類指定事業之許可。 |
一、特區採低度行政管制措施，為督促第一類指定事業及受託廠商以電子帳冊方式辦理委外貨物登帳、貨物管理及帳務處理、年度盤點等事項時，應負詳實記載資料之義務；另對於海關實施實地查核時，有拒絕、規避或妨礙海關查核者，應予處罰，爰訂定第一項。
二、海關管理事項繁雜，無法於本條例逐一明定第一類指定事業違反應辦事項義務之罰則，爰參照關稅法第八十一條至第九十二條規定，於第二項明定業者違反授權辦法規定事項，亦應予處罰。 |
| 第六十一條 第一類指定事業輸入第四十二條第一項第二款之貨物，未依第四十三條規定期限復運回特區或出口者，管理機關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；經處罰後仍未改正者，得沒入貨物，並得停止其六個月以下委託業務，情節重大者，得廢止第一類指定事業之許可。 |
為使業者遵循輸入陸貨之規定，明定第一類指定事業輸入第四十二條第一項第二款之貨物，未依第四十三條規定期限復運回特區或出口之處罰。 |
| 第六十二條 第一類指定事業未依第四十四條規定向海關或所在地稅捐稽徵機關辦理申報者，除補繳稅費外，由該管應受理機關處應補稅額一倍以下之罰鍰，並得由海關停止其六個月以下進儲未稅貨物業務；情節重大者，得由管理機關廢止第一類指定事業之許可。
前項之罰鍰金額不得低於新臺幣三萬元。 |
一、第一類指定事業如未依第四十四條規定主動申報補繳稅費，除應補徵有關之稅捐外，其尚涉及違章漏稅行為，爰於第一項明定處應補稅額一倍以下之罰鍰，並得由海關停止其六個月以下進儲未稅貨物業務，若屬情節重大者，得由管理機關廢止第一類指定事業之許可。
二、為促使第一類指定事業踐行誠實申報之義務，爰於第二項明定裁罰漏稅行為之罰鍰最低額。 |
| 第六十三條 違反第四十七條第二項規定，棄養觀賞水族動物或未妥善管理，致使觀賞水族動物逸失者，由中央農業主管機關處新臺幣五萬元以上二十五萬元以下罰鍰；其致有破壞生態系之虞者，處新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰。 |
違反第四十七條第二項規定，棄養觀賞水族動物或未妥善管理，致使觀賞水族動物逸失；或因此致有破壞生態系之虞者，應處罰鍰，爰訂定本條文。 |
| 第六十四條 違反第四十七條第二項規定，未經中央農業主管機關之同意，將一般類觀賞水族動物流出特區者，由中央農業主管機關處新臺幣一萬元以上五萬元以下罰鍰。查獲之一般類觀賞水族動物，不問屬何人所有均得沒入之。 |
違反第四十七條第二項規定，將一般類觀賞水族動物流出特區者，其行為，與違反野生動物保育法第二十四條規定「未經中央主管機關同意輸入一般類野生動物者」，應等同視之，爰參酌該法第五十一條於本條例規定相應之罰則，以為衡平。 |
| 第六十五條 本國醫師違反第五十一條規定，至國際醫療機構執行業務者，由直轄市或縣（市）政府處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並令限期改正；屆期未改正者，按次處罰。
本國醫師違反第五十一條但書所定時段數限制者，由直轄市或縣（市）政府處新臺幣三萬元以上十五萬元以下罰鍰，並令限期改正；屆期未改正者，按次處罰。 |
為避免非執業登記於國際醫療機構之本國醫師，至國際醫療機構執行業務，或違反但書之規定，爰於第一項及第二項分別明定相關處罰。 |
| 第六十六條 違反第五十三條第一項規定，未依規定繳納特許費者，由中央衛生福利主管機關處原應繳金額三倍至五倍罰鍰，並令其限期繳納；屆期未繳納者，得廢止其國際醫療機構之開業執照。 |
為使國際醫療機構依規定繳納特許費，明定違反第五十三條第一項規定之處罰。 |
| 第九章 附 則 |
章名 |
| 第六十七條 本條例自公布日施行，施行期間十年。 |
明定本條例之施行期間。依行政院核定之自由貿易經濟特區規劃方案，將本條例施行期間定為十年。 |
