| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第二條 經海關核准登記供存儲保稅貨物之倉庫為保稅倉庫，其設立及管理，依本辦法規定辦理。本辦法未規定者，適用其他相關法令之規定。 申請登記為完全存儲自行進口保稅貨物、自行向國內採購保稅貨物、供重整用貨物、供免稅商店或離島免稅購物商店銷售用貨物之保稅倉庫，為自用保稅倉庫，不得存儲非自己所有之貨物。 | 第二條 經海關核准登記供存儲保稅貨物之倉庫為保稅倉庫，其設立及管理，依本辦法規定辦理。本辦法未規定者，適用其他相關法令之規定。 申請登記為完全存儲自行進口或自行向國內採購保稅貨物或供重整用貨物之保稅倉庫（以下簡稱自用保稅倉庫），不得存儲非自己所有之貨物。 |
依據第三條第十款規定，保稅倉庫得存儲供免稅商店或離島免稅購物商店銷售用之貨物，爰配合修正第二項，增訂申請登記為完全存儲供免稅商店或離島免稅購物商店銷售用貨物之保稅倉庫，為本辦法所稱之自用保稅倉庫，並酌作文字修正。 |
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| 第四條 保稅倉庫不得進儲下列物品： 一、關稅法第十五條規定不得進口之物品。 二、毒品、管制藥品。 三、槍械、武器、彈藥及爆炸危險物。 四、舊車零組件、廢鐵、廢五金、有害事業廢棄物、醫藥報廢物及其他廢料。 五、管制輸入貨品。 六、未經檢疫合格之動、植物或其產品。 七、未取具相關主管機關同意文件之下列物品： (一)毒性化學物品、氯氟烴（HCFCs）等列管化學品。 (二)放射性物品。 (三)輸往管制地區之特定戰略性高科技貨品。 (四)存儲期間可能產生公害或環境污染之貨物。 (五)保育類野生動物或其產製品。 (六)鑽石原石。 (七)其他經相關主管機關公告須取具同意輸入文件之物品。 八、其他經財政部公告不適宜存儲保稅倉庫之貨物。 保稅倉庫存儲自國內採購之貨物適用前項之規定。 | 第四條 保稅倉庫不得進儲下列物品： 一、關稅法第十五條規定不得進口之物品。 二、毒品、管制藥品。 三、槍械、武器、彈藥及爆炸危險物。 四、舊車零組件、廢鐵、廢五金、有害事業廢棄物、醫藥報廢物及其他廢料。 五、管制輸入貨品。 六、未經檢疫合格之動、植物或其產品。 七、未取具相關主管機關同意文件之下列物品： (一)毒性化學物品、氯氟烴（HCFCs）等列管化學品。 (二)放射性物品。 (三)輸往管制地區之特定戰略性高科技貨品。 (四)存儲期間可能產生公害或環境污染之貨物。 (五)保育類野生動物或其產製品。 (六)鑽石原石。 (七)其他經相關主管機關公告須取具同意輸入文件之物品。 八、其他經海關公告不適宜存儲保稅倉庫之貨物。 保稅倉庫存儲自國內採購之貨物適用前項之規定。 |
第一項第一款至第七款保稅倉庫不得進儲之物品，係依各貨品主管機關轄管法規辦理，第八款其他經海關公告不適宜存儲保稅倉庫之貨物，涉商民權利限制，宜由財政部公告，爰修正第一項第八款規定。 |
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| 第九條 經核准登記之保稅倉庫，由海關發給執照，並每兩年依第七條規定辦理校正一次。 本辦法中華民國九十二年六月二十七日修正施行前已核准登記之保稅倉庫辦理校正時，海關得依原核准登記時之規定辦理，並應就第五條第一項第二款有關防盜、防火、防水、通風及照明等安全設備實地勘查。 保稅倉庫登記事項之變更，應於辦妥變更登記之翌日起三十日內檢附有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。但倉庫地點或面積變更，應於變更前先報請監管海關核准；實收資本額變更，應於主管機關核准變更登記前向監管海關報備。 | 第九條 經核准登記之保稅倉庫，由海關發給執照，並每兩年依第七條規定辦理校正一次。 本辦法中華民國九十二年六月二十七日修正施行前已核准登記之保稅倉庫辦理校正時，海關得依原核准登記時之規定辦理，並應就第五條第一項第二款有關防盜、防火、防水、通風及照明等安全設備實地勘查。 保稅倉庫之登記事項除增資外，如有變更，應於辦妥變更登記之翌日起十五日內檢附有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。但倉庫地點或面積變更，應於變更前先報請監管海關核准。 |
為簡政便民並利海關作業一致性，爰比照海關管理保稅工廠辦法第七條第二項有關換照手續應於辦妥變更登記之翌日起三十日內為之規定，修正第三項，放寬保稅倉庫變更登記期限為三十日；另實收資本額為設立保稅倉庫應具備條件之一，為確實掌握保稅倉庫登記後減資或增資情形，爰增訂第三項後段，規定實收資本額變更，應於主管機關核准變更登記前向監管海關報備。 |
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| 第十七條 自用保稅倉庫自加工出口區、科學工業園區及農業科技園區區內保稅倉庫以外之事業、保稅工廠、自由貿易港區或物流中心購買保稅貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。 自用保稅倉庫自課稅區廠商購買供重整用之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。 | 第十七條 自用保稅倉庫自加工出口區、科學工業園區及農業科技園區區內保稅倉庫以外之事業、保稅工廠或物流中心購買保稅貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。 自用保稅倉庫自課稅區廠商購買供重整用之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。 |
