| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第二條 本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法或技術手段自行從事產品、技術、勞務、服務流程或創作之創新活動。 公司適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。 | 第二條 本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法或技術手段自行從事產品、技術、勞務、服務流程或創作之創新活動。 |
鑑於現行條文第二條之一第三款有關具備研究發展（以下簡稱研發）能力及研發活動應具高度之創新，係透過實質審查研發活動階段認定，而非於審核公司資格階段認定，爰現行條文第二條之一第三款移列修正條文第二項。 |
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| 第二條之一 依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，應符合下列資格條件： 一、依公司法設立之公司。 二、最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。 | 第二條之一 依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，應符合下列資格條件： 一、依公司法設立之公司。 二、最近三年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。 三、具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。 |
配合修正條文第二條修正，刪除第三款。適用研究發展投資抵減之公司係依我國公司法設立之公司，外國公司係依外國法律組織登記，縱經認許並於我國辦理分公司登記，仍無本辦法之適用，併予說明。 |
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| 第五條之一 公司從事研究發展活動，除依第六條第一項第二款委外研究發展及第三項共同研究發展約定由國外公司、大專校院或研究機構執行部分者外，以在臺灣地區從事者始得認列研究發展支出。 | |
一、本條新增。
二、研發投資抵減之租稅優惠政策目的係藉由減稅誘因鼓勵公司投入高度研發活動，追求本身高獲利，亦可透過產業關聯效果，帶動相關產業及中下游產業發展，此外溢效果應於臺灣境內發生始符合獎勵意旨，爰公司從事研究發展者應以建立自主研發能力為原則，僅於個別研發計畫部分有委外必要或共同研發約定由國外公司、大專校院或研究機構執行部分，得例外申請專案認定適用。我國以往提供研發投資抵減租稅優惠均秉持相同原則，且稽徵實務亦採此原則進行審查，為資明確，爰參考廢止前促進產業升級條例之公司研究與發展人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點第二點規定，明確規範研發地點，以利遵循。 |
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| 第六條 公司從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究發展支出。但個別研究發展計畫部分有委外必要者，其下列委外研究發展費用，不在此限： 一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。 二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。 三、委託經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費用。 前項第三款經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者，其受託從事研究發展所發生之支出，不得再適用投資抵減。 公司與國內外公司、大專校院或研究機構共同研究發展所為之支出，如符合本辦法之規定，並檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定者，准予核實認列其研究發展支出： 一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件。 二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約。 三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件。 四、與國外公司、大專校院或研究機構共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說明或文件。 第一項第一款及第三項所稱國內研究機構，包括政府之研究機關（構）、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。 | 第六條 公司從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究發展支出。但個別研究發展計畫部分有委外必要者，其下列委外研究發展費用，不在此限： 一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。 二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。 三、委託經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費用。 前項第一款所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。 第一項第三款經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者，其受託從事研究發展所發生之支出，不得再適用投資抵減。 公司與國內、外公司共同研究發展所為之支出，如符合本辦法之規定，並檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定者，准予核實認列其研究發展支出： 一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件。 二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約。 三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件。 四、與國外公司共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說明或文件。 |
