| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第三條 前條第一項所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣： 一、為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。 二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。 前項所定活動態樣，不含為改進現有產品或服務之生產程序、服務流程或系統及現有原料、材料或零組件所從事之研究發展活動。 | 第三條 前條第一項所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣： 一、為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。 二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。 |
一、新增第二項。
二、適用產業創新條例第十條研究發展支出投資抵減僅限於具有高度創新水準之研究發展活動，即限於開發或設計新產品、新服務、新原料、新材料等之研究發展活動，不包含改進現有產品、服務等之活動，鑑於現行公司研究發展活動係由各產業中央目的事業主管機關受理審查，為避免各單位審查過程中滋生疑義，爰予明定不適用本條文研究發展活動之範圍。 |
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| 第四條 本辦法所稱研究發展之支出，指公司研究發展單位從事前二條研究發展活動所支出之下列費用： 一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。 二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。 三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。 四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。 前項第三款之專用技術及第四款事項，應由中央目的事業主管機關專案認定。 第一項所稱公司研究發展單位，指專責從事研究發展活動之單位。 | 第四條 本辦法所稱研究發展之支出，指公司研究發展單位從事前二條研究發展活動所支出之下列費用： 一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。 二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。 三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。 四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。 前項第三款之專用技術及第四款事項，應由中央目的事業主管機關專案認定。 |
一、新增第三項。
二、適用本辦法之研究發展支出僅限於公司研發單位所支出符合規定項目之費用，至於公司研究發展單位以外之各單位兼辦或委託其他單位從事研究發展活動支出之費用，尚非本辦法適用範圍。為避免公司及各中央目的事業主管機關於審查過程中滋生疑義，爰予明定。 |
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| 第六條 公司從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究發展支出。但個別研究發展計畫部分有委外必要者，其下列委外研究發展費用，不在此限： 一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。 二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。 三、委託經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費用。 前項第一款所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。 第一項第三款經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者，其受託從事研究發展所發生之支出，不得再適用投資抵減。 公司與國內、外公司共同研究發展所為之支出，如符合本辦法之規定，並檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定者，准予核實認列其研究發展支出： 一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件。 二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約。 三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件。 四、與國外公司共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說明或文件。 | 第六條 公司從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究發展支出。但下列委外研究發展費用，不在此限： 一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。 二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。 三、委託經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費用。 前項第一款所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。 第一項第三款經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者，其受託從事研究發展所發生之支出，不得再適用投資抵減。 公司與國內、外業者共同研究發展所為之支出，如符合本辦法之規定，且於首次分攤支出之年度結束前，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定者，准予核實認列其研究發展支出： 一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件。 二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約。 三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件。 四、與國外業者共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說明或文件。 |
一、基於公司應以建立自主研發能力為原則之前提，研究發展計畫應以自行研發為原則。為避免公司誤以為全數委外之研究發展計畫仍有本辦法之適用，爰修正第一項但書，明定個別研究發展計畫部分有委外必要者，其特定委外研究發展費用項目得適用投資抵減優惠。
二、修正第四項共同研究發展之對象，以公司組織型態之營利事業為限。
三、公司申請認定國內外公司共同研究發展支出之期間，業於第七條明定，為避免重複，爰刪除第四項有關申請期間之規定。 |
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| 第七條 公司就第四條第一項第三款專用技術、第四款及前條第一項第二款、第四項規定之支出，於辦理費用發生當年度、首次攤折或分攤支出之年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，向中央目的事業主管機關提出專案認定申請，經核准者，於費用發生年度、首次攤折或分攤支出之年度起適用。 逾期未提出申請且屬第四條第一項第三款專用技術及前條第四項規定之支出者，得於費用之攤折或分攤年限內依前項規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。 中央目的事業主管機關應將前二項專案認定之結果副知公司所在地稅捐稽徵機關。 | 第七條 公司就第四條第一項第三款專用技術、第四款及前條第一項第二款、第四項規定之支出，於費用發生當年度或首次分攤支出之年度向中央目的事業主管機關提出專案認定申請，經核准者，自費用發生年度或首次分攤支出之年度起適用；逾費用發生年度或首次分攤支出之年度始提出專案認定申請，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自申請之年度起適用。 |
一、由於專案認定之研究發展支出項目所相對應之研究發展活動尚須符合第二條及第三條規定條件，基於便民考量，以及簡化行政成本，第十二條規定申請本條之研究發展支出專案認定與該條之研究發展活動審查認定應併案提出，第一項爰配合第十二條規定之期限，修正公司研究發展支出專案認定之申請期限。
二、倘公司購置或使用專用技術及與其他公司共同研發，如其研究發展支出依規定須攤折或分攤，而逾期未申請者，明定最遲須於該項研究發展支出攤折或分攤年限內且依第一項前段規定之申請期限提出，爰修正第一項後段文字並移列至第二項。茲以案例說明如下：
屬曆年制公司於一百年購置一百五十萬元專用技術專供研究發展使用，分三年攤折，於一百年至一百零二年各分列五十萬元。倘公司未於一百零一年二月至五月前提出專案認定申請，則一百年度研究發展支出五十萬元不得適用投資抵減；如於一百零二年二月至五月前申請該項專用技術之專案認定，經認定核准，且其相對應研發計畫於一百零一年度及一百零二年度符合本辦法規定者，則於前開二年度就攤折之支出分列五十萬元適用投資抵減；公司最遲申請期間為一百零三年二月至五月前，於該期間未提出者，全部支出不得適用投資抵減。
三、增訂第三項，明定中央目的事業主管機關應將專案認定結果副知公司所在地稅捐稽徵機關。 |
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| 第十二條 公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵： 一、公司之組織系統圖及研究人員名冊。 二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。 三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。 四、研究計畫、紀錄或報告。 五、其他有關證明文件。 中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間二個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。 公司當年度之研究發展支出，依第七條規定提出專案認定申請者，應與第一項之申請認定併案提出，中央目的事業主管機關應依前項規定期限審查。 | 第十二條 公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日後一個月內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵： 一、公司之組織系統圖及研究人員名冊。 二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。 三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。 四、研究計畫、紀錄或報告。 五、其他有關證明文件。 中央目的事業主管機關應於受理前項申請後四個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關認有必要時，得延長審查期間二個月，並通知公司所在地稅捐稽徵機關。 |
一、鑑於公司研究發展活動須先經各中央目的事業主管機關審查認定之機制，業經實施一年多，公司大多已知悉本機制作法，第一項爰配合營利事業所得稅結算申報期間，刪除申報截止日後一個月等文字。
二、各中央目的事業主管機關於辦理本條審查認定時，期以較客觀、超然、公平立場予以審認，大多透過籌組學者專家審查小組方式辦理，而須花費較多時間與人力；且基於便民考量，將研究發展支出專案認定與本條審查認定併案辦理，爰修正第二項將審查結果意見書送交公司所在地稅捐稽徵機關之期限由現行中央目的事業主管機關受理申請後四個月內修正延長為當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內為之。同時，修正第二項但書，中央目的事業主管機關因特殊事由，得延長審查期間二個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。
三、增訂第三項，為簡化申請程序，明定第七條規定專案認定與本條研究發展活動審查認定須同時申請。 |
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| 第十七條 本辦法自中華民國九十九年一月一日施行。 本辦法修正條文，自發布日施行。 | 第十七條 本辦法自中華民國九十九年一月一日施行。 |
配合本次部分條文之修正，爰增訂第二項修正條文之施行日期，明定自發布日施行。 |
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