| 第一條 本辦法依產業創新條例（以下簡稱本條例）第十二條之一第七項規定訂定之。 |
本辦法訂定之依據。 |
| 第二條 公司應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，就本條例第十條第一項規定及第十二條之一第一項規定擇一適用，當年度結算申報期間屆滿後不得變更。 |
公司應於當年度結算申報期間選擇適用本條例第十條或第十二條之一第一項，當年度結算申報期間屆滿後不得變更。 |
| 第三條 依本辦法規定申請適用研究發展支出加倍減除之公司，應符合下列條件：
一、依公司法設立之公司。
二、最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。 |
本條例第十條為提高企業社會責任之意識，訂有公司違反環境保護、勞工及食品安全衛生相關法律且情節重大者，不得申請適用研究發展投資抵減等規定。基於公司得就本辦法及本條例第十條研究發展投資抵減擇一適用，其適用資格應具一致性，爰訂定第二款規定。 |
| 第四條 我國個人或公司在其讓與或授權自行研發所有之智慧財產權取得之收益範圍內，得就當年度研究發展支出金額百分之兩百限度內自當年度應課稅所得額中減除。
我國個人於同一年度讓與或授權二筆以上自行研發所有之智慧財產權，其按前項規定得減除之金額應逐筆計算，且減除至當年度各該筆所得額為零止。
公司依第一項規定得減除之金額，以其當年度讓與或授權自行研發所有之智慧財產權取得之收益範圍為限，且減除至當年度課稅所得額為零止。
我國個人或公司依所得稅法第十四條第一項第五類、第七類或第二十四條規定計算之課稅所得額為負數或虧損者，不得依前三項規定減除。
公司適用本辦法者，其減除之金額應依所得基本稅額條例第七條第一項第十款規定，計入其基本所得額。
第一項受讓人或被授權人以企業、國內大專校院或研究機構為限。
前項所稱國內研究機構，包括政府之研究機關（構）、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。 |
一、第一項明定得加倍減除之比率，俾資適用。
二、第二項明定我國個人研究發展支出金額得加倍減除之金額，以讓與或授權自行研發所有之智慧財產權取得之收益範圍為上限，並按讓與或授權之智慧財產權逐筆計算。
三、第三項明定公司得減除金額上限，除不得超過其讓與或授權自行研發所有之智慧財產權取得之收益外，得減除之金額至多以當年度依所得稅法規定計算之課稅所得額為限，舉例如下：某公司一百零五年授權其自行研發所有之專利取得之權利金一百萬元，研究發展費用為七十萬元（全數符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法，惟加倍後總減除金額為一百四十萬元，超過權利金收益一百萬元），當年度尚未計入本辦法增加之減除金額之課稅所得額為二十萬元，該公司雖可在權利金收益一百萬元範圍內認列減除金額，增加減除之研究發展支出為三十萬元（一百萬元減七十萬元），惟該金額超過當年度課稅所得額二十萬元，超過部分十萬元不得減除，爰依本辦法適用得減除金額為九十萬元（七十萬元之當年度研究發展費用加二十萬元之增加減除金額）。
四、為避免爭議，第五項明定本辦法依所得基本稅額條例第七條第一項第十款規定，應計入其基本所得額。
五、為落實政策目的，確將智慧財產權流通於國內產業充分發揮，爰於第六項及第七項訂定第一項受讓人或被授權人範圍。 |
| 第五條 我國個人適用前條第一項規定得減除之研究發展支出，以讓與或授權當年度所發生與該智慧財產權相關之研究發展成本及必要費用為限。
公司當年度研究發展支出及研究發展活動之認定依公司研究發展支出適用投資抵減辦法相關規定辦理，並以依該辦法核定之金額為限。 |
一、第一項明定個人適用加倍減除規定，其研究發展支出之認定原則。
二、第二項明定公司適用加倍減除規定，其研究發展支出及研究發展活動之認定，應依公司研究發展支出適用投資抵減辦法之規定辦理，公司應依該辦法規定檢附相關文件，向其中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動，並以依該辦法核定之金額為限。 |
| 第六條 本辦法讓與或授權智慧財產權取得之收益，不符合營業常規之安排者，經稅捐稽徵機關依所得稅法第四十三條之一、金融控股公司法第五十條第一項及企業併購法第四十七條第一項第一款規定按交易常規予以調整，應以調整後之收益適用本辦法。 |
