| 第一條 海洋委員會為辦理海域及海岸巡防業務，特設海巡署（以下簡稱本署）。 |
海巡署之設立目的及隸屬關係。 |
| 第二條 本署掌理下列事項：
一、國家海洋權益維護之規劃、協調、督導及執行。
二、海事安全維護之規劃、協調、督導及執行。
三、入出港船舶或其他水上運輸工具及通商口岸人員之安全檢查。
四、海域至海岸、河口、非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國、非法漁捕及其他犯罪之調查。
五、公海上對中華民國船舶之登臨、檢查及犯罪之調查。
六、海域與海岸巡防涉外事務之調查、協調及處理。
七、海域及海岸之安全調查。
八、海岸管制區之安全維護。
九、海域及海岸污染防治、文化資產保存及生態保育之監控、協調、協助及執行。
十、其他海岸巡防事項。 |
有關本署之權限職掌說明如下：
一、海洋委員會掌理總體海洋政策及海洋權益維護事務之統合、協調、聯繫及推動，本署則為其所轄之執行機關，故海洋權益維護之規劃、督導及執行，應列為本署重要掌理事項，爰為第一款規定。
二、國際海事組織（IMO）對於海事安全日趨重視，並已有國際海上人命安全公約（SOLAS）等各項國際公約，為全球海事活動之規範。我國雖成立海洋委員會，但海事安全事權現仍由相關機關掌理，海洋委員會負有統合之責，本署為海洋委員會所轄之執行機關，且為海事安全執行機關之一。由於「署」應具有政策規劃及執行功能，為期與國際接軌，因應未來業務發展需要，爰於第二款規定本署掌理海事安全維護事務之規劃、督導及執行。
三、參酌海岸巡防法第四條規定，將船舶、人員安全檢查、查緝走私、防止非法入出國、巡防涉外事務之處理、走私情報蒐整、海岸管制區安全維護等事項，分別於第三款至第八款規定為本署掌理事項。
四、現行海岸巡防法第四條有關業務掌理事項之執法範圍未明確規範為內水及公海，行政院海岸巡防署雖曾發布解釋性規定，認海岸巡防機關人員執行犯罪調查職務，其範圍包含內水及公海。惟為符合法律保留及明確性之原則，爰於第四款明確規定本署掌理查緝走私、防止非法入出國及其他犯罪調查事項之執法範圍及於內水；至於公海，基於船旗國管轄原則及刑法第三條有關犯罪屬地管轄之規定，並參考中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法之用語，於第五款中，將公海上對中華民國船舶執行登臨、檢查及犯罪調查事項納入規範。
五、本署依據海岸巡防法規定執行走私情報之蒐集、滲透及安全情報之調查處理，另依國家情報工作法，本署視同情報機關，並受國家安全局指導，負責相關影響國家安全或利益之資訊蒐集，鑑於海域、海岸安全事務涉及層面廣，與國家安全及利益息息相關，本署負有國境第一道防線安全維護任務，爰於第七款規定本署掌理海域及海岸安全調查事項。
六、為因應相關部會在海域及海岸污染防治、文化資產保存及生態保育執法之需要，爰為第九款規定。
七、為避免疏漏，並因應未來海岸巡防發展而新增之執行業務，爰於第十款規定本署掌理其他海岸巡防事項。所稱其他海岸巡防事項，包括本署依相關國際公約、協定等，為善盡國際成員義務所應執行事項，如我國為中西太平洋漁業組織（WCPFC）正式會員，得於公海上對其他會員國船舶執行登臨、檢查等事項。 |
| 第三條 本署置署長一人，由海洋委員會副主任委員其中一人兼任；副署長二人，職務列簡任第十二職等至第十三職等。 |
本署首長、副首長之職稱、官職等及員額。 |
| 第四條 本署置主任秘書，職務列簡任第十一職等至第十二職等。 |
本署幕僚長之職稱及官職等。 |
| 第五條 本署之次級機關及其業務如下：
一、區域分署：執行區域海域及海岸巡防事項。
二、偵防分署：執行海域、海岸犯罪及安全調查事項。 |
本署依區域業務及職掌需要所設次級機關之名稱及業務。 |
| 第六條 本署因應勤務需要，得設勤務單位。 |
本署得設勤務單位之規定。 |
| 第七條 本署為應業務需要，得報請行政院核准，派員駐境外辦事，並依駐外機構組織通則規定辦理。 |
本署業務有派員駐境外辦事需要，考量其特殊性及相關駐外人員之權益，爰為本條規定。 |
| 第八條 本署各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
前項編制表列有官等、職等之人員，得就官階相當之警察或軍職人員派充之。 |
一、中央政府機關總員額法第六條雖已授權各機關訂定編制表，惟考量如僅於第三條及第四條規定首長、副首長及幕僚長之配置，將難窺知機關人員配置及運作之全貌，爰於第一項再予重申。
二、第二項敘明編制表所定之人員，得以警察或軍職人員派充，以符合本署用人實況。另本署人員採軍警文職併用，為落實文職化之要求，將視需要調整人事進用管道，逐步朝向文職化發展。
三、八十九年隨同業務移撥至行政院海岸巡防署海洋巡防總局之關務人員，應適用本規定。 |
| 第九條 本署與所屬機關（構）人員之任用、管理及權利義務，依各該人員身分適用之相關法令辦理。 |
本署為軍警文併用之機關，為符實際，並維護各類人員相關權益，明定本署與所屬機關（構）人員之任用、管理及權利義務，仍依各該人員身分適用之相關法令辦理。 |
| 第十條 本署及所屬機關（構）為應任務需要，所需人員得以兵役人員充任之。
前項兵役人員，另以編組表定之。 |
本署及所屬機關（構）因設有單一軍職職缺，依現行法規規定，非屬編制表所列官稱、職等員額，為符實需及遂行任務之需要，明定前揭機關（構）所需人員，得以兵役人員充任，並另以編組表定之。 |
| 第十一條 本法施行日期，由行政院以命令定之。 |
本法之施行日期。 |
