| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第一條 本辦法依促進民間參與公共建設法（以下簡稱本法）第三十六條第三項規定訂定之。 | 第一條 本辦法依促進民間參與公共建設法（以下簡稱本法）第三十六條第三項規定訂定之。 |
本條未修正。 |
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| 第二條 本辦法用詞，定義如下： 一、課稅所得：指民間機構參與各重大公共建設之營業收入減除營業成本、營業費用，加計歸屬該重大公共建設之非營業收益及減除歸屬該重大公共建設之非營業損失後之餘額為正數，依所得稅法規定應課徵營利事業所得稅之所得。 二、免納營利事業所得稅：指前款課稅所得，依本法第三十六條規定免計入民間機構課稅所得計算其應納之營利事業所得稅額。 三、開始營運：指民間機構與主辦機關依本法規定簽訂之參與重大公共建設投資契約約定首次開始營運時。如因情事變更重新約定者，從其約定。 四、有課稅所得之年度：指民間機構參與重大公共建設，實際投資於公共建設達本法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得之年度；或申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得之年度。 | 第二條 本辦法用詞，定義如下： 一、課稅所得：指自全年所得額中減除依法可享受減稅或免稅之所得額後之應課稅所得額。 二、免納營利事業所得稅：指在計算應課稅所得額時，應將經營重大公共建設之所得自全年所得額中減除。 |
一、參照所得稅法施行細則第三十一條規定，修正第一款課稅所得定義，指民間機構參與重大公共建設所產生之所得為正數；修正第二款免納營利事業所得稅定義，指該所得免予納入計算應納之營利事業所得稅額，以資明確。
二、配合實務運作需要及契約自由原則，增訂第三款「開始營運」之認定規定。
三、考量鼓勵民間參與重大公共建設之意旨，增訂第四款，明定「有課稅所得之年度」之定義，俾據以依本法第三十六條規定起算免稅期間及得申請延遲免稅期間。 |
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| 第三條 民間機構參與重大公共建設免納營利事業所得稅之範圍，以經營重大公共建設之下列所得（明細如附表）為限；經營附屬事業之所得，不適用本辦法： 一、交通建設： (一)鐵路：客運所得及貨運所得。 (二)公路：通行費所得。 (三)市區快速道路：通行費所得。 (四)大眾捷運系統：客運所得。 (五)輕軌運輸系統：客運所得。 (六)轉運站：勞務所得。 (七)航空站與其設施：航空站業務所得及租金所得。 (八)港埠與其設施：港灣業務所得及棧埠業務所得。 (九)停車場：停車費所得。 (十)橋樑、隧道：通行費所得。 (十一)智慧型運輸系統：系統營運所得。 二、共同管道：共同管道出租之所得及共同管道管理維護之所得。 三、環境污染防治設施：環境污染防治及環境污染物清理之所得、農業生產廢棄物處理場處理製造後之成品出售所得。 四、污水下水道：用戶使用下水道使用費所得。 五、自來水設施：用戶使用自來水水費所得、用戶接用自來水外線工程費所得及民間機構售水給自來水事業所得。 六、水利設施：海水淡化處理及工業區污水廠放流水回收後之出售所得。 七、衛生醫療設施：勞務所得、疫苗製造工廠製造疫苗出售所得。 八、社會福利設施：殯儀館及火葬場設施使用費所得。 九、文教設施：勞務所得。 十、觀光遊憩重大設施：勞務所得。 十一、電業設施：售電所得。 十二、公用氣體燃料設施：售氣所得。 十三、運動設施：業務所得。 十四、重大商業設施： (一)大型物流中心：業務所得及勞務所得。 (二)國際展覽中心：業務所得及勞務所得。 (三)國際會議中心：業務所得及勞務所得。 十五、農業設施：依森林法規定設置之森林遊樂區事業所得。 民間機構經營重大公共建設、其附屬事業及非屬重大公共建設業務之成本費用，應分別辨認歸屬，自各相關收入中減除；其無法分別辨認歸屬者，應按重大公共建設、其附屬事業及非屬重大公共建設業務之營業收入比例分攤之。 | 第三條 民間機構參與重大公共建設免納營利事業所得稅之範圍，以經營重大公共建設之下列所得（明細如附表）為限；經營附屬事業之所得，不適用本辦法： 一、交通建設： (一)鐵路：客運所得及貨運所得。 (二)公路：通行費所得。 (三)市區快速道路：通行費所得。 (四)大眾捷運系統：客運所得。 (五)輕軌運輸系統：客運所得。 (六)轉運站：勞務所得。 (七)航空站與其設施：航空站業務所得及租金所得。 (八)港埠與其設施：港灣業務所得及棧埠業務所得。 (九)停車場：停車費所得。 (十)橋樑、隧道：通行費所得。 二、共同管道：共同管道出租之所得及共同管道管理維護之所得。 三、環境污染防治設施：環境污染防治及環境污染物清理之所得、農業生產廢棄物處理場處理製造後之成品出售所得。 四、污水下水道：用戶使用下水道使用費所得。 五、自來水設施：用戶使用自來水水費所得、用戶接用自來水外線工程費所得及民間機構售水給自來水事業所得。 六、水利設施：海水淡化處理及工業區污水廠放流水回收後之出售所得。 七、衛生醫療設施：勞務所得、疫苗製造工廠製造疫苗出售所得。 八、社會福利設施：殯儀館及火葬場設施使用費所得。 九、文教設施：勞務所得。 十、觀光遊憩重大設施：勞務所得。 十一、電業設施：售電所得。 十二、公用氣體燃料設施：售氣所得。 十三、運動設施：業務所得。 十四、重大商業設施 (一)大型購物中心：業務所得及勞務所得。 (二)大型物流中心：業務所得及勞務所得。 (三)國際展覽中心：業務所得及勞務所得。 (四)國際會議中心：業務所得及勞務所得。 十五、農業設施：農業育樂設施之森林遊樂區事業所得。 民間機構經營重大公共建設與附屬事業之成本費用，應分別辨認歸屬；其無法分別辨認歸屬者，應按重大公共建設及附屬事業之營業收入比率分攤之。 |
一、九十一年五月二十九日修正發布本法施行細則第二條第一項交通建設，納入智慧型運輸系統；同年六月二十六日修正發布本法重大公共建設範圍亦將投資總額不含土地達新臺幣十億元以上之智慧型運輸系統納為重大公共建設，爰配合增訂第一項第一款第十一目規定，以資適用。
二、九十七年一月二十一日修正發布本法施行細則第十七條，刪除重大商業設施之大型購物中心，爰配合刪除第一項第十四款第一目。
三、九十七年一月二十一日修正發布本法施行細則第十九條之一第一項第五款「『依森林法規定設置』之森林遊樂區」，爰配合修正第一項第十五款農業設施規定。
四、考量民間機構除經營重大公共建設及附屬事業外，亦可能同時經營非屬重大公共建設之業務，爰於第二項規定相關成本費用應分別辨認歸屬；其無法分別辨認歸屬者，應按營業收入比例分攤之。 |
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| 第四條 民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅者，免稅年限為五年。 前項免稅年限應連續計算，不得中斷。民間機構在免稅期間內，應按所得稅法規定之固定資產耐用年數，逐年提列折舊。 | 第四條 民間機構參與重大公共建設適用免納營利事業所得稅者，免稅年限為五年。 前項免稅年限應連續計算，不得中斷。民間機構在免稅期間內，應按所得稅法規定之固定資產耐用年數，逐年提列折舊。 |
本條未修正。 |
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| 第五條 民間機構參與重大公共建設，實際投資達本法重大公共建設範圍規定要件並開始營運，且其所得稅結算申報自行申報該重大公共建設有課稅所得者，應自所得稅結算申報日之次日起六個月內；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起六個月內，檢具下列文件，向財政部申請核准免納營利事業所得稅： 一、公司登記證明文件影本。 二、主辦機關核准參與重大公共建設之文件。 三、重大公共建設主辦機關核發之營運證明文件影本。 四、主辦機關審核重大公共建設符合第三條第一項所定免稅獎勵範圍之證明書；證明書上應載明民間機構名稱、統一編號、地址、申請日期、重大公共建設類別、參與重大公共建設之方式、主辦機關核定參與重大公共建設之日期、開始營運之日期、符合本法重大公共建設範圍規定要件及其日期、免稅所得項目、實際投資金額（不含土地）。 