對於本辦法之智慧財產權收益，若不符合營業常規安排，經稅捐稽徵機關調整後，以調整後之收益計算適用本辦法得減除之金額，避免納稅義務人以非常規交易方式提高智慧財產權收益，享受不當之租稅優惠利益。 |
| 第七條 我國個人或公司應於當年度所得稅結算申報期間開始前二個月，檢附下列文件向受讓或被授權人之中央目的事業主管機關申請認定：
一、智慧財產權讓與或授權之契約書。
二、智慧財產權權利證書影本或律師、會計師或其他負相當法律責任之專業人員調查智慧財產權之意見書、評價報告、技術說明等相關文件。
三、足資證明該智慧財產權為自行研發之相關文件。
四、其他相關證明文件。
前項受讓或被授權人為國內大專校院或研究機構者，我國個人或公司應向該智慧財產權運用產業之中央目的事業主管機關申請認定。
前二項為認定之中央目的事業主管機關應於個人或公司辦理當年度所得稅結算申報期間開始日前將認定結果函復申請人，並副知個人戶籍或公司所在地稅捐稽徵機關。 |
一、第一項明定我國個人或公司向受讓或被授權人之中央目的事業主管機關申請認定之期限及須檢附之文件資料。舉例說明，我國個人或會計年度採曆年制之公司，應於讓與年度次年二月底前向受讓或被授權人之中央目的事業主管機關申請認定，該主管機關應於讓與年度次年四月底前將認定結果函復申請人。倘公司採特殊會計年度如十一月制者，其申請及認定結果函復期限分別為讓與年度十二月底及次年二月底，為利實務需要，公司應於申請時註明會計年度及營利事業所得稅結算申報開始日。
二、另對於受讓或被授權人倘為國內大專校院或研究機構者，於第二項訂定我國個人或公司應向該智慧財產權運用產業之中央目的事業主管機關申請認定。例如甲公司轉讓其智慧財產權予乙國內研究機構，該智慧財產權若運用於半導體產業，則向該產業之中央目的事業主管機關（經濟部工業局）申請認定。
三、為利個人或公司依第一項之認定結果辦理後續事宜，爰第三項明定中央目的事業主管機關函復申請人之期限。 |
| 第八條 我國個人於辦理當年度所得稅結算申報時，應依規定格式填報並檢附下列文件，送請其戶籍所在地之稅捐稽徵機關核定其減除金額：
一、中央目的事業主管機關之智慧財產權認定函影本。
二、智慧財產權讓與或授權之契約書及評價報告。
三、該讓與或授權自行研發所有之智慧財產權所產生之研究發展成本及必要費用之證明文件。
四、其他相關證明文件。
公司於辦理當年度所得稅結算申報時，應依規定格式填報並檢附下列文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其減除金額：
一、中央目的事業主管機關之智慧財產權認定函影本。
二、智慧財產權讓與或授權之契約書及評價報告。
三、公司研究發展支出適用投資抵減辦法第四條第四項及第十二條第一項規定文件。
四、其他相關證明文件。
個人或公司依前二項規定填報及檢送之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期間屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關不予受理。 |
明定我國個人或公司適用研發支出加倍減除，辦理所得稅申報之程序及應檢附文件規定。 |
| 第九條 我國個人未申報或未能提出證明文件者，其成本及必要費用按其收益百分之三十計算減除之，不適用本條例第十二條之一第一項研究發展支出金額百分之兩百限度內自當年度應課稅所得額中減除之規定。 |
依據本條例第十二條之一第五項規定，已明定個人未申報或未能提出證明文件者，其成本及必要費用計算方式之規定。為避免申請人誤解，爰訂定本條規定，以資明確。 |
| 第十條 依本辦法規定申請研究發展支出適用加倍減除應課稅所得額之我國個人或公司，其當年度申報之研究發展支出，經稅捐稽徵機關查明有虛報情事者，依所得稅法有關逃漏稅處罰及稅捐稽徵法有關停止其享受獎勵待遇之規定處理。 |
對虛偽申報情事者之規定。 |
| 第十一條 我國個人或公司適用本條例第十二條之一第一項規定者，其研究發展支出應以在中華民國一百零五年一月一日起至一百零八年十二月三十一日止發生者為限。 |
明定本辦法之我國個人或公司研究發展支出以一百零五年一月一日至一百零八年十二月三十一日間發生者為限。 |
| 第十二條 本辦法自中華民國一百零五年一月一日施行至一百零八年十二月三十一日止。 |
本辦法之施行期間。 |