一、現行條文第二項移列為修正條文第四項，並納入修正條文第三項之國內研究機構為定義，另考量國內部分政府機關如中央研究院、行政院農業委員會農業試驗所等，均具備充沛之研究能量，爰明定政府研究機關亦為本辦法所稱之國內研究機構，以茲明確。
二、現行條文第三項移列為修正條文第二項，並酌作文字修正。
三、為加強推動產學合作，鼓勵企業投入資源支持產學聯盟，將學研單位研發能量導入產業，強化企業研發能力並提升國際競爭力，爰修正現行條文第四項規定，並移列為修正條文第三項，將公司共同研發對象由國內外公司擴大至國內外大專校院及研究機構，且應向中央目的事業主管機關提出專案認定申請。另為優先鼓勵國內產學連結，公司與國外大專校院或研究機構共同研發者應比照與國外公司共同研發之規範，提供其在國內無適當共同研發對象之說明資料。又產學共同合作研發計畫中公司提供學界之資金用途未必全數限定於與研發直接相關支出項目，為能有效引導民間資源，同時符合本辦法立法精神，其公司與國內外大專校院及研究機構共同研發計畫中公司投入資金認列為研究發展支出之項目仍以符合本辦法規定者為限，併予說明。 |
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| 第七條 公司就第四條第一項第三款專用技術、第四款及前條第一項第二款、第三項規定之支出，於辦理費用發生當年度、首次攤折或分攤支出之年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關提出專案認定申請，經核准者，於費用發生年度、首次攤折或分攤支出之年度起適用。 逾期未提出申請且屬第四條第一項第三款專用技術及前條第三項規定之支出者，得於費用之攤折或分攤年限內依前項規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。 中央目的事業主管機關應將前二項專案認定之結果副知公司所在地稅捐稽徵機關。 | 第七條 公司就第四條第一項第三款專用技術、第四款及前條第一項第二款、第四項規定之支出，於辦理費用發生當年度、首次攤折或分攤支出之年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關提出專案認定申請，經核准者，於費用發生年度、首次攤折或分攤支出之年度起適用。 逾期未提出申請且屬第四條第一項第三款專用技術及前條第四項規定之支出者，得於費用之攤折或分攤年限內依前項規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。 中央目的事業主管機關應將前二項專案認定之結果副知公司所在地稅捐稽徵機關。 |
配合修正條文第六條之修正，修正本條文字。 |
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| 第十二條 公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條、第二條之一及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵： 一、公司之組織系統圖及研究人員名冊。 二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。 三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。 四、研究計畫、紀錄或報告。 五、其他有關證明文件。 中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將當年度研究發展活動審查認定結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間二個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。 公司當年度之研究發展支出，依第七條規定提出專案認定申請者，應與第一項之申請認定併案提出，中央目的事業主管機關應依前項規定期限審查。 中央目的事業主管機關對公有營業機關依第一項及第七條申請認定者，其審查期限應依審計法及相關法令規定辦理，不適用前二項之規定。 公司依第一項申請認定者，如不符第二條之一資格條件，中央目的事業主管機關應將結果函復公司並副知公司所在地稅捐稽徵機關。 | 第十二條 公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條、第二條之一及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵： 一、公司之組織系統圖及研究人員名冊。 二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。 三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。 四、研究計畫、紀錄或報告。 五、其他有關證明文件。 中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間二個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。 公司當年度之研究發展支出，依第七條規定提出專案認定申請者，應與第一項之申請認定併案提出，中央目的事業主管機關應依前項規定期限審查。 中央目的事業主管機關對公有營業機關依第一項及第七條申請認定者，其審查期限應依審計法及相關法令規定辦理，不適用前二項之規定。 |
中央目的事業主管機關對於申請案件之審查事項包括研究發展活動及公司資格等兩部分，考量其審查內容不同，應處理之程序亦不同，爰酌修第二項文字並增訂第五項規定，以茲明確。中央目的事業主管機關於審查公司研究發展活動前，得先就申請公司是否符合第二條之一資格規定部分進行審查。申請公司如不符第二條之一資格規定者，中央目的事業主管機關應將該審查結果以發函方式通知公司並副知公司所在地稅捐稽徵機關，中央目的事業主管機關無須再依第二項規定將研發活動審查認定結果送交公司所在地稅捐稽徵機關。 |
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| 第十七條 本辦法自中華民國九十九年一月一日施行。 本辦法修正條文，除中華民國一百零一年五月三日修正之條文，自一百零一年一月一日施行；一百零三年十二月十九日修正之條文，自一百零三年六月二十日施行；一百零四年十二月十一日修正之條文，自一百零四年一月一日施行外，自發布日施行。 | 第十七條 本辦法自中華民國九十九年一月一日施行。 本辦法修正條文，除中華民國一百零一年五月三日修正之條文，自一百零一年一月一日施行及一百零三年十二月十九日修正之條文，自一百零三年六月二十日施行外，自發布日施行。 |
修正第二項，規定本次修正條文之施行日期。 |
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