| 修正條文 | 現行條文 |
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| （均保留，送院會處理） | |
審查會：
均保留，送院會處理。 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
海巡署之設立目的及隸屬關係。
委員丁守中等20人提案：
海巡署之設立目的及隸屬關係。
委員姚文智等16人提案：
海巡署之設立目的及隸屬關係。
審查會：
均保留，送院會處理。 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
有關本署之權限職掌說明如下：
一、海洋委員會掌理總體海洋政策及海洋權益維護事務之統合、協調、聯繫及推動，本署則為其所轄之執行機關，故海洋權益維護之規劃、督導及執行，應列為本署重要掌理事項，爰為第一款規定。
二、國際海事組織（IMO）對於海事安全日趨重視，並已有國際海上人命安全公約（SOLAS）等各項國際公約，為全球海事活動之規範。我國雖成立海洋委員會，但海事安全事權現仍由相關機關掌理，海洋委員會負有統合之責，本署為海洋委員會所轄之執行機關，且為海事安全執行機關之一。由於「署」應具有政策規劃及執行功能，為期與國際接軌，因應未來業務發展需要，爰於第二款規定本署掌理海事安全維護事務之規劃、督導及執行。
三、參酌海岸巡防法第四條規定，將船舶、人員安全檢查、查緝走私、防止非法入出國、巡防涉外事務之處理、走私情報蒐整、海岸管制區安全維護等事項，分別於第三款至第八款規定為本署掌理事項。
四、現行海岸巡防法第四條有關業務掌理事項之執法範圍未明確規範為內水及公海，行政院海岸巡防署雖曾發布解釋性規定，認海岸巡防機關人員執行犯罪調查職務，其範圍包含內水及公海。惟為符合法律保留及明確性之原則，爰於第四款明確規定本署掌理查緝走私、防止非法入出國及其他犯罪調查事項之執法範圍及於內水；至於公海，基於船旗國管轄原則及刑法第三條有關犯罪屬地管轄之規定，並參考中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法之用語，於第五款中，將公海上對中華民國船舶執行登臨、檢查及犯罪調查事項納入規範。
五、本署依據海岸巡防法規定執行走私情報之蒐集、滲透及安全情報之調查處理，另依國家情報工作法，本署視同情報機關，並受國家安全局指導，負責相關影響國家安全或利益之資訊蒐集，鑑於海域、海岸安全事務涉及層面廣，與國家安全及利益息息相關，本署負有國境第一道防線安全維護任務，爰於第七款規定本署掌理海域及海岸安全調查事項。
六、因本署下設海洋人力發展中心，其設立目的為海洋人力之培育及發展，爰為第九款規定。
七、為避免疏漏，並因應未來海岸巡防發展而新增之執行業務，爰於第十款規定本署掌理其他海岸巡防事項。所稱其他海岸巡防事項，包括本署依相關國際公約、協定等，為善盡國際成員義務所應執行事項，如我國為中西太平洋漁業組織（WCPFC）正式會員，得於公海上對其他會員國船舶執行登臨、檢查等事項。
委員丁守中等20人提案：
本署之權限職掌。
委員姚文智等16人提案：
海巡署之業務職掌範圍。
審查會：
一、均保留，送院會處理。
委員邱文彥等8人所提修正動議：
第二條 本署掌理下列事項：
一、海洋權益維護之規劃、督導及執行。
二、海洋污染防治及生態系統保育之調查、規劃、協調、督導及執行。
三、海事安全維護之規劃、督導及執行。
四、入出港船舶或其他水上運輸工具及通商口岸人員之安全檢查。
五、海域至海岸、河口、非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國、防止非法漁撈作業及其他犯罪調查。
六、公海上對中華民國船舶之登臨、檢查及犯罪調查。
七、海域與海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理。
八、海域及海岸之安全調查。
九、海岸管制區之安全及海洋保護區之巡護。
十、所屬海洋人力培育發展機構之督導、協調及推動。
十一、其他海洋與海岸巡防事項。
「說明：強調海洋環境及生態保護之執法功能。」
委員尤美女等4人所提修正動議：
第二條 本署掌理下列事項：