五、重大公共建設申報有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅結算申報書收據聯影本；其申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅核定稅額通知書影本。以上情形，並均應檢附該重大公共建設之課稅所得計算表。 六、主辦機關查核證明之機器、設備及新建主體建物清單；清單上應載明截至有課稅所得之年度末日止，重大公共建設所購置或興建機器、設備之名稱、性能、用途、廠別、出廠、購入或進口日期、數量、金額及新建主體建物之工程成本明細表。 前項重大公共建設申報有課稅所得者，民間機構應於辦理有課稅所得之年度所得稅結算申報期間屆滿前；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定稅額通知書送達之次日起三個月內，向主辦機關申請核發前項第四款所定證明書及第六款所定機器、設備及新建主體建物清單。主辦機關應自民間機構申請之次日起三個月內核發，並副知財政部賦稅署及民間機構所在地之稅捐稽徵機關。 | 第五條 參與重大公共建設之民間機構，於各該重大公共建設開始營運後，申報有課稅所得者，應自申報日起六個月內，申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應自核定日起六個月內，檢具下列文件，向財政部申請核定免納營利事業所得稅： 一、公司登記證明文件影本。 二、主辦機關核准參與重大公共建設之文件。 三、重大公共建設主辦機關核發之營業許可證或執照影本。 四、主辦機關審核重大公共建設符合第三條第一項所定免稅獎勵範圍之證明書。 五、申報有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅結算申報書收據聯影本；申報無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，應檢附營利事業所得稅之核定通知書影本。 六、重大公共建設主辦機關查核證明之機器、設備清單；清單上應載明機器、設備之名稱、性能、用途、廠別、出廠、購入或進口日期、數量、金額。 |
一、修正第一項序文，民間機構應於實際投資符合重大公共建設範圍規定要件並開始營運且有課稅所得時，依規定期間檢具文件向財政部申請自「有課稅所得之年度」起開始免納營利事業所得稅。原申請期間（申報日起六個月內或核定日起六個月內）修正為「所得稅結算申報日之次日起六個月內」及「核定稅額通知書送達之次日起六個月內」，以資明確，俾免徵納雙方爭議。另考量「向財政部申請『核定』免納營利事業所得稅」之「核定」一詞，易與稅捐稽徵法第三十四條第三項第一款所規定，經稅捐稽徵機關「核定」之案件混淆，爰酌作文字修正。
二、第一項第四款增訂免稅獎勵範圍證明書之應記載事項，俾利主辦機關實質審查及核發證明機關作業。
三、鑑於民間機構係自重大公共建設有課稅所得之年度起免納營利事業所得稅，而其營利事業所得稅結算申報書及核定稅額通知書之損益表僅記載民間機構申報年度之「整體」損益，可能無法單獨顯示「重大公共建設」之損益，爰修正第一項第五款規定應檢附重大公共建設之課稅所得計算表，俾供財政部審核是否符合免稅要件。
四、增訂第二項，規定民間機構向主辦機關申請核發第一項第四款所定證明書及第六款所定機器、設備及新建主體建物清單之期限，以及主辦機關之核辦期限；並規定主辦機關應副知財政部賦稅署及民間機構所在地之稅捐稽徵機關，以利實務上執行。
五、部分文字酌予修正。 |