自用保稅倉庫自自由貿易港區購買貨物，除得依第十八條第一項規定向海關申請按月彙報外，實務上亦得採逐筆申報之方式辦理，惟現行條文並未明文規範其報關程序，爰於第一項修正增列，以全法據。 |
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| 第二十六條 依第十七條及第三十六條第一項、第二項規定進儲保稅倉庫之保稅貨物發生退貨時，依下列規定辦理： 一、退回課稅區之貨物，應由買賣雙方聯名填具退貨申請書，報經海關核准，填具報單，向海關申報。 二、退回加工出口區或科學工業園區、農業科技園區、保稅工廠、自由貿易港區或物流中心之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，向海關申報。 | 第二十六條 依第十七條及第三十六條第一項、第二項規定進儲保稅倉庫之保稅貨物發生退貨時，依下列規定辦理： 一、退回課稅區之貨物，應由買賣雙方聯名填具退貨申請書，報經海關核准，填具報單，向海關申報。 二、退回加工出口區或科學工業園區、農業科技園區、保稅工廠、物流中心之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，向海關申報。 |
修正條文第十七條第一項已增訂自用保稅倉庫自自由貿易港區購買保稅貨物之報關程序，惟未規範其退貨案件之報關申報方式，爰修正第二款，增訂自由貿易港區，以全法據。 |
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| 第四十一條 保稅貨物於重整後出口或修護貨櫃、貨盤完工後，其所使用之課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於出口後依關稅法第六十三條規定辦理沖退稅。 專供存儲免稅商店銷售貨物之自用保稅倉庫進儲課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於貨物通關放行後，由出口人向海關申請核發出口報單副本，憑以辦理沖退稅。 前項自用保稅倉庫自課稅區進儲國產貨物之退貨，應於進儲之翌日起三個月內提出申請，出口人已領有出口報單副本者，應予收回註銷或更正；其已辦理沖退稅者，應補徵已沖退稅款，並通知所屬稅捐稽徵機關。進儲逾三個月之退貨案件，其退貨手續按一般貨物進口通關程序辦理，並按該貨物進儲時形態課稅。 | 第四十一條 保稅貨物於重整後出口或修護貨櫃、貨盤完工後，其所使用之課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於出口後依關稅法第六十三條規定辦理沖退稅。 |
因應財政部一百零四年三月十二日台財關字第一○四一○○五一八九號令修正發布免稅商店設置管理辦法，刪除原第十八條第六款及第十九條第六款有關免稅商店辦理沖退稅及退貨之規定，且上開辦法第十七條第一項明定「免稅商店之保稅貨物……管理及貨物進出應依保稅倉庫設立及管理辦法之規定辦理。」爰免稅商店銷售貨物之沖退稅即應依本辦法相關規定辦理，惟查本條係針對「保稅貨物於重整後出口或修護貨櫃、貨盤完工後，其所使用之課稅區國產貨物……於出口後依關稅法第六十三條規定辦理沖退稅」為規範，免稅商店之銷售貨物既非屬重整貨物，且進儲後即移倉至免稅商店售與入出境旅客，並無貨物出口之申報方式，應如何辦理沖退稅，未臻明確，為確保業者合法沖退稅之權益，爰比照已刪除之免稅商店設置管理辦法第十八條第六款及第十九條第六款規定，於第二項增訂其自課稅區進儲保稅倉庫後，由海關核發出口報單副本辦理沖退稅，並於第三項增訂其退貨之作業方式，以全法制。 |
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| 第四十七條 保稅倉庫存儲之保稅貨物，有下列情形之一者，得轉儲其他保稅倉庫、自由貿易港區或物流中心，由原進儲人或買賣雙方聯名填具保稅貨物轉儲其他保稅倉庫、自由貿易港區或物流中心申請書向海關申請辦理： 一、運往物流中心、自由貿易港區或轉儲國內其他通商口岸保稅倉庫者。 二、售與自用保稅倉庫者。 三、自用保稅倉庫出售之外貨。 四、保稅倉庫廢止登記停止營業者。 五、發生不可抗力之天災，如浸水、山崩、颱風致有損壞存儲之保稅貨物或可預見其發生之可能者。 六、原進儲人自行設立保稅倉庫者。 七、其他特殊情況者。 前項第四款至第七款情形，如係轉儲同一通商口岸之其他保稅倉庫者，應事先申請海關核准。 | 第四十七條 保稅倉庫存儲之保稅貨物，有下列情形之一者，得轉儲其他保稅倉庫或物流中心，由原進儲人或買賣雙方聯名填具保稅貨物轉儲其他保稅倉庫或物流中心申請書向海關申請辦理： 一、運往物流中心或轉儲國內其他通商口岸保稅倉庫者。 二、售與自用保稅倉庫者。 三、自用保稅倉庫出售之外貨。 四、保稅倉庫廢止登記停止營業者。 五、發生不可抗力之天災，如浸水、山崩、颱風致有損壞存儲之保稅貨物或可預見其發生之可能者。 六、原進儲人自行設立保稅倉庫者。 七、其他特殊情況者。 前項第四款至第七款情形，如係轉儲同一通商口岸之其他保稅倉庫者，應事先申請海關核准。 |
第四十八條已明定保稅貨物於保稅倉庫及自由貿易港區間轉儲之存倉期限，惟未規範其轉儲之通關程序，爰於第一項序言及第一款修正增列，以全法據。 |
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