一、海洋權益維護之規劃、督導及執行。
二、海洋生態維護之規劃、督導及執行。
三、海事安全維護之規劃、督導及執行。
四、入出港船舶或其他水上運輸工具及通商口岸人員之安全檢查。
五、海域至海岸、河口、非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國、防止非法漁撈作業及其他犯罪調查。
六、公海上對中華民國船舶之登臨、檢查及犯罪調查。
七、海域與海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理。
八、海域及海岸之安全。
九、海岸管制區之安全及維護。
十、所屬海洋人力培育發展機構之督導、推動及協調。
十一、其他海岸巡防及海洋保育執法事項。
「說明：新增第一項第二款。」 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
本署首長、副首長之職稱、官職等及員額。
委員丁守中等20人提案：
本署首長、副首長之職稱、官職等及員額。
委員姚文智等16人提案：
本署首長、副首長之職稱、官職等及員額。
審查會：
一、均保留，送院會處理。
委員尤美女等4人所提修正動議：
第三條 本署置署長一人，職務列簡任第十三職等；副署長二人，職務列簡任第十二職等。
「說明：為符合海洋委員會之宗旨、目的，制定國家總體海洋政策、提振海洋產業、保護國家海洋權益、加強國民海洋意識等，並統合海洋相關政策，副主任委員三人之任命，應以前揭面向之專長衡平考量，故副主任委員一職不應兼任海巡署署長，爰刪除原條文兼任之條款。」 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
本署幕僚長之職稱及官職等。
委員丁守中等20人提案：
本署幕僚長之職稱及官職等。
委員姚文智等16人提案：
本署幕僚長之職稱及官職等。
審查會：
均保留，送院會處理。 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
本署依職掌所設次級機關之名稱及業務。
委員丁守中等20人提案：
本署依職掌所設次級機關之名稱及業務。
委員姚文智等16人提案：
本署依職掌所設次級機關之名稱及業務。
審查會：
一、均保留，送院會處理。
委員尤美女等4人所提修正動議：
第五條 本署之次級機關及其業務如下：
一、各地區分署：執行轄區之海域及海岸巡防事項。
二、偵防分署：執行海域與海岸犯罪、安全及海洋生態破壞之調查事項。
「說明：修正第一項第二款。」 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
本署得設勤務單位之規定。
委員丁守中等20人提案：
本署得設勤務單位之規定。
委員姚文智等16人提案：
為有效將職務分工及統籌，特以訂定勤務單位之方式明文將權責分配。
審查會：
均保留，送院會處理。 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
本署業務有派員駐境外辦事需要，考量其特殊性及相關駐外人員之權益，爰為本條規定。
委員丁守中等20人提案：
本署業務有派員駐境外辦事需要，考量其特殊性及相關駐外人員之權益，爰為本條規定。
委員姚文智等16人提案：
本署業務有派員駐境外辦事需要，考量其特殊性及相關駐外人員之權益，爰為本條規定。
審查會：
均保留，送院會處理。 |
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| （修正通過並保留，送院會處理） 第八條 本署各職稱之官等、職等及員額，另以編制表定之。 前項編制表列有官等、職等之人員，得就官階相當之警察、軍職人員及民國八十九年隨業務移撥之關務人員派充之。 | |
行政院提案：
一、中央政府機關總員額法第六條雖已授權各機關訂定編制表，惟考量如僅於第三條及第四條規定首長、副首長及幕僚長之配置，將難窺知機關人員配置及運作之全貌，爰於第一項再予重申。
二、第二項敘明編制表所定之人員，得以警察或軍職人員派充，以符合本署用人實況。另本署人員採軍警文職併用，為落實文職化之要求，將視需要調整人事進用管道，逐步朝向文職化發展。
