| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第三條 本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算；下設各醫療機構基金，編製附屬單位預算之分預算。 本基金以行政院衛生署（以下簡稱本署）為管理機關；隸屬本基金之各醫療機構作業基金，以各該醫療機構為管理機關。 | 第三條 本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以行政院衛生署（以下簡稱本署）為主管機關。下設各醫療機構基金，編製附屬單位預算之分預算。 |
為提升行政效率與決策之及時性，將現行條文以行政院衛生署為本基金主管機關之規定刪除，另增列第二項規定以該署為本基金之管理機關，以及下設各醫療機構作業基金以各該醫療機構為管理機關。 |
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| 第六條 （刪除） | 第六條 本基金設醫療藥品基金管理委員會（以下簡稱本會），置委員九人至十五人，其中一人為主任委員，由本署派員兼任；其餘委員，由本署及所屬醫療機構代表各四人至七人兼任。 本會每四個月開會一次，必要時得召開臨時會議，均由主任委員召集之，並得邀請有關人士列席；主任委員不能出席時，由主任委員指派一人代理。 |
一、本條刪除。
二、配合修正條文第三條，已定明本基金之管理機關為行政院衛生署，且本基金業務領域不涉及跨部會，基金管理委員會已無設置必要，爰刪除本條。 |
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| 第七條 （刪除） | 第七條 本會置執行秘書一人，工作人員若干人，均由本署業務相關人員派兼之。 |
一、本條刪除。
二、配合修正條文第六條刪除本基金管理委員會之設置，爰刪除本條。 |
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| 第八條 本基金管理機關之任務如下： 一、本基金收支、保管及運用之審議。 二、本基金運用執行情形之考核。 三、本基金年度預算、決算之審議。 四、本基金下設各基金間財務調度之核定或核轉。 五、本基金下設各基金報本署重要財務事項之核定或核轉。 六、其他有關事項。 | 第八條 本會之任務如下： 一、本基金之收支、保管及運用之審議。 二、本基金運用執行之考核。 三、本基金年度預算、決算之審議。 四、其他有關事項。 |
配合修正條文第三條，以行政院衛生署為本基金管理機關，並為明確該署對於本基金及所轄各醫療機構作業基金之職掌與權責，以及提升本基金轄下各醫療機構之資金運用效率，爰參酌其他非營業特種基金收支保管及運用辦法之體例，修正增列第四款及第五款，原第四款遞移為第六款，另第一款及第二款酌作文字修正。 |
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| 第九條 （刪除） | 第九條 本會委員及派兼工作人員均為無給職。 |
一、本條刪除。
二、配合修正條文第六條刪除本基金管理委員會之設置，爰刪除本條。 |
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| 第十一條 本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。 | 第十一條 本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依國庫法及其相關法令規定辦理。 |
配合公庫法於九十八年五月六日修正公布，國庫法將檢討發止，爰將「國庫法」修正為「公庫法」。 |
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| 第十三條 本基金年度決算如有賸餘，應依規定辦理分配。 | 第十三條 本基金年度決算如有賸餘，得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理。 |
參酌一般非營業特種基金收支保管及運用辦法體例，修正決算賸餘之處理原則。 |
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