| 第一條 本辦法依產業創新條例第十條第二項規定訂定之。 |
本辦法訂定依據。 |
| 第二條 本辦法所稱研究發展，指公司以科學方法自行從事產品、技術、勞務或服務流程之創新活動。
公司適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。 |
一、研究發展是產業創新、產業再造之關鍵因素，公司不斷投入於研究發展，方得以提升其技術能力，以因應其產業競爭環境，爰產業創新條例第十條明定以投資抵減營利事業所得稅額為獎勵措施，鼓勵公司積極投入研究發展，以達到產業創新之目的。
二、各產業所從事之研究發展，其研究發展符合本條研究發展定義者，皆得適用投資抵減。
三、考量營利事業所得稅稅率已大幅調降，且租稅優惠亦應控制在一定稅式支出額度，公司應具一定條件之研發能力，且其從事之研究發展活動固然不以有研發成果為必要，但應達高度創新水準，方得適用投資抵減。 |
| 第三條 前條第一項所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣：
一、為開發或設計新產品或新服務之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。
二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。 |
一、明定本辦法所獎勵研究發展活動範圍，以利執行。
二、第一款所稱原型（Prototype），指為試驗目的所製作之樣本或模型；至已進入量產階段之產品，則不包括在內。 |
| 第四條 本辦法所稱研究發展之支出，指公司研究發展單位從事前二條研究發展活動所支出之下列費用：
一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。
二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。
三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。
四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。
前項第三款之專用技術及第四款事項，應由中央目的事業主管機關專案認定。 |
一、明確規定研究發展支出適用投資抵減範圍，俾利適用。
二、為鼓勵本國產業提升自主研發能力，以充實本國產業之軟實力，研究發展支出適用範圍限於第一項第一款至第四款之支出，至原促進產業升級條例子法公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法規定之研究發展設備購置價款及供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金，與充實產業軟實力較無關連性，並考量租稅優惠應控制在一定稅式支出額度，爰排除研究發展設備購置價款及建築物之折舊費用或租金適用投資抵減範圍。
三、有關第一項第三款專用技術及第四款資料庫、軟體程式及系統等項目，涉及專業性之判定，爰於第二項規定應向中央目的事業主管機關申請專案認定。 |
| 第五條 下列費用或支出，不得認列為研究發展支出：
一、研究發展單位之行政管理支出。
二、例行性之資料蒐集相關支出。
三、例行性檢驗之支出。
四、研發人員教育訓練費用之支出。
五、例行性開發市場業務之支出。
六、為確定顧客之接受度，從事試製所須耗用原料、材料之支出。
七、市場研究、市場測試、消費性測試、廣告費用或品牌研究支出。
八、專門從事研究發展工作全職人員之差旅費、保險費及膳雜費。
九、因銷售行為所支出之認證測試費用。 |
一、就前條規定之研究發展支出費用範圍中，明定不得適用投資抵減之研究發展費用項目，以資明確。
二、第五款至第九款規定，係參照公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點所訂定。 |
| 第六條 公司從事研究發展，應以建立自主研發能力為原則，始得認列為研究發展支出。但下列委外研究發展費用，不在此限：
一、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
二、經中央目的事業主管機關專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
三、委託經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者從事研究發展之費用。
前項第一款所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。
第一項第三款經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者，其受託從事研究發展所發生之支出，不得再適用投資抵減。
公司與國內、外業者共同研究發展所為之支出，如符合本辦法之規定，且於首次分攤支出之年度結束前，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請專案認定者，准予核實認列其研究發展支出：
一、足資證明其所分攤之研究發展支出符合本辦法規定之相關說明或文件。
二、載明各參與人之支出分攤方式、投入內容及研究發展成果歸屬方式之共同研究發展合約。
三、就各參與人分攤之支出與投入內容及研究發展成果歸屬約定顯著相當之證明文件。
四、與國外業者共同研究發展者，就其在國內並無適當共同研發對象之說明或文件。 |
一、本辦法係為促進產業創新，不鼓勵公司研發活動全部委外辦理，爰於第一項明定，公司研究發展支出適用投資抵減之範圍，應以建立自主研發能力為原則，例外限於下列三種情形：
(一)委託國內大專校院或研究機構或聘請專任教師或研究人員之費用，應核實認列為研究發展費用。
(二)委託國外大專校院或研究機構所支出之研發費用則需專案認定，始得認列為研究發展費用。
(三)臨床前與臨床試驗為生技醫藥業特殊之研究發展必要過程，考量生技醫藥業從事臨床前與臨床試驗均與醫藥研發服務業者息息相關，爰明定委託經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者所產生之支出得適用投資抵減範圍。
二、第二項明定第一款所稱研究機構範圍。
三、第三項明定經經濟部工業局認定之國內醫藥研發服務業者受託從事研究發展所發生之支出為委託人之研究發展支出，該等受託業者不得再適用投資抵減，以免重複獎勵。
四、跨國共同研發乃現行產業創新之潮流趨勢，爰於第四項明定公司與國內外業者共同研究發展所為之支出經專案認定者，得適用投資抵減。 |
| 第七條 公司就第四條第一項第三款專用技術、第四款及前條第一項第二款、第四項規定之支出，於費用發生當年度或首次分攤支出之年度向中央目的事業主管機關提出專案認定申請，經核准者，自費用發生年度或首次分攤支出之年度起適用；逾費用發生年度或首次分攤支出之年度始提出專案認定申請，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自申請之年度起適用。 |
