| 修正條文 | 現行條文 |
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| 第四條 經營離島兩岸通航港口與大陸地區港口間之定期固定航線業務者，應依航業法向當地航政主管機關申請，核轉交通部許可後，始得航行。 大陸地區之船舶運送業應委託在臺灣地區船務代理業，申請前項許可。 第一項許可期間，以二年為限，並得於期限屆滿三十日前重新申請許可。 本辦法中華民國九十九年七月十五日修正生效前已依第一項規定取得許可者，應於一百年七月十五日前重新申請許可。 | 第四條 經營離島兩岸通航港口與大陸地區港口間之定期固定航線業務者，依航業法向當地航政主管機關申請，核轉交通部許可後，始得航行。 大陸地區之船舶運送業應委託在臺灣地區船務代理業，申請前項許可。 |
一、第一項酌作文字修正；第二項未修正。
二、為確保臺灣地區及大陸地區船舶舶運送業於取得小三通營運許可後，得提供優質客貨運送服務，爰參照臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法第四條第三項規定，增訂第三項有關小三通業者取得營運許可期間之規定。
三、增訂第四項落日條款規定，於本辦法中華民國九十九年七月十五日修正生效前已取得許可者，應於一百年七月十五日前重新申請許可，使已獲許可之業者有調整其航運業務體質及重新申請許可之期間。 |
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| 第十條 臺灣地區人民得持憑有效護照，經內政部入出國及移民署（以下簡稱移民署）查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。 金門、馬祖或澎湖設有戶籍六個月以上之臺灣地區人民，得向移民署申請許可核發三年效期多次入出境許可證，經查驗後由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。 外國人得持憑有效簽證及有效護照或旅行證件，或適用以免簽證方式入國之有效護照，經移民署查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區；香港或澳門居民，持憑有效入出境許可證者，亦同。 香港或澳門居民適用臨時入境停留方式入境者，於入境金門、馬祖或澎湖時，得向港口之移民署申請發給臨時入境停留通知單，持憑入出境。 | 第十條 臺灣地區人民得持憑有效護照，經內政部入出國及移民署（以下簡稱移民署）查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。 金門、馬祖或澎湖設有戶籍六個月以上之臺灣地區人民，得向移民署申請許可核發三年效期多次入出境許可證，經查驗後由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。 外國人得持憑有效簽證及有效護照或旅行證件，或適用以免簽證方式入國之有效護照，經移民署查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區；香港或澳門居民，持憑有效入出境許可證者，亦同。 |
一、香港或澳民居民現僅得於臺灣本島指定之機場、港口申請臨時入境，為擴大開放適用於金門、馬祖、澎湖，爰增列第四項規定。
二、第一項至第三項未修正。 |
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| 第十二條 大陸地區人民有下列情形之一者，得申請許可入出金門、馬祖或澎湖： 一、探親：其二親等內血親或配偶在金門、馬祖或澎湖設有戶籍。 二、探病、奔喪：其三親等內血親、繼父母、配偶之父母、配偶或子女之配偶在金門、馬祖或澎湖設有戶籍，因患重病或受重傷，而有生命危險，或年逾六十歲，患重病或受重傷，或死亡未滿一年。但奔喪得不受設有戶籍之限制。 三、返鄉探視：在金門、馬祖或澎湖出生及其隨行之配偶、子女。 四、商務活動：大陸地區福建之公司或其他商業負責人。 五、學術活動：在大陸地區福建之各級學校教職員生。 六、就讀推廣教育學分班及非學分班。 七、宗教、文化、體育活動：在大陸地區福建具有專業造詣或能力。 八、交流活動：經移民署會同相關目的事業主管機關專案核准。 九、旅行：經交通部觀光局許可，在金門、馬祖或澎湖營業之綜合或甲種旅行社代申請。 前項第九款應組團辦理，每團人數限五人以上四十人以下，整團同時入出，不足五人之團體不予許可，並禁止入境。 