| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第四條 臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸包機者，其航機務審查、試航、申請條件、程序及申請費等事項，準用民用航空運輸業管理規則第十三條第二項、第十六條、第三十五條之一、國際航權分配及包機審查綱要第十三條第一項及第二項規定。 臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸空運相關協議明定以定期班機管理之包機者，依前條規定辦理。 臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸包機之航線，已有業者經營定期航線班機者，應不予核准。但專案申請經民航局核准者，不在此限。 | 第四條 臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸包機者，其航機務審查、試航、申請程序及申請費等事項，準用民用航空運輸業管理規則第十三條第二項、第十六條、第三十五條之一、國際航權分配及包機審查綱要第十三條第一項規定。 臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸空運相關協議明定以定期班機管理之包機者，依前條規定辦理。 臺灣地區民用航空運輸業申請飛航兩岸包機之航線，已有業者經營定期航線班機者，應不予核准。但專案申請經民航局核准者，不在此限。 |
國際航權分配及包機審查綱要業於一百零四年八月十日修正發布，於第十三條第二項增訂有關業者發生航空器失事，一年內所申請國際包機應不予核准之規定，為督促業者注重飛航安全，爰配合增列相關準用規定。 |
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| 第十一條 大陸地區民用航空器，除前二條規定之飛航外，其飛入飛出臺灣地區之申請程序，準用民用航空運輸業管理規則第二十條、外籍航空器飛航國境規則第六條、第七條及第七條之一規定。 | 第十一條 大陸地區民用航空器，除前二條規定之飛航外，其飛入飛出臺灣地區之申請程序，準用民用航空運輸業管理規則第二十條、外籍航空器飛航國境規則第六條及第七條規定。 |
外籍航空器飛航國境規則業於一百零四年七月三十日修正發布，將原第七條有關民航局核准之外籍航空器空機運渡、不定期飛航及外籍自用航空器飛航通知單到離時間前後二十四小時有效之規定，移列至新增條文第七條之一，爰配合增列相關規定，以資適用。 |
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| 第十二條之一 本辦法各項飛航申請得於民航局指定之資訊系統以電子化方式為之。 | |
一、本條新增。
二、為提升飛航申請作業之效率，民航局已建置「航班管理整合系統」受理飛航案件之申請，爰明定飛航申請得於民航局建置之資訊系統以電子化方式為之。 |
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| 第十二條之二 第三條至第五條、第七條及第九條至第十一條之飛航申請或變更之受理及核准，民航局得委託航空站經營人辦理。 民航局依前項規定為委託行為時，應將委託之對象、事項及法規依據公告之，並刊登於政府公報。 | |
一、本條新增。
二、為簡化飛航申請作業，提升行政效率，於第一項明定民航局得將部分飛航申請委託航空站經營人受理及核准，並於第二項明定權限委託之規定及程序。 |
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