| 修正條文 | 現行條文 |
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| （各提案條文及廖委員正井等7人修正動議，均保留，送院會處理） | 第一條 現役軍人犯陸海空軍刑法或其特別法之罪，依本法之規定追訴審判之，其在戰時犯陸海空軍刑法或其特別法以外之罪者，亦同。 非現役軍人不受軍事審判。但戒嚴法有特別規定者，從其規定。 |
本院國民黨黨團提案：
一、修正本條第一項條文。
二、國家安全法第八條規定，「現役軍人犯罪，由軍法機關追訴審判。但所犯為陸海空軍刑法及其特別法以外之罪，而屬刑法第六十一條所列各罪者，不在此限。」但民國88年10月1日全文修正本法時，新增第二百三十七條規定，「國家安全法第八條第二項自中華民國九十年十月二日停止適用。」故國家安全法暫時已非本法之特別法。
三、鑑於軍人在特別權力與封閉體系下，動輒遭斥罵、體罰、禁閉與軍法審判，絕對威權屢屢造成軍中許多違法濫權與侵害人權等情事；且本該司法獨立之軍事審判體系卻隸屬國防部，國防部既有行政權又兼司法權，實有違五權分立及司法獨立原則。
四、憲法第七十七條規定：「司法院為國家最高司法機關，掌理民事、刑事、行政訴訟之審判及公務員之懲戒」，即是司法主權獨立之具體表現。換言之，審判權即為國家在主權管轄範圍內所行使之司法權力。
五、釋字第四三六號雖然解釋謂：「憲法第九條規定：『人民除現役軍人外，不受軍事審判』，乃因現役軍人負有保衛國家之特別義務，基於國家安全與軍事需要，對其犯罪行為得設軍事審判之特別訴訟程序」。軍事審判為普通審判的特別程序，軍事審判法則為刑事訴訟法之特別法。但釋字第四三六號解釋另謂：「現役軍人負有保衛國家之特別義務，基於國家安全與軍事需要，對其犯罪行為得設軍事審判之特別訴訟程序。查其規範意旨係在保障非現役軍人不受軍事審判，非謂軍事審判機關對於軍人之犯罪有專屬之審判權，而排除現役軍人接受普通法院之審判」。依此項解釋文之觀點，可得知軍事審判機關對於現役軍人之犯罪，並非具有專屬審判權，即普通司法審判機關對於軍人仍有審判權。
六、「刑法」第一條規定「行為之處罰，以行為時之法律有明文規定者為限。拘束人身自由之保安處分，亦同。」，此為罪刑法定主義。同時，「陸海空軍刑法」第十三條規定，「刑法總則之規定，與本法不相抵觸者，適用之。」因此，「陸海空軍刑法」亦屬罪刑法定主義。換言之，軍人若觸犯非屬「陸海空軍刑法」之罪，但仍屬「刑法」之罪時，即屬司法機關追訴審判。因此，修正本條文並未改變現有軍法追訴審判制度；僅是擴大非屬軍事追訴審判之範圍，無損軍紀與統帥權之維護，且能彰顯保障人權之與時俱進作法。
七、陸海空軍刑法第四十四條凌虐部屬罪、第四十五條不應懲罰而懲罰罪與第四十六條阻撓部屬陳情罪等，皆屬長官侵犯部屬權利，為避免官官相護、絕對權力絕對腐敗、違法濫權侵害人權等弊端，上述等罪實應回歸司法體系管轄。
八、陸海空軍刑法第五十四條不能安全駕駛而駕駛之處罰罪，此罪較無關軍紀與統帥權之行使，故亦應回歸司法體系管轄。
九、陸海空軍刑法第七十六條第一項為依刑法本刑論處之各罪，此項條文係因較重要之罪已列入「陸海空軍刑法第二編分則各條文中，恐難免掛一漏萬，且同一章內某條適用其餘卻排除，容易導致罪刑失衡，故將本條文列於第三編附則內。顯示本條文之罪較無關軍紀與統帥權之行使，故部分條款亦應回歸司法體系管轄。
十、陸海空軍刑法第七十七條違反毒品危害防制罪，為依毒品危害防制條例相關規定處罰，顯示本條文之罪較無關軍紀與統帥權之行使，故亦應回歸司法體系管轄。
十一、依罪刑法定主義，本第一百四十條第一項所列微罪得不起訴處分之罪並未明列於「陸海空軍刑法」中，包括(一)刑法第三百三十六條第二項之侵占罪，(二)刑法第三百四十一條之詐欺罪與(三)刑法第三百四十二條之背信罪等，違反罪刑法定主義，理應刪除本條文部分條款。但若此條文所規定之各款回歸司法體系管轄亦有同樣作用，故在此予以明定回歸司法體系管轄。
本院民進黨黨團提案：
一、現行條文第二項移列為第一項，並刪除但書規定，以符憲法第九條：「人民除現役軍人外，不受軍事審判」之要求。
二、現行軍事審判法，以現役軍人犯罪所涉之實體法種類，作為適用與否之標準。為使現役軍人與其他人民同享憲法保障之訴訟權，並兼顧國家戰時追訴軍事犯罪之特別情事，爰將現役軍人於國家平時犯罪及戰時犯普通刑法者，均適用刑事訴訟法由司法機關追訴審判；戰時犯陸海空軍刑法或其特別法者，適用軍事審判法，由軍法機關追訴審判。修正現行法第一項規定並移列至第二項。