大陸地區人民於金門、馬祖或澎湖海域，因突發之緊急事故，得申請救助進入金門、馬祖或澎湖避難。 大陸地區人民依第一項第四款、第五款、第七款或第八款規定申請者，得同時申請轉赴臺灣本島從事同性質交流活動；依其他事由申請者，其停留地點以金門、馬祖或澎湖為限。 大陸地區人民進入臺灣地區患重病、受重傷、發生天災或其他特殊事故，其必要協處人員，得向移民署申請專案許可，往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區；該大陸地區人民經許可之停留期間屆滿者，亦同。 | 第十二條 大陸地區人民有下列情形之一者，得申請許可入出金門、馬祖或澎湖： 一、探親：其父母、配偶或子女在金門、馬祖或澎湖設有戶籍。 二、探病、奔喪：其二親等內血親、繼父母、配偶之父母、配偶或子女之配偶在金門、馬祖或澎湖設有戶籍，因患重病或受重傷，而有生命危險，或年逾六十歲，患重病或受重傷，或死亡未滿一年。但奔喪得不受設有戶籍之限制。 三、返鄉探視：在金門、馬祖或澎湖出生及其隨行之配偶、子女。 四、商務活動：大陸地區福建之公司或其他商業負責人。 五、學術活動：在大陸地區福建之各級學校教職員生。 六、就讀推廣教育學分班。 七、宗教、文化、體育活動：在大陸地區福建具有專業造詣或能力。 八、交流活動：經移民署會同相關目的事業主管機關專案核准。 九、旅行：經交通部觀光局許可，在金門、馬祖或澎湖營業之綜合或甲種旅行社代申請。 前項第九款應組團辦理，每團人數限五人以上四十人以下，整團同時入出，不足五人之團體不予許可，並禁止入境。 第一項各款每日許可數額，由內政部公告，並刊登政府公報。 大陸地區人民於金門、馬祖或澎湖海域，因突發之緊急事故，得申請救助進入金門、馬祖或澎湖避難。 大陸地區人民依第一項第四款、第五款、第七款或第八款規定申請者，得同時申請轉赴臺灣本島從事同性質交流活動；依其他事由申請者，其停留地點以金門、馬祖或澎湖為限。 大陸地區人民進入臺灣地區患重病、受重傷、發生天災或其他特殊事故，其必要協處人員，得向移民署申請專案許可，往返金門、馬祖或澎湖與大陸地區；該大陸地區人民經許可之停留期間屆滿者，亦同。 |
一、依人道從寬原則，調整大陸地區人民申請入出金門、馬祖、澎湖許可規定，將第一項第一款之探親範圍擴及二親等內血親，第二款之探病及奔喪範圍擴及至三親等內血親。另為促進兩岸學術交流及增進離島地區推廣教育之生源，第六款增列大陸地區人民就讀離島推廣教育非學分班之申請入出境事由。
二、依現行條文第三項規定公告之大陸地區人民經「小三通」進入金門之每日許可數額為七百人，馬祖為一百人，至澎湖則無許可數額限制，惟鑑於兩岸已開放直航，並於九十七年九月四日實施小三通正常化方案，開放大陸地區專業、商務、跨國企業內部調動、產業技術及觀光等人士可經金門、馬祖中轉臺灣，其中觀光亦常結合為離島與臺灣本島之整體旅遊，總計其人數已逾前開許可數額上限，小三通數額限制已無必要，爰刪除第三項規定。
三、原第四項至第六項移列為第三項至第五項，內容未修正。 |
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| 第十三條 依前條第一項第一款至第八款規定申請者，應由金門、馬祖或澎湖親屬、同性質廠商、學校或相關之團體備具申請書及相關證明文件，向移民署在金門、馬祖、澎湖所設服務站（以下簡稱服務站）代申請進入金門、馬祖或澎湖，並由其親屬或負責人擔任保證人；前條第三項情形，由救助人代申請之。 依前條第一項第九款規定申請者，應由代申請之綜合或甲種旅行社備申請書及團體名冊，向服務站申請進入金門、馬祖或澎湖，並由負責人擔任保證人。 | 第十三條 依前條第一項第一款至第八款規定申請者，應由金門、馬祖或澎湖親屬、同性質廠商、學校或相關之團體備具申請書及相關證明文件，向移民署在金門、馬祖、澎湖所設服務站（以下簡稱服務站）代申請進入金門、馬祖或澎湖，並由其親屬或負責人擔任保證人；前條第四項情形，由救助人代申請之。 依前條第一項第九款規定申請者，應由代申請之綜合或甲種旅行社備申請書及團體名冊，向服務站申請進入金門、馬祖或澎湖，並由負責人擔任保證人。 |
一、配合修正條文第十二條刪除第三項，修正第一項所引項次。
二、第二項未修正。 |