明定須經專案認定之研究發展支出，當年度申請者，得自核准後並於費用發生之年度或首次分攤支出之年度開始適用;
逾期申請者，則自申請之年度起適用，俾利遵循。 |
| 第八條 公司投資於研究發展之支出，申請適用投資抵減，應符合下列規定之一：
一、公司所研究發展之產品、技術應專供公司自行使用。
二、公司研究發展之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。但公司負責研究發展、收受訂單及銷售，其研究發展之產品或技術提供其負責代工或生產之國內外或大陸地區關係企業製造或使用，未收取合理之權利金或其他合理之報酬，如能提示足資證明已將合理利潤留於該公司之移轉訂價文件，且經稅捐稽徵機關查明屬實者，不在此限。 |
一、參考原促進產業升級條例公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點第七點規定，明定公司投資於研究發展之支出適用投資抵減，其研發成果應以專供公司自行使用為原則，如供他人製造使用者，依照交易常規，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。
二、惟考量公司之研發成果提供他人製造使用，其交易型態為公司負責研發、收受訂單及銷售，相關研發之產品、技術提供為其代工生產之國內外或大陸地區關係企業製造或使用，該公司雖未實際收取合理之權利金或其他報酬，如能提示足資證明該研發成果所反映之合理利潤已留於該公司之移轉訂價文件，且經稅捐稽徵機關查核屬實，屬以其他型態取得合理報酬之情形，應准予適用投資抵減，爰於第二款但書明定該項規定，俾利徵納雙方遵循。
三、依前開原則，公司之研發成果提供國內外或大陸地區關係企業製造產品並銷售予他人者，公司自應收取權利金，且應依移轉訂價之相關規定辦理。 |
| 第九條 公司從事研究發展之支出，在同一課稅年度內得按百分之十五抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限。 |
明定研究發展支出適用投資抵減稅額之抵減率，俾資適用。 |
| 第十條 前條所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指抵減稅捐稽徵機關核定之當年度營利事業課稅所得額依規定稅率計得之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定之上一年度未分配盈餘按百分之十計得之應加徵稅額。 |
明定得抵減當年度營利事業所得稅額之內容，以資明確。 |
| 第十一條 公司適用投資抵減之研究發展支出，不包括政府補助款及研究發展單位產生之收入在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。 |
一、為避免同一筆研發費用支出享有雙重優惠，研發支出費用應排除政府補助款。
二、研發部門非屬生產單位，其有出售產品、服務或將專供研發之各項物品出售者，應自研究發展支出中減除。 |
| 第十二條 公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日後一個月內，檢附下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵：
一、公司之組織系統圖及研究人員名冊。
二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。
三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。
四、研究計畫、紀錄或報告。
五、其他有關證明文件。
中央目的事業主管機關應於受理前項申請後四個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關認有必要時，得延長審查期間二個月，並通知公司所在地稅捐稽徵機關。 |
一、為強化產業專業性，明定中央目的事業主管機關應先行審查公司研究發展活動事實是否符合本辦法規定，以作為稅捐稽徵機關查核投資抵減稅額時之依據。
二、第二項明定中央目的事業主管機關送交稅捐稽徵機關認定結果之期限，以利執行。 |
| 第十三條 公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並檢附前條第一項規定之文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
公司依第一項規定填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。 |
一、第一項明定公司辦理營利事業所得稅結算申報時，逕向公司所在地稅捐稽徵機關辦理核定;
第二項並規定申報表格之格式，統一由財政部定之。
二、第三項明定公司應於辦理營利事業所得稅結算申報時履行協力義務，始得於當年度適用本辦法之獎勵，以利公司充分瞭解未履行申報時應作為義務之失權效果。 |
| 第十四條 依本辦法申請專供研究發展用之專利權、專用技術、著作權、專業性或特殊性之資料庫、軟體程式及系統，於購置之次日起三年內，轉借、出租、轉售、退貨或變更原使用目的者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自當年度營利事業所得稅結算申報期限屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。但因公司進行合併、分割或依企業併購法第二十七條或第二十八條規定收購，而移轉予合併後存續或新設公司、分割後既存或新設公司、收購公司，且繼續從事符合本辦法規定之研究發展活動者，不在此限。 |
明定依本辦法申請抵減所得稅之專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式及系統，於購置之次日起三年內，如有變更原使用目的者，應補繳所得稅款，惟為避免因公司進行合併、分割或依企業併購法第二十七條或第二十八條規定收購，而移轉予合併後存續或新設公司、分割後既存或新設公司、收購公司者，遭稅捐稽徵機關認定有轉售之情形，而須補繳已抵減之所得稅款，爰於本條末段但書明文排除適用，以免未來產生爭議。 |
| 第十五條 依本辦法規定申請抵減營利事業所得稅之公司，其當年度申報之研究發展支出，經稅捐稽徵機關查明有虛報情事者，依所得稅法有關逃漏稅處罰及稅捐稽徵法有關停止其享受獎勵待遇之規定處理。 |
明定涉及虛報情事之處罰規定。 |
| 第十六條 已依其他法規享有租稅優惠者，不得就同一事項重複享有本辦法所定之獎勵。 |
配合產業創新條例第七十條規定，明定同一研究發展活動不得重複享受本辦法租稅獎勵，以資明確。 |
| 第十七條 本辦法自中華民國九十九年一月一日施行。 |
依據產業創新條例第七十二條但書規定，明定本辦法施行之起始日。 |