| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第六條 船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區固定航線業務者，應檢附海運直航固定航線申請書、營業計畫書、船舶一覽表、運價表、船期表、船舶適航證明文件及其他相關文書，申請航港局核轉交通部許可；許可內容變更時，亦同。 船舶運送業申請經營非固定航線業務者，應檢附海運直航非固定航線申請書、營業計畫書及相關文書，逐船逐航次向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。 船舶運送業申請經營之運送客貨大陸船舶航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，應檢附申請書及相關文書，向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。 前項許可期間，以六個月為限，並得於期限屆滿十五日前重新申請許可。 | 第六條 船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區固定航線業務者，應檢附海運直航固定航線申請書、營業計畫書、船舶一覽表、運價表、船期表、船舶適航證明文件及其他相關文書，申請航港局核轉交通部許可；許可內容變更時，亦同。 船舶運送業申請經營非固定航線業務者，應檢附海運直航非固定航線申請書、營業計畫書及相關文書，逐船逐航次向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。 船舶運送業申請經營之運送客貨大陸船舶航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，應檢附申請書及相關文書，向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。 前項許可期間，以六個月為限，並得於期限屆滿七日前重新申請許可。 |
修正第四項，「屆滿前重新申請期限」由「七日」變更為「十五日」。 |
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| 第八條 船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區航線之船舶，入出臺灣地區直航港口時，應全程開啟海事通信頻道，並裝設船舶自動識別系統。 船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，於入出航道時，其通信導航識別依前項規定辦理，並應接受調度及依交通部相關管理規定辦理。 | 第八條 船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區航線之船舶，入出臺灣地區直航港口時，應全程開啟海事通信頻道，並裝設船舶自動識別系統。 船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，於入出航道時，其通信導航準用前項規定辦理，並應接受調度及依交通部相關管理規定辦理。 |
酌修第二項文字。 |
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| 第十條 經營臺灣地區與大陸地區航線船舶入出臺灣地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。 運送客貨之船舶航經臺灣地區之金門、馬祖限制或禁止水域入出大陸地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。 | 第十條 經營臺灣地區與大陸地區航線船舶入出臺灣地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。 運送客貨之船舶航經臺灣地區限制或禁止水域入出大陸地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。 |
第二項增加「金門、馬祖」，以限縮適用地區。 |
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| 第十三條 船舶運送業未依第五條、第八條第一項、第十條第一項或第十二條規定辦理者，交通部得令其改正或停止其營業之一部，情節重大者，得廢止其直航許可。 船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口，未依第八條第二項辦理、第十條第二項公告之航路或航道航行者，交通部應立即令其改正，情節重大者，應立即廢止其許可，並得自廢止之日起三年內不受理其申請許可。 大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，並依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十二條及第八十條之一規定處置。 | 第十三條 船舶運送業未依第五條、第八條第一項、第十條第一項或第十二條規定辦理者，交通部得令其改正或停止其營業之一部，情節重大者，得廢止其直航許可。 船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口，未依第八條第二項辦理、第十條第二項公告之航路或航道航行者，交通部得令其改正，情節重大者，得廢止其許可，並得自廢止之日起一年內不受理其申請許可。 大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，並依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十二條及第八十條之一規定處置。 |
酌修第二項文字。 |
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