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| 第六條 民間機構依本法第三十六條第二項規定選定延遲開始免稅之期間，應自有課稅所得之年度起四年內，依下列規定向財政部申請核准延遲開始免稅；逾期申請者，除符合第三項規定外，不予核准： 一、與申請適用免納營利事業所得稅同時申請者，於同一申請書內敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。 二、於核准免納營利事業所得稅後始行申請者，應另備申請書，敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。 民間機構依前項規定申請延遲開始免稅者，應於有課稅所得之年度次年起三個年度中，擇一年度開始適用免稅；擇定後，除符合第四項規定外，不得變更。 民間機構所得稅結算申報自行申報該重大公共建設無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得者，如其核定稅額通知書送達之次日已逾第一項規定得申請延遲免稅之期限，或未逾該期限而賸餘期間不足三個月，得自核定稅額通知書送達之次日起三個月內，敘明自行選定延遲開始免稅之期間及其會計年度起訖日期，向財政部申請核准延遲開始免稅。逾期申請者，不予核准；其經核准者，除符合第四項規定外，不得變更。 民間機構已依前條或第一項規定開始適用免稅，如其以前年度所得稅結算申報自行申報該重大公共建設無課稅所得而經稅捐稽徵機關核定有課稅所得，得以核定有課稅所得之年度為準，依本法第三十六條第二項規定向財政部申請選定或重新選定延遲開始免稅之期間；其選定開始免稅之年度不得遲於原選定開始適用免稅之年度。 前項申請應於核定稅額通知書送達之次日起三個月內為之；逾期申請者，應自核定有課稅所得之年度起開始免稅。 | 第六條 民間機構依本法第三十六條第二項規定選定延遲開始免稅之期間，應於該條所定期間內，敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期，向財政部申請核定，逾期不予核定；經核定後，不得再行變更。 |
一、修正第一項明定延遲開始免稅申請期限之起算，並參照原促進產業升級條例施行細則第二十一條增訂申請程序之規定。
二、增訂第二項得選擇延遲免稅之起始年度；第三項民間機構原申報無課稅所得，嗣經核定有課稅所得，致逾期申請延遲免稅之處理方式；第四項民間機構已開始適用免稅，嗣經核定其以前申報無課稅所得之年度有課稅所得，致適用免稅年度有誤之例外規定，以免徵納雙方爭議；另增訂第五項免稅年度錯誤補行申請之申請期限及逾期申請之適用規定。 |
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| 第七條 適用本辦法之民間機構未能於第五條規定期限內檢齊文件而有正當理由者，得於該條規定期限內提出補送文件之申請，並應於該條規定期限屆滿之次日起九十日內補送齊全。 民間機構逾第五條規定之申請期限或前項規定補送文件之期限者，財政部仍得於本法第三十六條規定自有課稅所得之年度起五年免納營利事業所得稅之獎勵期間內，就賸餘期間核定免稅。但賸餘期間不足一個月之畸零日數，不予獎勵。 前項賸餘期間，自應送文件檢齊之當日起算。 | 第七條 適用本辦法之民間機構未能於第五條規定期限內檢齊文件而有正當理由者，得於該條規定期限內提出補送文件之申請，並應於該條規定期限屆滿之次日起九十日內補送齊全。 逾第五條規定之申請期限或前項規定補送文件之期限者，仍得於第四條規定之獎勵期間內，就賸餘之期間核定免稅。 前項賸餘期間，自應送文件檢齊之當日起算。 |
一、第二項參照原促進產業升級條例施行細則第二十條第二項但書規定修正文字，以資明確，另於同項增訂賸餘期間之畸零日數不予獎勵之規定。
二、第一項及第三項未修正。 |
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| 第八條 民間機構有下列情形之一者，不得適用本法第三十六條規定免納營利事業所得稅之獎勵： 一、經營重大公共建設之所得已依其他法令規定享受免徵營利事業所得稅優惠。 二、未依所得稅法第七十一條辦理結算申報。 三、免稅期間之各年度結算申報、當期決算或清算申報有短漏報所得額情事，受所得稅法第一百十條規定處分。但短漏報之所得額依短漏報年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣二十萬元或短漏報之所得額占全年所得額之比率不超過百分之十者，不在此限。 民間機構全年所得額為零或負數者，不適用前項第三款但書後段短漏報之所得額占全年所得額比率之計算規定。 | 第八條 民間機構有下列情形之一者，不得適用本辦法： 一、經營重大公共建設之所得已依其他法令規定享受免徵營利事業所得稅優惠者。 二、未依所得稅法第七十一條辦理結算申報者。 三、免稅期間之年度之結算申報受所得稅法第一百十條規定處分者。但當年度漏稅額不超過新臺幣十萬元或短漏報課稅所得額占全年所得額之比率不超過百分之十者，不在此限。 |