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| 第十四條 大陸地區人民依第十二條規定申請經許可者，發給往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證，有效期間自核發日起算為六個月，必要時，得予縮短，由當事人持憑連同大陸居民身分證或其他足資證明居民身分之文件，經移民署查驗後進入金門、馬祖或澎湖。 以就讀推廣教育學分班及非學分班事由申請者，得核發往來金門、馬祖或澎湖單次或一年效期多次入出境許可證。 以旅行事由申請者，得持憑大陸地區核發之有效旅行證照，向移民署申請發給多次入出境許可證，或於入境金門、馬祖、澎湖時向移民署申請發給臨時入境停留通知單，持憑入出境，停留地點限於金門、馬祖、澎湖。其適用對象及應備文件，由移民署公告，並刊登政府公報。 大陸地區人民依第十二條規定申請許可者，其停留期間如下： 一、探親：每次停留期間不得逾二個月，並不得辦理延期，每年入境金門、馬祖、澎湖次數合計不得逾三次。 二、探病、奔喪、返鄉探視：每次停留期間不得逾一個月。 三、商務活動：從事商務訪問、商務考察、商務會議、演講、參加商展及參觀商展者，由移民署依活動行程予以增加五日，每次停留期間不得逾一個月；從事商務研習（含受訓）或驗貨、售後服務、技術指導等履約活動者，每次停留期間不得逾三個月，並均不得辦理延期。 四、學術、宗教、文化、體育等專業交流活動：由移民署依活動行程予以增加五日，每次停留期間不得逾二個月，並不得辦理延期。 五、就讀推廣教育學分班及非學分班：每次停留期間不得逾四個月，並不得辦理延期。 六、旅行：每次停留期間不得逾十五日，並不得辦理延期。 依本辦法許可入境之大陸地區人民，因疾病住院、災變或其他特殊事故，未能依限出境者，得向移民署在各地所設服務站申請延期停留，每次不得逾十五日。但經移民署會同相關機關認有必要者，得酌予延長期間及次數。在停留期間之相關費用，由代申請人代墊付。其係以旅行事由進入者，應申請入出境許可證持憑出境。 | 第十四條 大陸地區人民依第十二條規定申請經許可者，發給往來金門、馬祖或澎湖入出境許可證，有效期間自核發日起十五日或三十日，由當事人持憑連同大陸居民身分證或其他足資證明居民身分之文件，經移民署查驗後進入金門、馬祖或澎湖。 以就讀推廣教育學分班事由申請者，得核發往來金門、馬祖或澎湖單次或一年效期多次入出境許可證。 以旅行事由申請者，得持憑大陸地區核發之有效旅行證照，向移民署申請發給多次入出境許可證，或於入境金門、馬祖時向移民署申請發給臨時入境停留通知單，持憑入出境，停留地點限於金門、馬祖、澎湖。其適用對象及應備文件，由移民署公告，並刊登政府公報。 大陸地區人民依第十二條規定申請許可者，其停留期間如下： 一、停留金門、馬祖或澎湖期間，自抵達金門、馬祖或澎湖之次日起算，不得逾六日；其再轉赴其他二島者，自抵達當地之次日起算，不得逾六日。 二、依第十二條第五項申請轉赴臺灣本島者，總停留期間自入境之次日起算，不得逾十五日 依本辦法許可入境之大陸地區人民，因疾病住院、災變或其他特殊事故，未能依限出境者，得向移民署在各地所設服務站申請延期停留，每次不得逾七日。在停留期間之相關費用，由代申請人代墊付。其係以旅行事由進入者，應申請入出境許可證持憑出境。 |
一、參考大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法第二十四條規定，放寬第一項入出境許可證有效期間至六個月。
二、配合修正條文第十二條第一項第六款規定，第二項增列大陸地區人民就讀離島推廣教育非學分班者，得核發單次或一年效期多次入出境許可證。
三、為促進澎湖觀光產業發展，修正第三項，規定大陸地區人民申請至澎湖旅行，亦可比照至金門、馬祖旅行之便捷入境方式。
四、參酌大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法、大陸地區人民來臺從事商務活動許可辦法、大陸地區專業人士來臺從事專業活動許可辦法、大陸地區人民來臺從事觀光活動許可辦法等相關規定，修正第三項放寬大陸地區人民依修正條文第十二條第一項規定經許可之停留期間規定，以符實際所需。
五、修正第五項規定，將延期停留期間由七日延長至十五日，並增訂經移民署會同相關機關認有必要者，得酌予延長期間及次數。 |
