| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第四條 中央政府依本條例自中華民國九十五年至一百零二年支應解決易淹水地區水患治理計畫所需經費上限為新臺幣一千一百六十億元，以特別預算方式編列，得分期辦理預算籌編及審議；其預算編製不受財政收支劃分法第三十條、第三十七條補助地方事項及經費負擔規定之限制；其經費使用得在各該機關原列預算範圍內調整支應，不受預算法第六十二條及第六十三條規定之限制。 前項所需經費來源，其中新臺幣五百八十億元，得以舉借債務或出售政府所持有事業股份方式辦理，不受公共債務法第四條第五項有關每年度舉債額度之限制。其餘新臺幣五百八十億元經費，由擴大公共建設投資特別條例特別預算編列支應，其編製程序、支用方法、年限，依本條例辦理，不受擴大公共建設投資特別條例之限制。 第一項特別預算中，為落實流域整體治理及綜合治水原則，解決水患所需之雨水下水道、水土保持及農田排水經費，其經費上限為新臺幣三百六十億元。 前項用於治山防洪之經費，不得低於新臺幣一百六十億元。 中央政府依本條例自中華民國一百零三年至一百十年支應解決易淹水地區水患治理計畫所需經費為新臺幣八百億元，分年辦理預算籌編及審議；其預算編製不受財政收支劃分法第三十條、第三十七條補助地方事項及經費負擔規定之限制，並得不受中央政府所定補助用地經費比例之限制。 | 第四條 中央政府依本條例支應解決易淹水地區水患治理計畫所需經費上限為新臺幣一千一百六十億元，以特別預算方式編列，得分期辦理預算籌編及審議；其預算編製不受財政收支劃分法第三十條、第三十七條補助地方事項及經費負擔規定之限制；其經費使用得在各該機關原列預算範圍內調整支應，不受預算法第六十二條及第六十三條規定之限制。 前項所需經費來源，其中新臺幣五百八十億元，得以舉借債務或出售政府所持有事業股份方式辦理，不受公共債務法第四條第五項有關每年度舉債額度之限制。其餘新臺幣五百八十億元經費，由擴大公共建設投資特別條例特別預算編列支應，其編製程序、支用方法、年限，依本條例辦理，不受擴大公共建設投資特別條例之限制。 第一項特別預算中，為落實流域整體治理及綜合治水原則，解決水患所需之雨水下水道、水土保持及農田排水經費，其經費上限為新臺幣三百六十億元。 前項用於治山防洪之經費，不得低於新臺幣一百六十億元。 |
一、修正第一項、增列第五項。
二、鑒於「水患治理特別條例」，該條例所定8年期限，將於2014年1月屆期，惟考量水患整治未竟全功，地方政府治水預算短缺，加上新增許多易生水患地區，實有延長「水患治理特別條例」實施期限的需要與迫切性。為有效防災、減輕人民痛苦，中央政府更須確實檢討本條例所定易淹水地區水患治理計畫，並自2014年起再延長8年易淹水地區水患之治理，由中央政府秉持流域整體治理及綜合治水原則，以8年8百億進行整體防洪治水。
三、雖本條例現行法已排除不受補助地方事項及經費負擔規定之限制，惟依易淹水地區水患治理計畫之實施計畫，其參據中央政府對直轄市及縣（市）政府補助辦法第八條規定，仍定有用地經費補助比例之上限，此已造成財政不佳的縣市政府因無力編列用地經費配合款，導致急迫性或整體流域治理之治水工程無法順利進行之困境，爰於增列必要時得排除中央政府所定補助用地經費比例限制之規定，期早日完成流域整體治理及綜合治水工程，以解民眾痛苦。 |
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| 第十六條 本條例自公布日起施行，施行期間八年。 前項所定施行期間到期時，再延長八年。 本條例中華民國九十九年十一月十六日修正之條文，自九十九年十二月二十五日施行。 | 第十六條 本條例自公布日起施行，施行期間八年。 本條例中華民國九十九年十一月十六日修正之條文，自九十九年十二月二十五日施行。 |