| 第一條 臺灣與中國協議之締結，依本條例處理及監督之。 |
揭櫫本條例立法意旨。 |
| 第二條 協議應維護國家主權，本平等互惠之原則，保護國民權益，促進兩國合作，確保兩國之和平。 |
參考我國憲法第十三章基本國策第二節外交第一百四十一條明定，中華民國之外交，應本獨立自主之精神，平等互惠之原則，敦睦邦交，尊重條約及聯合國憲章，以保護僑民權益，促進國際合作，提倡國際正義，確保世界和平。 |
| 第三條 本條例所稱協議，係指臺灣與中國就涉及行使公權力或政治議題事項所簽署之文書；協議之附加議定書、附加條款、簽字議定書、同意紀錄、附錄及其他附加文件，均屬構成協議之一部分。
本條例所稱締結機關為大陸委員會，但協議內容涉及專門性、技術性事宜者，經行政院院會核可，得由大陸委員會邀集相關機關，或請相關機關派員會同辦理。
締結機關得依行政程序法第十六條規定，委託下列機構，辦理第五條第一項範圍以外之協議簽署前之協商事宜：
一、公設財團法人。
二、設立目的為處理台灣與中國人民往來有關事務並以大陸委員會為中央主管機關或目的事業主管機關之民間團體、機構。 |
一、明定本條例所稱協議之定義及範圍。
二、明訂兩岸協議之辦理機關及協辦機關。
三、明定委託民間機構辦理協議之授權範圍，以第五條第一項各款以外之事項為限。換言之，委託事項以一般事務性質為限，不需經立法院審議。 |
| 第四條 各級地方政府機關（構），非經締結機關授權，不得與中國人民、法人、團體或其他機關（構），以任何形式協商簽署協議。公務人員、各級公職人員或各級地方民意代表機關，亦同。
人民、法人、團體或其他機構，除依本條例規定，經締結機關或各該主管機關授權，不得與中國人民、法人、團體或其他機關（構）簽署涉及我國公權力或政治議題之協議。 |
為避免地方政府機關（構）、人民、法人、團體或其他機構在未經大陸委員會授權下以不透明的密室程序與中華人民共和國政府簽訂協議，爰明定各級地方政府、公務員、公職人員及其他人員、機關、團體，未經依法授權，不得簽署協議。 |
| 第五條 協議之內容涉及國防、外交、財政及經濟上利益之國家重要事項者，行政院應進行影響評估，並依立法院職權行使法第十七條規定，向立法院提出報告。
前項涉及國防、外交、財政及經濟上利益之國家重大事項之協議，必要時，立法院得經院會決議，派員參與協議之談判。
第一項之影響評估，應包括：
一、對國家安全與社會治安之影響。
二、對國內經濟之影響。
三、對國家財政之影響。
四、對國內相關產業之影響。
五、對國民就業之影響。
六、對國內自然及環境生態之影響。
七、與國家現行法令衝突之情形。
八、對可能衝擊產業之輔導與補救。
九、其他經立法院決議應辦理影響評估之事項。
前項影響評估作成後，應公告周知。 |
一、協議內容涉及國防、外交、財政及經濟上利益之國家重大事項者，行政院院長應依立法院職權行使法第十七條規定，向立法院提出報告，以彰顯行政院向立法院負責之憲政旨意，並確保協議簽署之慎重。
二、參考外國體例，涉及國防、外交、財政及經濟上利益之國家重大事項之協議，必要時，立法院得經院會決議，派員參與協議之談判。
三、協議不得以犧牲人民權益為前提，故締結機關於正式簽署協議前，依據協議草案之內容與性質，就國內治安、經濟、政府財政收支、相關產業、國民就業、國內自然生態環境、現行法令之影響等向立法院提出影響評估報告及影響因應方案。
四、協議事涉敏感，應公告周知。 |
| 第六條 立法院得於前條影響評估公告後三十日內，邀集利害關係人、相關產業、民間團體與專家學者，舉辦聽證會。 |
立法院就兩岸協定影響評估報告，得邀請相關利害關係者、民間團體與學者專家舉辦聽證會。 |
| 第七條 締結機關認受委託機構逾越協商之授權範圍時，得終止委託。
立法院對協商中之協議，認其違反第二條之原則者，經立法院決議，得終止其協商。
協議違反第五條第一項之規定，未提出影響評估並向立法院報告者，無效。 |
