| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第六條 船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區固定航線業務者，應檢附海運直航固定航線申請書、營業計畫書、船舶一覽表、運價表、船期表、船舶適航證明文件及其他相關文書，申請航港局核轉交通部許可；許可內容變更時，亦同。 船舶運送業申請經營非固定航線業務者，應檢附海運直航非固定航線申請書、營業計畫書及相關文書，逐船逐航次向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。 船舶運送業申請經營之運送客貨大陸船舶航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，應檢附申請書及相關文書，向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。 前項許可期間，以六個月為限，並得於期限屆滿七日前重新申請許可。 | 第六條 船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區固定航線業務者，應檢附海運直航固定航線申請書、營業計畫書、船舶一覽表、運價表、船期表、船舶適航證明文件及其他相關文書，申請航港局核轉交通部許可；許可內容變更時，亦同。 船舶運送業申請經營非固定航線業務者，應檢附海運直航非固定航線申請書、營業計畫書及相關文書，逐船逐航次向航港局申請許可；許可內容變更時，亦同。 |
一、新增第三項、第四項。
二、因應兩岸海運直航樣態愈趨多元，以及船舶航經我限制或禁止水域中之指定航道入出大陸地區直航港口之通航管理需求，訂定運送客貨之大陸船舶航經第十條第二項公告之指定航道入出大陸地區直航港口者，應依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二十九條第一項規定向主管機關申請許可。
三、前項運送客貨船舶，依行政院大陸委員會九十八年四月二十二日陸經字第零九八零零零七六三零號函，不包括帆船、遊艇、研究船及實習船等。另依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例施行細則第四十條規定，不包含軍用船舶。
四、運送客貨大陸船舶經航港局依本條第三項申請許可後，於入出航道時，另依本辦法第八條交通部相關管理規定辦理。 |
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| 第八條 船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區航線之船舶，入出臺灣地區直航港口時，應全程開啟海事通信頻道，並裝設船舶自動識別系統。 船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口者，於入出航道時，其通信導航準用前項規定辦理，並應接受調度及依交通部相關管理規定辦理。 | 第八條 船舶運送業經營臺灣地區與大陸地區航線之船舶，入出臺灣地區直航港口時，應全程開啟海事通信頻道，並裝設船舶自動識別系統。 |
一、新增第二項。
二、為因應運送客貨之船舶航經第十條第二項公告之指定航道入出大陸地區直航港口之通航管理需要，增訂船舶於入出指定航道時之通信導航規定，並要求該船舶應依交通部相關管理規定辦理，以完善安全管理配套措施。
三、前項所稱船舶，依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二十八條及第二十九條授權，係指中華民國船舶及大陸船舶。
四、至外國船舶入出航道之管理，由交通部訂定相關管理規定，要求大陸地區直航港口管理機關配合相關管理措施。 |
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| 第十條 經營臺灣地區與大陸地區航線船舶入出臺灣地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。 運送客貨之船舶航經臺灣地區限制或禁止水域入出大陸地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。 | 第十條 經營臺灣地區與大陸地區航線船舶入出臺灣地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。 |
一、新增第二項。
二、本項所訂劃設航路或航道並非通案性行政作為，係在特定需求並經兩岸海運協議聯繫主體聯繫我方同意後，在特定條件下，由交通部依實際需求，會同有關機關劃設公告航路或航道。交通部並得視管理需求，於會商相關機關後公告廢止航路或航道。 |
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| 第十三條 船舶運送業未依第五條、第八條第一項、第十條第一項或第十二條規定辦理者，交通部得令其改正或停止其營業之一部，情節重大者，得廢止其直航許可。 船舶運送業經營之運送客貨船舶，航經第十條第二項公告之航路或航道入出大陸地區直航港口，未依第八條第二項辦理、第十條第二項公告之航路或航道航行者，交通部得令其改正，情節重大者，得廢止其許可，並得自廢止之日起一年內不受理其申請許可。 大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，並依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十二條及第八十條之一規定處置。 | 第十三條 船舶運送業未依第五條、第八條、第十條或第十二條規定辦理者，交通部得令其改正或停止其營業之一部，情節重大者，得廢止其直航許可。 |
一、本條第一項，係配合修正條文第八條及第十條增加項次，爰配合修正。
二、新增第二項，對於船舶運送業未依第八條第二項、第十條第二項規定辦理者，律定行政管制措施及處罰。
三、前項所稱船舶，依據臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二十八條及第二十九條授權，係指中華民國船舶及大陸船舶。 |
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