三、八十九年隨同業務移撥至行政院海岸巡防署海洋巡防總局之關務人員，應適用本規定。
委員丁守中等20人提案：
一、中央政府機關總員額法第六條雖已授權各機關訂定編制表，惟考量如僅於第三條及第四條規定首長、副首長及幕僚長之配置，將難窺知機關人員配置及運作之全貌，爰於第一項再予重申。
二、第二項敘明編制表所定之人員，得以警察或軍職人員派充，以符合本署用人實況。另本署人員採軍警文職併用，為落實文職化之要求，將視需要調整人事進用管道，逐步朝向文職化發展。
三、民國八十九年隨同業務移撥至行政院海岸巡防署海洋巡防總局之關務人員，應適用本規定。
委員姚文智等16人提案：
依據中華民國憲法第一百四十條規定：「現役軍人，不得兼任文官」，關於海巡署的軍職人員，建議設立四年落日條款，逐步完成文職任用，回歸公務人員任用法。
審查會：
一、照委員丁守中等20人提案，將第二項末句修正為「、軍職人員及民國八十九年隨業務移撥之關務人員派充之。」修正後條文與委員所提修正動議一併保留，送院會處理。
委員尤美女等4人所提修正動議：
第八條 本署各職稱之官等、職等及員額，另以編制表定之。
前項編制表列有官等、職等之人員，得就官階相當之警察或軍職人員派充之。
本署軍職人員之任用，不得逾編制員額三分之二，並應逐年降低其配比；俟本法施行四年後，本署人員任用以文職人員為主，文職人員之任用，依公務人員任用法規定辦理。
「說明：
一、新增第三項。
二、依據中華民國憲法第一百四十條規定：現役軍人，不得兼任文官，因此有關海巡署之軍職人員，應設立四年落日條款，逐步完成文職任用，回歸公務人員任用法。」
委員吳宜臻等3人所提修正動議：
第八條 本署各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
前項編制表列有官等、職等之人員，得在不逾編制員額三分之二範圍內，就官階相當之警察或軍職人員派充之。
「說明：行政院組織改造後，原行政院海岸巡防署將改制為海洋委員會海巡署執掌我國海域及海岸安全。參照現行行政院海岸巡防署組織法中第二十二條規定軍職人員不得逾編制員額之三分之二之規定，將現行規範納入本條文，以符合現行海巡署之編制。」 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
本署為軍警文併用之機關，為符實際，並維護各類人員相關權益，明定本署與所屬機關（構）人員之任用、管理及權利義務，仍依各該人員身分適用之相關法令辦理。
委員丁守中等20人提案：
本署為軍警文併用之機關，為符實際，並維護各類人員相關權益，明定本署與所屬機關（構）人員之任用、管理及權利義務，仍依各該人員身分適用之相關法令辦理。
委員姚文智等16人提案：
本署為軍警文併用之機關，為符實際需求及維護人權等相關事宜，明定本署與所屬機關（構）人員之任用、管理及權利義務，仍依各該人員身分適用之相關法令辦理。
審查會：
均保留，送院會處理。 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
本署及所屬機關（構）因設有單一軍職職缺，依現行法規規定，非屬編制表所列官稱、職等員額，為符實需及遂行任務之需要，明定前揭機關（構）所需人員，得以兵役人員充任，並另以編組表定之。
委員丁守中等20人提案：
本署及所屬機關（構）因設有單一軍職職缺，依現行法規規定，非屬編制表所列官稱、職等員額，為符實需及遂行任務之需要，明定前揭機關（構）所需人員，得以兵役人員充任，並另以編組表定之。
委員姚文智等16人提案：
本署及所屬機關（構）因設有單一軍職職缺，依現行法規定，非屬編制表所列官稱、職等員額，為符實際需求及任務之需要，明定前揭機關（構）所需人員，得以兵役人員充任，並另以編組表定之。
審查會：
均保留，送院會處理。 |
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| （均保留，送院會處理） | |
行政院提案：
本法之施行日期。
委員丁守中等20人提案：
本法之施行日期。
委員姚文智等16人提案：
本法之施行日期。
審查會：
均保留，送院會處理。 |
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