本院委員林佳龍等29人提案：
一、基於陸海空軍刑法第四十四條至第四十六條所規定之犯罪行為的特殊性，第一項增訂但書規定，將「平時所犯為陸海空軍刑法第四十四條至第四十六條之罪者」，改由一般司法機關追訴審判，以確保追訴審判的獨立性及公正性。
二、原第一項後段的內容，改於第二項規定。
三、原第二項內容，改於第三項規定。
審查會：
一、各提案條文及廖委員正井等7人修正動議，均保留，送院會處理。
二、廖委員正井等7人修正動議：第一條
現役軍人犯陸海空軍刑法或其特別法之罪，依本法追訴審判。但平時犯陸海空軍刑法第四十四條至第四十六條之罪者，由司法機關依刑事訴訟法追訴審判。
現役軍人戰時犯陸海空軍刑法或其特別法以外之罪，依本法追訴審判。
非現役軍人不受軍事審判。但戒嚴法有特別規定者，從其規定。
提案人：廖正井 林郁方 林國正 賴士葆
連署人：王進士 陳鎮湘 陳碧涵 |
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| （各提案條文及尤委員美女等5人修正動議，均保留，送院會處理） | 第三十四條 犯罪事實之一部應依本法審判時，全部依本法審判之。 |
本院國民黨黨團提案：
一、刪除本條文。
二、訂定理由係基於審判不可分原則，即犯罪事實之一部應依本法審判時，全部依本法審判者；但本條文實擴大軍事管轄權之條款、有違公平審理原則、嚴重侵害人民權益等，應予以刪除之。
本院民進黨黨團提案：
一、本條刪除。
二、本條規定不當擴張軍事審判權之範圍，剝奪現役軍人戰時受普通法院審判之權利，配合第一條限縮軍事審判決之修法意旨，自應併予刪除。
審查會：
一、各提案條文及尤委員美女等5人修正動議，均保留，送院會處理。
二、尤委員美女等5人修正動議：第三十四條 犯罪事實之一部應依刑事訴訟法審判時，全部依刑事訴訟法審判之。
提案人：尤美女 管碧玲 林佳龍 丁守中 吳宜臻 |
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| （各提案條文及廖委員正井等7人、丁委員守中等6人所提修正動議，均保留，送院會處理） | 第二百三十七條 國家安全法第八條第二項自中華民國九十年十月二日停止適用。 |
本院民進黨黨團提案：
配合本法第一條修正草案，國家安全法第八條應作相同內容之修正，則本條所稱「國家安全法第八條第二項」應限縮為國家安全法第八條新修正前之原條文。
本院委員林佳龍等29人提案：
以軍事審判法第二百三十七條的規定，將國家安全法第八條第二項停止適用，容易造成法律體系的混亂，所以有必要回歸正軌，廢除軍事審判法第二百三十七條，並同步配合修正國家安全法第八條。
審查會：
一、各提案條文及廖委員正井等7人、丁委員守中等6人所提修正動議，均保留，送院會處理。
二、廖委員正井等7人所提修正動議（增列第二項）：第二百三十七條第二項
中華民國○年○月○日本法修正施行前，平時已依本法開始偵查、審判或執行之第一條第一項但書之案件，程序尚未終結者，依下列規定處理：
一、偵查中案件移送該管檢察官偵查，審判中案件移送該管法院審判。但本法修正施行前已依法定程序進行之訴訟程序，其效力不受影響。
二、裁判確定之案件，不得向該管法院上訴或抗告。但有再審或非常上訴之事由者，得依刑事訴訟法聲請再審或非常上訴。
三、刑事裁判尚未執行或在執行中者，移送該管檢察官指揮執行。
提案人：廖正井 林郁方 林國正
連署人：詹凱臣 陳鎮湘 陳碧涵 王進士
三、丁委員守中等6人所提修正動議（增列第二項）：第二百三十七條第二項
中華民國○年○月○日本法修正施行前，平時已依本法開始偵查、審判或執行之第一條第一項但書之案件，程序尚未終結者，依下列規定處理：
一、偵查中案件移送該管檢察官偵查，審判中初審案件移送該管第一審法院，上訴案件移送該管第二審法院審判。但本法修正施行前已依法定程序進行之訴訟程序，其效力不受影響。
二、裁判確定之案件，不得向該管法院上訴或抗告。但有再審或非常上訴之事由者，得依刑事訴訟法聲請再審或非常上訴。
三、刑事裁判尚未執行或在執行中者，移送該管檢察官指揮執行。
提案人：丁守中 尤美女 管碧玲
連署人：吳宜臻 |
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