| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第三條 園區事業依承租之土地或廠房面積計算繳納基本費；其費率計算標準如附表一。同時承租土地及廠房面積者，以應納金額較高者繳納。 經管理局核准入區並辦妥公司設立登記之園區事業，其營業額之千分之一點九超過前項基本費者，改依營業額千分之一點九繳納管理費。 依第一項規定繳納基本費之園區事業，經管理局核准新建廠房部分，於完成變更工廠登記後，始將新增面積併入計算。 園區事業以總、分支機構分設於園區內外者，該總、分支機構應分別向所屬當地主管稽徵機關申報銷售額並繳納營業稅額。 本辦法所稱營業額，指依營業人銷售額與稅額申報書之銷售額、收據及總、分支機構間勞務與貨物之調撥、移轉或其他足以客觀計算產值之依據合計，扣抵第八條各項目後之數額。 | 第三條 園區事業依承租之土地或廠房面積計算繳納基本費；其費率計算標準如附表一。同時承租土地及廠房面積者，以應納金額較高者繳納。 經管理局核准入區並辦妥公司設立登記之園區事業，其銷售額之千分之一點九超過前項基本費者，改依銷售額千分之一點九繳納管理費。 依第一項規定繳納基本費之園區事業，經管理局核准新建廠房部分，於完成變更工廠登記後，始將新增面積併入計算。 園區事業以總、分支機構分設於園區內外者，該總、分支機構應分別向所屬當地稅捐稽徵機關申報銷售額並繳納營業稅額。 |
一、第一項、第三項未修正。
二、依最高行政法院一百零一年度判字第二百四十號判決，本辦法所稱之銷售額，僅係各園區管理局收取管理費之計算依據，與稅法上銷售額之概念有別，為免概念混淆，爰將第二項所稱之「銷售額」修正為「營業額」。
三、查加值型及非加值型營業稅法等各類稅法有關稅捐稽徵機關之用語為「主管稽徵機關」，爰配合修正第四項之用語。
四、全球化潮流下，園區事業多有總公司、分公司分設於園區內外之情形，為使園區事業能真實呈現其於園區內之營業狀況，俾利管理費之收取，爰增訂第五項，明定本辦法所稱「營業額」之意涵。 |
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| 第四條 經管理局核准入區，辦妥公司設立登記之園區事業，於主管稽徵機關營業登記核准日之次月一日起，依前條基準按期繳納管理費；未於主管稽徵機關核准營業登記者，於公司登記滿一年之次月一日起繳納之。 第一項已辦妥公司設立登記之園區事業，於其他園區所設立之工廠，如未完成工廠登記者，應以承租工廠之土地或廠房租賃契約生效日滿一年之次月一日起，依前條基準併入計算按期繳納管理費；已完成工廠登記者，於完成工廠登記之次月一日起繳納之。 | 第四條 經管理局核准入區，辦妥公司設立登記之園區事業，於主管稅捐稽徵機關營業登記核准日之次月一日起，依前條基準按期繳納管理費；未於主管稅捐稽徵機關核准營業登記者，於公司登記滿一年之次月一日起繳納之。 第一項已辦妥公司設立登記之園區事業，於其他園區所設立之工廠，如未完成工廠登記者，應以承租工廠之土地或廠房租賃契約生效日滿一年之次月一日起，依前條基準併入計算按期繳納管理費；已完成工廠登記者，於完成工廠登記之次月一日起繳納之。 |
一、第一項「主管稅捐稽徵機關」修正為「主管稽徵機關」，修正理由同第三條說明二。
二、第二項未修正。 |
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| 第七條 園區事業及金融機構申報管理費，其繳納程序、繳納期限及相關證明文件資料如下： 一、以每二個月為一期，於每單月二十日以前自動向管理局或分局申報並向所指定之銀行繳納管理費。 二、已於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時應檢具管理費自動申報明細表、經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本、抵扣項目憑證及科學工業園區園區事業免用統一發票收據明細表，並應將收據合計數填報於營業人銷售額與稅額申報書相關欄位。園區事業以總、分支機構分設於園區內外，其由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額及繳納營業稅額者，另應檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之總機構彙總申報營業人銷售額與稅額申報書，管理局並得洽請其提供進出口報單、出貨證明、銷貨訂單，或其他經管理局同意足資證明其營業額之文件。 三、未於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納基本費時應檢具管理費自動申報明細表。 四、金融機構應檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本。 