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| 第十五條 大陸地區人民依本辦法以外之其他法令經許可進入臺灣地區者，得持憑有效入出境許可證，經移民署查驗，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。但臺灣地區人民之配偶依法須經機場、港口接受面談者，應符合下列情形之一，始得由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區： 一、來臺地址為金門、馬祖或澎湖。 二、在大陸地區福建設有戶籍。 大陸地區人民申請進入金門、馬祖或澎湖，內政部得限制人數。 | 第十五條 大陸地區人民經依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法或大陸地區人民在臺灣地區依親居留長期居留或定居許可辦法規定許可進入臺灣地區，有下列情形之一者，得持憑有效入出境許可證，經移民署查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區： 一、來臺地址為金門、馬祖或澎湖。 二、為臺灣地區人民之配偶，在大陸地區福建設有戶籍。 三、為臺灣地區人民之配偶，並已通過面談。 四、為臺灣地區人民之子女。 大陸地區人民經依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法第十四條第一項第二款或第三款規定許可進入臺灣地區者，得持憑有效入出境許可證，經移民署查驗許可後，由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。 大陸地區人民經依大陸地區專業人士來臺從事專業活動許可辦法、大陸地區人民來臺從事商務活動許可辦法、跨國企業內部調動之大陸地區人民申請來臺服務許可辦法、大陸地區產業技術引進許可辦法或大陸地區人民來臺從事觀光活動許可辦法申請許可者，得由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。 |
一、鑑於「小三通」口岸之通關入境程序已比照國際口岸，爰放寬大陸地區人民經金門、馬祖、澎湖入出大陸地區之限制，並將現行規定整併為第一項本文規定。惟為兼顧現有大陸配偶面談機制之穩定性，另於但書規定，大陸配偶依法須經機場、港口接受面談者，僅限其來臺地址為金門、馬祖或澎湖，或其在大陸地區福建設有戶籍者，始得由金門、馬祖或澎湖入出大陸地區。
二、參酌大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法第二十二條規定增訂第二項，規定內政部得限制大陸地區人民申請進入金門、馬祖、澎湖之人數，俾與臺灣地區採一致之人員總量管理，並期使交流有序化。 |
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| 第二十七條 （刪除） | 第二十七條 為防杜大陸地區疫病蟲害入侵，動植物防疫檢疫機關得在金門、馬祖或澎湖設置檢疫站。 運往或攜帶至金門、馬祖以外臺灣地區之動植物及其產品，應於運出金門、馬祖前，由所有人或其代理人向動植物防疫檢疫機關申請檢查，未經檢查合格或經檢查不合格者，不得運出。 前項動植物及其產品，由行政院農業委員會定之。 |
一、本條刪除。
二、行政院農業委員會防疫檢驗局已依據動物傳染病防治條例及植物防疫檢疫法設立金門、馬祖、澎湖檢疫站，並訂定動物及其產品進出金門馬祖地區檢查規則，並於九十八年十月三十日廢止植物或植物產品運出金門馬祖地區檢查辦法，運往或攜帶至金門、馬祖以外臺灣地區之植物及其產品於運出金門、馬祖前已不再進行檢查，本條已無規定必要，爰予刪除。 |
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| 第二十八條 （刪除） | 第二十八條 運往金門、馬祖以外臺灣地區之動物，其所有人或管理人應詳實記錄畜牧場內動物之異動、疫情、免疫、用藥等資料，經執業獸醫師簽證並保存二年以上，所在地動物防疫機關應不定時檢查畜牧場之疾病防疫措施及有關紀錄。 |
一、本條刪除。
二、現行條文內容行政院農業委員會已訂定動物及其產品進出金門馬祖地區檢查規則規範，無於本條重複規定之必要，爰予刪除。 |
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| 第二十九條 （刪除） | 第二十九條 運往或攜帶至金門、馬祖以外臺灣地區之動植物及其產品經檢查結果，證明有罹患、疑患、可能感染動物傳染病或疫病蟲害存在時，動植物防疫檢疫機關得將該動物、植物或其產品連同其包裝、容器，予以消毒或銷燬；其費用由所有人負擔。 |
一、本條刪除。
二、理由同現行條文第二十七條及二十八條說明。 |
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