一、第一項第一款及第二款酌作文字修正。
二、配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第一百十條，修正第一項第三款納入決算或清算申報短漏報所得受該條處分且情節重大之案件，不得適用本法第三十六條規定之免稅獎勵。又現行第三款但書非屬情節重大標準之規定未臻明確，爰修正為按「短漏報之所得額依短漏報年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額」為準，並修正提高該金額標準，以兼顧所得稅法第一百十條第一項至第三項所有情形，並符合比例原則。
三、增訂第二項，全年所得額為零或負數者，不適用短漏之所得額占全年所得額之比率不超過百分之十之規定。 |
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| 第九條 民間機構有本法第五十二條或第五十三條規定情事，經主辦機關終止投資契約者，應依下列規定辦理： 一、終止投資契約之原因不可歸責於民間機構者，其未經核定賸餘期間之營利事業所得稅，不得繼續依本辦法適用免稅。 二、終止投資契約之原因可歸責於民間機構者，應向稅捐稽徵機關補繳已免納之營利事業所得稅額，並自免納年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。 民間機構已依本法第三十六條規定免納營利事業所得稅，經主辦機關認定其參與之公共建設不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍者，應向稅捐稽徵機關補繳全部已免納之營利事業所得稅額，並自免納年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。 主辦機關依第一項規定終止投資契約，或依前項規定認定民間機構參與之公共建設不符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍時，應即敘明事由及認定依據，通知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。 | |
一、本條新增。
二、考量民間機構違反本法獎勵目的，經主辦機關終止投資契約，如仍享有租稅優惠，顯失公平，爰於第一項對有本法第五十二條、第五十三條規定情事，例如民間機構有停止或不為興建營運，或未依法興建營運等情事，經主辦機關終止投資契約者，依其責任之歸屬，訂定原享免稅優惠之處理原則。
三、依本法第三十六條規定，民間機構參與重大公共建設得適用免納營利事業所得稅優惠，旨在鼓勵民間投資參與「重大」公共建設之興建及營運，爰於第二項明定適用上開規定後，於完成總投資時，未達重大公共建設範圍之門檻要件者，其已免納之營利事業所得稅額應予追繳，並按日加計利息。
四、鑑於主辦機關有終止投資契約、審查民間機構實際投資是否達重大公共建設範圍門檻要件及掣發相關證明文件之權責，爰於第三項明定主辦機關應將終止投資契約、未符合本法第三條第二項規定之重大公共建設範圍之案件，通知民間機構所在地之稅捐稽徵機關，以利稅捐稽徵機關進行後續作業。 |
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| 第十條 本辦法自發布日施行。 | 第九條 本辦法自中華民國八十九年二月十一日施行。 本辦法修正條文自發布日施行。 |
一、條次變更。
二、修正條文已達二分之一，依法制作業為全案修正，並自發布日施行。 |
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