五、園區事業及金融機構應妥為保管繳款單據，以作為繳納管理費之證明。 依前項第二款及第三款規定所報送之管理費自動申報明細表，應依管理局或分局建置之管理費申報系統，上網申辦。 園區事業及金融機構繳納管理費後，經管理局或分局審查發現有短繳情形者，應於次期繳納管理費時併計繳納。如向主管稽徵機關更正前期申報之銷售額者，依更正日期所屬月份，併入該期管理費申報表調整前期管理費。 | 第七條 園區事業及金融機構申報管理費，其繳納程序及繳納期限如下： 一、以每二個月為一期，於每單月二十日以前自動向管理局或分局申報並向所指定之銀行繳納管理費。 二、已於主管稅捐稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時應檢具管理費自動申報明細表、經稅捐稽徵機關蓋妥收件章之「營業人銷售額與稅額申報書」影本、管理費繳款聯單查核聯、抵扣項目憑證及「科學工業園區園區事業免用統一發票收據明細表」，並應將收據合計數填報於「營業人銷售額與稅額申報書」相關欄位。 三、未於主管稅捐稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納基本費時應檢具管理費自動申報明細表及管理費繳款聯單查核聯。 四、金融機構應檢附經稅捐稽徵機關蓋妥收件章之「營業人銷售額與稅額申報書」影本及管理費繳款聯單查核聯（採銀行自動扣款者免附）。 依前項第二款及第三款規定所報送之管理費自動申報明細表，應依管理局或分局建置之管理費申報系統，上網申辦。 園區事業繳納管理費後，經管理局或分局審查發現有短繳情形者，應於次期繳納管理費時併計繳納。如向稅捐稽徵機關更正前期申報之銷售額者，依更正日期所屬月份，併入該期管理費申報表調整前期管理費。 |
一、第一項修正情形如下：
(一)序文增列「相關證明文件資料」等文字，以資明確。
(二)配合第三條新增第五項，爰於第一項第二款後段增列園區事業以總、分支機構分設於園區內外者，其以總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額及繳納營業稅額，應就其勞務與貨物調撥、移轉或銷售額分配之情形，另行檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之總機構彙總申報「營業人銷售額與稅額申報書」、進出口報單、出貨證明、銷貨訂單或其他經管理局同意，足資證明其營業額之文件。
(三)另現行管理費申報繳納有多元繳款方式，並非均以「管理費繳款聯單查核聯」繳納，且多家廠商反應，繳款金額可由系統自動載入，爰刪除第一項第二款至第四款應檢具「管理費繳款聯單查核聯」等文字，並新增第五款，明定園區事業及金融機構應妥為保管繳款單據。
(四)第一項第二款、第三款、第四款及第三項「稅捐稽徵機關」及「主管稅捐稽徵機關」修正為「主管稽徵機關」，修正理由同第三條說明二。
二、第二項未修正。
三、第三項於園區事業後增列「金融機構」，以符合實際狀況。 |
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| 第十一條 管理局或分局得調查園區事業及金融機構之管理費申報情形，並得函請主管稽徵機關提供園區事業及金融機構申報之總、分支機構營業人銷售額與稅額申報書等銷售額資料，經發現不符者，應查明原因並依查明之結果處理。 | 第十一條 管理局或分局得函請當地稅捐稽徵主管機關查核園區事業及金融機構申報銷售額資料，經發現不符者，應查明原因並依查明之結果處理。 |
一、行政機關應依職權調查證據，並得要求當事人提供必要之資料及物品，為能確實掌握園區事業申報營業額之狀況，爰依行政程序法第三十六條至第四十條之規定，明定管理局得調查園區事業及金融機構之銷售額申報情形。
二、配合本條前段之修正，爰依行政程序法第十九條規定，增訂得以行政協助請求當地主管稽徵機關提供相關資料，以供調查園區事業之申報情形。
三、「稅捐稽徵主管機關」修正為「主管稽徵機關」，修正理由同第三條說明二。 |
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| 第十三條 管理局或分局為估算園區各產業產值、營運及銷售等數值，得請園區事業提供預估營業額資料，以作為未來評估收取管理費之參考。 | 第十三條 管理局或分局為估算園區各產業產值、營運及銷售等數值，得請園區事業提供預估銷售額資料，以作為未來評估收取管理費之參考。 |
營業額係由銷售額抵扣本辦法第八條各項目後之數額，更能真實貼近園區事業之營運狀況，為能確實估算園區營運情況及各產業產值，爰將「銷售額」修正為「營業額」。 |
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