明定終止委託、終止協商及協議無效之情形。 |
| 第八條 協議具下列情形之一者，應於簽署後三十日內，經行政院會議通過後，送請立法院議決：
一、憲法或法律明定應以法律規定之事項。
二、涉及現行法律修正之事項。
三、涉及人民權利義務之事項。
四、涉及國防、外交、財政及經濟上利益之國家重大事項。
五、其他經立法院決議認定之國家重要事項。
前項協議，生效前，應經立法院議決通過。但協議係屬第四款者，於立法院審議決通過後，應交公民投票複決。
第一項以外之協議，生效前，應經行政院及主管機關核准，並送立法院備查。
立法院審查第一項所列之協議，不得召開秘密會議。 |
一、依大法官釋字第329號解釋理由書，憲法所稱之條約係指中華民國與其他國家或國際組織所締約之國際書面協定，包括用條約或公約之名稱，或用協定等名稱而其內容直接涉及國家重要事項或人民之權利義務且具有法律上效力者而言。其中名稱為條約或公約或用協定等名稱而附有批准條款者，當然應送立法院審議，其餘國際書面協定，除經法律授權或事先經立法院同意簽訂，或其內容與國內法律相同者外，亦應送立法院審議。
二、本條例所稱之協議，其性質等同於條約，基於憲政法理，凡涉及人民權利義務、涉及現行法律修正、涉及國防、外交、財政及經濟上利益之國家重大事項、或屬於憲法或法律明定應以法律規定之事項者，自應送立法院審議。
三、涉及國防、外交、財政及經濟上利益之國家重大事項，雖經立法院議決通過，但因內容涉及憲法理論中之重要性保留議題者，尚須送交公民投票後始生效力。
四、鑒於台灣與中國締結之協議相當敏感，立法院應公開審議，爰明定協議之審查，不得召開秘密會議。 |
| 第九條 立法院審議協議時，得經院會決議提出修正意見或保留。
協議未獲立法院審議通過或立法院以附修正意見、保留後通過者，應即通知對方。
前二項協議中經修正或保留之處，得視需要與對方再行協商。再協商後之協議，應再依本條例相關規定辦理。
立法院得撤銷對條款之保留。 |
一、明定協議未獲立法院議決通過或以附修改意見通過者，應即通知協議對方，俾其知曉我方簽署後之處理情形。
二、協議案經立法院以附修改意見通過者，為使協議對方接受，必要時得與協議對方再行協商，於獲致共識後再簽署協議時，仍應依本條例規定程序辦理，以期周妥。 |
| 第十條 協議經行政院核定及立法院議決通過或備查，並經總統批准後，應與中國互換文件，始生效力。 |
明定協議後續之生效程序。 |
| 第十一條 須經立法院審議通過之協議，其效力等同於法律；其他協議，不得與法律牴觸。 |
明定協議內容之效力。 |
| 第十二條 協議之文本，應同時以雙方各自通用之文字作成，用語不同時，得平行採用，兩種文字同一作準。
專門性及技術性之協議，其文本得約定使用國際通用文字。 |
一、協議之作成文字，基於兩國對等原則，應同時以雙方文字作成，同等作準；且於不同表達時，彼此尊重，平行採用，爰設第一項規定。
二、具專門性及技術性之協議，其文本得約定使用特定國際通用文字，以資便利，爰設第二項規定。 |
| 第十三條 致送對方協議簽字正本，應於簽署生效後製作影本並註明「本件與簽字正本無異」，連同對方致送我方之協議簽字正本，於三十日內送主管機關保存。 |
明定協議文件之保存方式。 |
| 第十四條 辦理及參與協議草擬、協商或簽署之人員，應依公務人員任用法第四條規定辦理特殊查核，並遵守利益衝突之迴避。 |
公務人員任用法第四條規定，各機關任用公務人員，應注意其品德及對國家之忠誠，其學識、才能、經驗及體格，應與擬任職務之種類職責相當。如係主管職務，並應注意其領導能力。前等人員之品德及忠誠，各機關應於任用前辦理查核。必要時，得洽請有關機關協助辦理。其涉及國家安全或重大利益者，得辦理特殊查核。 |
| 第十五條 本條例施行細則，由行政院定之。 |
明定施行細則由行政院定之。 |
| 第十六條 本條例自公布日施行。 |
明定本條例施行日期。 |